三氮唑核苷 5'-三磷酸酯 | 63142-71-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 三唑核糖核苷和核糖核苷酸
• 中文名称: 三氮唑核苷 5'-三磷酸酯
• 中文别名: 三氮唑核苷5'-三磷酸酯；利巴韦林5'-三磷酸钠盐；利巴韦林 5'-三磷酸钠盐
• 英文名称: 1-(β-D-ribofuranosyl)-1,2,4-triazole-3-carboxamide 5'-triphosphate
• 英文别名: ribavirin 5'-triphosphate；ribavirin-5'-triphosphate；ribavirin triphosphate；RTP；[[(2R,3S,4R,5R)-5-(3-carbamoyl-1,2,4-triazol-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] phosphono hydrogen phosphate
• CAS: 63142-71-2
• 化学式: C₈H₁₅N₄O₁₄P₃
• 分子量: 484.147
• InChiKey: MMJOCKKLRMRSEQ-AFCXAGJDSA-N

物化性质

• 熔点：
  178-181°C (dec.)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -5.7
• 重原子数：
  29
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.62
• 拓扑面积：
  283
• 氢给体数：
  7
• 氢受体数：
  16

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  三氮唑核苷 5'-三磷酸酯 在 human nucleoside diphosphate kinase A 作用下， 生成 三氮唑核苷 5'-二磷酸酯
  参考文献：
  名称：

  NDP激酶激活利巴韦林类似物的结构分析：与其他利巴韦林靶标的比较。

  摘要：

  用于抗丙型肝炎病毒（HCV）的利巴韦林可能对其他病毒有效，但具有很高的细胞毒性。合成了在核糖部分修饰的几种利巴韦林三磷酸类似物，并在HCV，噬菌体T7和HIV-1逆转录酶的RNA聚合酶上进行了体外测试。具有2'-脱氧，3'-脱氧，2'，3'-二脱氧，2'，3'-二脱氧-2'，3'-脱氢和2'，3'-环氧-核糖的修饰核苷酸抑制HCV酶，而不是其他两种聚合酶。还分析了它们作为核苷二磷酸（NDP）激酶的底物，该酶负责细胞激活抗病毒核苷类似物的最后一步。测定了与三磷酸利巴韦林复合的NDP激酶的X射线结构。它表明，尽管碱基被修饰，但类似物仍可作为正常底物结合，并证实了3'-羟基在磷酸化反应中的关键作用。3'-羟基是抑制HCV聚合酶RNA合成的起始步骤所必需的，并且必须存在两个糖羟基以抑制延伸。2'脱氧利巴韦林是唯一有效的抗HCV聚合酶的衍生物，并被NDP激酶正确激活。

  DOI：

  10.1124/mol.63.3.538
• 作为产物：
  描述：

  利巴韦林 在 palladium/alumina 、 钯 吡啶 、 N-甲基咪唑 、 盐酸 、 4-二甲氨基吡啶 、 氢气 、 tris(tetra-n-butylammonium) hydrogen pyrophosphate 、 对甲苯磺酸 作用下， 以 四氢呋喃 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 49.5h， 生成 三氮唑核苷 5'-三磷酸酯
  参考文献：
  名称：

  从活化的核苷氨基磷酸酯制备三磷酸核苷的新方法。

  摘要：

  [反应：见正文]已经开发了一种制备三磷酸核苷的新方法。该策略使用高反应性的吡咯烷磷酰胺酸两性离子中间体，该中间体与三（四正丁基铵）焦磷酸氢进行有效偶联，生成核苷三磷酸。

  DOI：

  10.1021/ol049267j

文献信息

• Enzymatic Preparation of 2′–5′,3′–5′-Cyclic Dinucleotides, Their Binding Properties to Stimulator of Interferon Genes Adaptor Protein, and Structure/Activity Correlations
  作者：Barbora Novotná、Lenka Vaneková、Martin Zavřel、Miloš Buděšínský、Milan Dejmek、Miroslav Smola、Ondrej Gutten、Zahra Aliakbar Tehrani、Markéta Pimková Polidarová、Andrea Brázdová、Radek Liboska、Ivan Štěpánek、Zdeněk Vavřina、Tomáš Jandušík、Radim Nencka、Lubomír Rulíšek、Evžen Bouřa、Jiří Brynda、Ondřej Páv、Gabriel Birkuš

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.9b01062

  日期：2019.12.12

  (NFκB) signaling cascades. In this work, we describe an enzymatic preparation of 2′–5′,3′–5′-cyclic dinucleotides (2′3′CDNs) with use of cyclic GMP–AMP synthases (cGAS) from human, mouse, and chicken. We profile substrate specificity of these enzymes by employing a small library of nucleotide-5′-triphosphate (NTP) analogues and use them to prepare 33 2′3′CDNs. We also determine affinity of these CDNs to

  环状二核苷酸是环状GMP-AMP合酶（cGAS）-干扰素基因刺激（STING）途径的第二信使，在识别肿瘤细胞和病毒或细菌感染中起着重要作用。它们与STING衔接蛋白结合并通过TANK结合激酶1（TBK1）/干扰素调节因子3（IRF3）和核因子-κB（IκB）激酶（IKK）/核因子-κB（NFκB）抑制剂触发细胞因子的表达信号级联。在这项工作中，我们描述了使用人，小鼠和鸡的环状GMP-AMP合成酶（cGAS）酶法制备2'-5'，3'-5'-环二核苷酸（2'3'CDNs）的方法。我们通过使用一个小的核苷酸5'-三磷酸（NTP）类似物文库来分析这些酶的底物特异性，并使用它们来制备33个2'3'CDN。我们还确定了这些CDN对基于细胞和生化分析的五种不同STING单倍型的亲和力，并描述了它们对所有STING单倍型的最佳活性所需的特性。接下来，我们研究它们对人外周血单核细胞（PBMC）诱导的细胞因子
• Effects of Introduction of Hydrophobic Group on Ribavirin Base on Mutation Induction and Anti-RNA Viral Activity
  作者：Kei Moriyama、Tetsuya Suzuki、Kazuo Negishi、Jason D. Graci、Corinne N. Thompson、Craig E. Cameron、Masahiko Watanabe

  DOI：10.1021/jm7009952

  日期：2008.1.1

  One of the possible mechanisms of antiviral action of ribavirin (1-beta-D-ribofuranosyl-1,2,4-triazole-3-carboxamide, 1) is the accumulation of mutations in viral genomic RNA. The ambiguous incorporation of 5'-triphosphate of ribavirin (RTP, 8) by a viral RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) is a key step of the mutation induction. We synthesized three ribavirin analogues that possess hydrophobic groups, 4-iodo-1- 1-beta-D-ribofuranosylpyrazole-3-carboxamide (7a), 4-propynyl-1-beta-D-ribofuranosylpyrazole-3-carboxamide (7b), and 4-phenylethynyl-1-beta-D-ribofuranosylpyrazole-3-carboxamide (7c), and the corresponding triphosphates (9a, 9b, and 9c, respectively). Steady-state kinetics analysis of the incorporation of these triphosphate analogues by a poliovirus RdRp, 3D(pol), revealed that while the incorporation efficiency of 9a was comparable to RTP, 9b and 9c showed lower efficiency than RTP. Antipolioviral activity of 7a and 7b was much more moderate than ribavirin, and 7c showed no antipolioviral activity. Effects of substituting groups on the incorporation efficiency by 3D(pol) and a strategy for a rational design of more active ribavirin analogues are discussed.
• Structural Analysis of the Activation of Ribavirin Analogs by NDP Kinase: Comparison with Other Ribavirin Targets
  作者：Sarah Gallois-Montbrun、Yuxing Chen、Hélène Dutartre、Magali Sophys、Solange Morera、Catherine Guerreiro、Benoit Schneider、Laurence Mulard、Joël Janin、Michel Veron、Dominique Deville-Bonne、Bruno Canard

  DOI：10.1124/mol.63.3.538

  日期：2003.3.1

  triphosphate analogs modified on the ribose moiety were synthesized and tested in vitro on the RNA polymerases of HCV, phage T7, and HIV-1 reverse transcriptase. Modified nucleotides with 2'-deoxy, 3'-deoxy, 2',3'-dideoxy, 2',3'-dideoxy-2',3'-dehydro, and 2',3'-epoxy-ribose inhibited the HCV enzyme but not the other two polymerases. They were also analyzed as substrates for nucleoside diphosphate (NDP)

  用于抗丙型肝炎病毒（HCV）的利巴韦林可能对其他病毒有效，但具有很高的细胞毒性。合成了在核糖部分修饰的几种利巴韦林三磷酸类似物，并在HCV，噬菌体T7和HIV-1逆转录酶的RNA聚合酶上进行了体外测试。具有2'-脱氧，3'-脱氧，2'，3'-二脱氧，2'，3'-二脱氧-2'，3'-脱氢和2'，3'-环氧-核糖的修饰核苷酸抑制HCV酶，而不是其他两种聚合酶。还分析了它们作为核苷二磷酸（NDP）激酶的底物，该酶负责细胞激活抗病毒核苷类似物的最后一步。测定了与三磷酸利巴韦林复合的NDP激酶的X射线结构。它表明，尽管碱基被修饰，但类似物仍可作为正常底物结合，并证实了3'-羟基在磷酸化反应中的关键作用。3'-羟基是抑制HCV聚合酶RNA合成的起始步骤所必需的，并且必须存在两个糖羟基以抑制延伸。2'脱氧利巴韦林是唯一有效的抗HCV聚合酶的衍生物，并被NDP激酶正确激活。
• A Novel Method for the Preparation of Nucleoside Triphosphates from Activated Nucleoside Phosphoramidates
  作者：Weidong Wu、Caren L. Freel Meyers、Richard F. Borch

  DOI：10.1021/ol049267j

  日期：2004.6.1

  [reaction: see text] A novel method for the preparation of nucleoside triphosphates has been developed. The strategy employs a highly reactive pyrrolidinium phosphoramidate zwitterion intermediate that undergoes efficient coupling with tris(tetra-n-butylammonium) hydrogen pyrophosphate to generate nucleoside triphosphate.

  [反应：见正文]已经开发了一种制备三磷酸核苷的新方法。该策略使用高反应性的吡咯烷磷酰胺酸两性离子中间体，该中间体与三（四正丁基铵）焦磷酸氢进行有效偶联，生成核苷三磷酸。