2-deoxy-α-D-ribose-1-phosphate

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 2-deoxy-α-D-ribose-1-phosphate
• 英文别名: 2-deoxy-alpha-D-ribose 1-phosphate(2-)；[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl] phosphate
• 化学式: C₅H₉O₇P
• 分子量: 212.096
• InChiKey: KBDKAJNTYKVSEK-VPENINKCSA-L

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.3
• 重原子数：
  13
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  1.0
• 拓扑面积：
  122
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-deoxy-α-D-ribose-1-phosphate 在 purine nucleoside phosphorylase from aeromonas hydrophila II 作用下， 以 aq. phosphate buffer 为溶剂， 生成 2'-脱氧鸟苷
  参考文献：
  名称：

  开发固定的核苷磷酸化酶集合以制备核苷类似物：阿拉伯糖基腺嘌呤和2'，3'-脱氧肌苷的酶促合成

  摘要：

  核苷磷酸化酶（NPs; EC 2.4.2.n）的使用是合成天然和修饰核苷的化学方法的便捷替代方法。我们从细菌病原体科氏柠檬酸杆菌，产气荚膜梭菌和化脓链球菌（Ck PNPI，Ck PNPII，Cp UP，SpUP）及其底物特异性针对天然嘧啶或嘌呤核苷及一些类似物，即阿拉伯糖基腺嘌呤（araA）和2'，3'-二脱氧肌苷（ddI）进行了研究。观察到对后者化合物的活性为2-3％（与天然底物相比）。将酶活性与枯草芽孢杆菌（Bs PyNP）的嘧啶核苷磷酸化酶和嗜水气单胞菌（Ah）的嘌呤核苷磷酸化酶的特异性进行了比较（AhPNPII）以前由一些作者报道过。对araA和ddI合成具有合适特异性的酶被固定在醛-琼脂糖上。固定的制剂在碱性pH下和在甲醇或乙腈作为助溶剂存在下是高度稳定的。它们通过单罐双酶转糖基化反应分别用于74％和44％的转化，用于araA和ddI的合成。

  DOI：

  10.1002/cplu.201200278
• 作为产物：
  描述：

  2'-脱氧鸟苷 在 citrobacter koseri purine nucleoside phosphorylase II 作用下， 以 aq. phosphate buffer 为溶剂， 生成 2-deoxy-α-D-ribose-1-phosphate
  参考文献：
  名称：

  开发固定的核苷磷酸化酶集合以制备核苷类似物：阿拉伯糖基腺嘌呤和2'，3'-脱氧肌苷的酶促合成

  摘要：

  核苷磷酸化酶（NPs; EC 2.4.2.n）的使用是合成天然和修饰核苷的化学方法的便捷替代方法。我们从细菌病原体科氏柠檬酸杆菌，产气荚膜梭菌和化脓链球菌（Ck PNPI，Ck PNPII，Cp UP，SpUP）及其底物特异性针对天然嘧啶或嘌呤核苷及一些类似物，即阿拉伯糖基腺嘌呤（araA）和2'，3'-二脱氧肌苷（ddI）进行了研究。观察到对后者化合物的活性为2-3％（与天然底物相比）。将酶活性与枯草芽孢杆菌（Bs PyNP）的嘧啶核苷磷酸化酶和嗜水气单胞菌（Ah）的嘌呤核苷磷酸化酶的特异性进行了比较（AhPNPII）以前由一些作者报道过。对araA和ddI合成具有合适特异性的酶被固定在醛-琼脂糖上。固定的制剂在碱性pH下和在甲醇或乙腈作为助溶剂存在下是高度稳定的。它们通过单罐双酶转糖基化反应分别用于74％和44％的转化，用于araA和ddI的合成。

  DOI：

  10.1002/cplu.201200278

文献信息

• The muraminomicin biosynthetic gene cluster and enzymatic formation of the 2-deoxyaminoribosyl appendage
  作者：Xiuling Chi、Satoshi Baba、Nidhi Tibrewal、Masanori Funabashi、Koichi Nonaka、Steven G. Van Lanen

  DOI：10.1039/c2md20245j

  日期：——

  The biosynthetic genes for muraminomicin F were uncovered, and the enzymatic synthesis of the unusual aminoribosyl appendage was delineated.

  生物合成muraminomicin F的基因已被发现，并且这种不寻常的氨基核糖附属物的酶合成已被描绘。
• Nontargeted in vitro metabolomics for high-throughput identification of novel enzymes in Escherichia coli
  作者：Daniel C Sévin、Tobias Fuhrer、Nicola Zamboni、Uwe Sauer

  DOI：10.1038/nmeth.4103

  日期：2017.2

  A method to screen proteins for enzymatic activity by incubating purified or overexpressed proteins with a metabolite extract and measuring changes in metabolite abundance using mass spectrometry enables high-throughput characterization of functionally uncharacterized proteins in Escherichia coli. Our understanding of metabolism is limited by a lack of knowledge about the functions of many enzymes. Here, we develop a high-throughput mass spectrometry approach to comprehensively profile proteins for in vitro enzymatic activity. Overexpressed or purified proteins are incubated in a supplemented metabolome extract containing hundreds of biologically relevant candidate substrates, and accumulating and depleting metabolites are determined by nontargeted mass spectrometry. By combining chemometrics and database approaches, we established an automated pipeline for unbiased annotation of the functions of novel enzymes. In screening all 1,275 functionally uncharacterized Escherichia coli proteins, we discovered 241 potential novel enzymes, 12 of which we experimentally validated. Our high-throughput in vitro metabolomics method is generally applicable to any purified protein or crude cell lysate of its overexpression host and enables performing up to 1,200 nontargeted enzyme assays per working day.

  通过将纯化或过表达的蛋白质与代谢物提取物孵育，并使用质谱法测量代谢物丰度的变化，筛选蛋白质的酶活性，这种方法能够对大肠杆菌中功能未定的蛋白质进行高通量表征。我们对代谢的理解受到许多酶功能缺乏了解的限制。在这里，我们开发了一种高通量质谱法，用于全面分析蛋白质的体外酶活性。将过表达或纯化的蛋白质与含有数百种生物相关候选底物的补充代谢物提取物孵育，并通过非靶向质谱法确定累积和耗竭的代谢物。通过结合化学计量学和数据库方法，我们建立了一个自动化的管道，用于对新型酶的功能进行无偏注解。在筛选所有1275种功能未定的大肠杆菌蛋白质时，我们发现了241种潜在的新型酶，其中12种通过实验验证。我们的高通量体外代谢组学方法通常适用于任何纯化的蛋白质或过表达宿主的粗细胞裂解液，每个工作日最多可以进行1200次非靶向酶检测。
• Molecular Cloning and Expression of the Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase Gene from<i>Bacillus stearothermophilus</i>TH 6–2
  作者：Kiyoshi Okuyama、Tomoki Hamamoto、Toshitada Noguchi、Yuichiro Midorikawa

  DOI：10.1271/bbb.60.1655

  日期：1996.1

  The pyrimidine nucleoside phosphorylase (Py-NPase) of Bacillus stearothermophilus TH 6–2 is a dimer of 46-kDa subunits and catalyzes the reversible phosphorolysis of uridine and thymidine. The gene encoding this pyrimidine nucleoside phosphorylase (pyn gene) has been cloned and sequenced from B. stearothermophilus TH 6–2. The pyn gene corresponded to an open reading frame of 1299 nucleotides that translates into a putative 433 amino acid protein with a molecular weight of 46,271. The deduced amino terminal sequence of Py-NPase coincided with that previously found for the purified enzyme. The deduced amino acid sequence of Py-NPase shared significant similarity with those of human and Escherichia coli thymidine phosphorylases. The cloned pyn gene was overexpressed in E. coli cells to produce an active enzyme in large quantities that accounted for approximately 20% of the total protein.

  嗜热脂肪芽孢杆菌TH 6-2的嘧啶核苷磷酸酶（Py-NPase）是一种由46-kDa亚基组成的二聚体，可催化尿苷和胸苷的可逆磷酸化反应。嗜热脂肪芽孢杆菌TH 6-2的嘧啶核苷磷酸酶基因（pyn基因）已被克隆并测序。pyn基因对应于一个1299个核苷酸的开放阅读框，可翻译成433个氨基酸的假定蛋白，分子量为46271。Py-NPase的推导氨基末端序列与先前发现的纯化酶的氨基酸序列一致。Py-NPase的推导氨基酸序列与人类和大肠杆菌胸苷磷酸酶的氨基酸序列有显著相似性。克隆的pyn基因在大肠杆菌细胞中过量表达，可产生大量活性酶，约占总蛋白的20%。
• Purification and Characterization of Purine Nucleoside Phosphorylase and Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase from<i>Bacillus stearothermophilus</i>TH 6-2
  作者：Hamamoto Tomoki、Noguchi Toshitada、Midorikawa Yuichiro

  DOI：10.1271/bbb.60.1179

  日期：1996.1

  The purine nucleoside phosphorylase (Pu-NPase) and the pyrimidine nucleoside phosphorylase (Py-NPase) have been purified from Bacillus stearothermophilus TH 6–2. The Pu-NPase is a trimer of 30-kDa subunits and the Py-NPase is a dimer of 46-kDa subunits. The isoelectric points of Pu-NPase and Py-NPase were pH 4.3 and 4.6, respectively. The Pu-NPase could catalyze the phosphorolysis of inosine and guanosine, but not adenosine. The Py-NPase could phosphorolyze both uridine and thymidine.

  从嗜热脂肪芽孢杆菌TH 6-2中分离纯化了嘌呤核苷磷酸酶（Pu-NPase）和嘧啶核苷磷酸酶（Py-NPase）。Pu-NPase是由30 kDa亚基组成的3聚体，而Py-NPase是由46 kDa亚基组成的2聚体。Pu-NPase和Py-NPase的等电点分别为pH 4.3和4.6。Pu-NPase可以催化肌苷和鸟苷的磷酸化，但不能催化腺苷的磷酸化。Py-NPase可以磷酸化尿苷和胸苷。
• The crystal structure of pyrimidine nucleoside phosphorylase in a closed conformation
  作者：Matthew J Pugmire、Steven E Ealick

  DOI：10.1016/s0969-2126(98)00145-2

  日期：1998.11

  undergoes a major conformational change upon substrate binding that consequently produces an active conformation. RESULTS The crystal structure of PYNP from B. stearothermophilus with the substrate analog pseudouridine in its active site has been solved to 2.1 A resolution. This structure confirms the similarity of PYNP to TP and supports the idea of a closed active conformation, which is the result

  背景技术嘧啶核苷磷酸化酶（PYNP）在核苷酸合成挽救途径中催化嘧啶的可逆磷酸化。在低级生物（例如嗜热脂肪芽孢杆菌）中，PYNP接受胸苷和尿苷，而在哺乳动物和其他高等生物中，PYNP对胸苷（指定的胸苷磷酸化酶，TP）具有特异性。PYNP与人TP共有40％的序列相似性（推测可能具有显着的结构相似性），而人TP已被认为是肿瘤血管生成中的生长因子。据认为，TP在底物结合后经历主要的构象变化，从而产生活性构象。结果嗜热脂肪芽孢杆菌PYNP的晶体结构在其活性位点具有底物类似物假尿苷，已解析为2.1 A分辨率。这种结构证实了PYNP与TP的相似性，并支持了封闭的活性构象的想法，这是α和α/β结构域刚性运动的结果。嘧啶和磷酸盐底物结合的活性位点裂隙位于两个结构域之间。该结构显示了一个不对称的二聚体，其中一个亚基完全封闭，而另一个仅部分封闭。结论PYNP的封闭构象可以作为一个很好的模型，可以更好地理解TP的