sodium 1-(5-carboxypentyl)-1′-ethyl-3,3,3′,3′-tetramethyl-5,5′-disulfoindodicarbocyanine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吲哚及其衍生物
• 英文名称: sodium 1-(5-carboxypentyl)-1′-ethyl-3,3,3′,3′-tetramethyl-5,5′-disulfoindodicarbocyanine
• 英文别名: sodium;(2E)-2-[(2E,4E)-5-[1-(5-carboxypentyl)-3,3-dimethyl-5-sulfonatoindol-1-ium-2-yl]penta-2,4-dienylidene]-1-ethyl-3,3-dimethylindole-5-sulfonate
• 化学式: C₃₃H₃₉N₂O₈S₂*Na
• 分子量: 678.803
• InChiKey: FJJLFFWJKBSFOK-UHFFFAOYSA-M

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.33
• 重原子数：
  46
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.39
• 拓扑面积：
  175
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  sodium 1-(5-carboxypentyl)-1′-ethyl-3,3,3′,3′-tetramethyl-5,5′-disulfoindodicarbocyanine 在 O-(1H-benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 12.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  新型荧光花菁核苷酸的比较研究：使用生物芯片的标记PCR产物的杂交分析。

  摘要：

  这项研究调查了Cy5标记的dUTP衍生物的合成和底物特性，这些衍生物具有不同的取代基，染料单元和嘧啶杂环之间的连接基以及荧光团电荷。使用Taq和Vent（exo-）DNA聚合酶（A和B聚合酶家族的典型代表）进行多重PCR，研究了荧光标记的三磷酸核苷作为底物。PCR期间核苷酸掺入的效率通过使用诊断DNA微阵列的多参数杂交分析进行评估。杂交分析间接估计了染料标记核苷酸在多重PCR中的掺入效率。我们的结果表明，与电正性和负电性Cy5残基相比，具有电中性染料的底物效率更高。

  DOI：

  10.1007/s10895-017-2139-6

文献信息

• Synthesis of mouse centromere-targeted polyamides and physico-chemical studies of their interaction with the target double-stranded DNA
  作者：Karine Nozeret、Marc Bonan、Serguiy M. Yarmoluk、Darya S. Novopashina、Alexandre S. Boutorine

  DOI：10.1016/j.bmc.2015.06.062

  日期：2015.9

  Synthetic minor groove-binding pyrrole-imidazole polyamides labeled by fluorophores are promising candidates for fluorescence imaging of double-stranded DNA in isolated chromosomes or fixed and living cells. We synthesized nine hairpin and two head-to-head tandem polyamides targeting repeated sequences from mouse major satellites. Their interaction with synthetic target dsDNA has been studied by physico-chemical methods in vitro before and after coupling to various fluorophores. Great variability in affinities and fluorescence properties reveals a conclusion that these properties do not only rely on recognition rules, but also on other known and unknown structural factors. Individual testing of each probe is needed before cellular applications. (C) 2015 Elsevier Ltd. All rights reserved.
• Comparative Study of Novel Fluorescent Cyanine Nucleotides: Hybridization Analysis of Labeled PCR Products Using a Biochip
  作者：V. E. Shershov、S. A. Lapa、V. E. Kuznetsova、M. A. Spitsyn、T. O. Guseinov、S. A. Polyakov、A. A. Stomahin、A. S. Zasedatelev、A. V. Chudinov

  DOI：10.1007/s10895-017-2139-6

  日期：2017.11

  efficiency of nucleotide incorporation during PCR was assessed with a multi-parameter hybridization analysis using a diagnostic DNA microarray. The hybridization analysis indirectly estimates the incorporation efficiency of dye-labeled nucleotides in multiplex PCR. Our results demonstrated higher efficiencies of substrates with electrically neutral dyes than electropositive and electronegative Cy5 residues

  这项研究调查了Cy5标记的dUTP衍生物的合成和底物特性，这些衍生物具有不同的取代基，染料单元和嘧啶杂环之间的连接基以及荧光团电荷。使用Taq和Vent（exo-）DNA聚合酶（A和B聚合酶家族的典型代表）进行多重PCR，研究了荧光标记的三磷酸核苷作为底物。PCR期间核苷酸掺入的效率通过使用诊断DNA微阵列的多参数杂交分析进行评估。杂交分析间接估计了染料标记核苷酸在多重PCR中的掺入效率。我们的结果表明，与电正性和负电性Cy5残基相比，具有电中性染料的底物效率更高。