3-methoxycarbonylvinylcarbazole

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吲哚及其衍生物
• 英文名称: 3-methoxycarbonylvinylcarbazole
• 英文别名: 3-Methoxycarbonylvinylcarbazole；methyl 3-(9H-carbazol-3-yl)prop-2-enoate
• 化学式: C₁₆H₁₃NO₂
• 分子量: 251.285
• InChiKey: SCKFJFFVKYZYAI-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.7
• 重原子数：
  19
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.06
• 拓扑面积：
  42.1
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  2

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3-methoxycarbonylvinylcarbazole 在 甲醇 、 sodium hydroxide 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 5.0h， 生成 3-carboxyethenylcarbazole
  参考文献：
  名称：

  Discovery of N-arylcinnamamides as novel erythroblast enucleation inducers

  摘要：

  DOI：

  10.1016/j.bioorg.2022.106105
• 作为产物：
  描述：

  咔唑 在 sodium periodate 、 4,6-二羟基-2-巯基嘧啶 、 硫酸 、 碘 、 palladium diacetate 作用下， 以 乙醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 3-methoxycarbonylvinylcarbazole
  参考文献：
  名称：

  通过在双链DNA中使用乙烯基咔唑衍生物的超快光交联研究光化学胞嘧啶向尿嘧啶的转化。

  摘要：

  基因疗法，包括基因组编辑，RNAi，反义技术和化学DNA编辑，正成为治疗遗传疾病的主要方法。诸如CRISPR-Cas9，锌指核酸酶（ZFN）和转录激活因子样效应物为基础的核酸酶（TALEN）之类的技术就是其中一些。大多数酶基因组编辑技术都有其缺点。因此，在这项研究中已经报道了用于核酸编辑的非酶和非侵入性技术，它可能比旧的DNA操作方法具有一些优势。基于3-氰基乙烯基咔唑（CNVK）的核酸编辑利用了靶嘧啶和CNVK之间的光交联，从而使胞嘧啶脱氨基并将其转化为尿嘧啶。此方法以前需要使用高温，但在本研究中，它已经过优化，可以在生理条件下进行。使用与靶胞嘧啶互补的不同的反碱基（肌苷，鸟嘌呤和胞嘧啶），以及CNVK的衍生物（NH2VK和OHVK），以在生理条件下脱氨基。

  DOI：

  10.3390/molecules23040828

文献信息

• SEQUENCE-SPECIFIC NUCLEIC ACID PURIFICATION METHOD MANNER
  申请人：Fujimoto Kenzo

  公开号：US20110034683A1

  公开（公告）日：2011-02-10

  Disclosed is a method for the purification and collection of a nucleic acid comprising a specific nucleotide sequence, which can be carried out within an extremely short period and can achieve both high sequence-specificity and a high collection rate. Specifically disclosed is a method for the purification of a target nucleic acid comprising a specific nucleotide sequence and contained in a nucleic acid mixture. The method comprises the steps of: hybridizing a photo-ligating nucleic acid having a group represented by formula (I) as abase moiety with the target nucleic acid to form a hybrid; irradiating the hybrid of the photo-ligating nucleic acid and the target nucleic acid with light to cause the photo-ligation of the hybrid; removing any un-photo-ligated nucleic acid by washing; and irradiating the hybrid of the photo-ligating nucleic acid and the target nucleic acid with light to cause the photo-cleavage of the hybrid.

  揭示了一种用于纯化和收集包含特定核苷酸序列的核酸的方法，可以在极短的时间内进行，并且可以同时实现高度的序列特异性和高收集率。具体揭示了一种用于纯化包含特定核苷酸序列的目标核酸并存在于核酸混合物中的方法。该方法包括以下步骤：将具有由式(I)表示的基团作为碱基部分的光连接核酸与目标核酸杂交以形成杂交体；用光照射光连接核酸和目标核酸的杂交体以引起杂交体的光连接；通过洗涤去除任何未经光连接的核酸；并用光照射光连接核酸和目标核酸的杂交体以引起杂交体的光解。
• Effect of substitution of photo-cross-linker in photochemical cytosine to uracil transition in DNA
  作者：Siddhant Sethi、Yasuharu Takashima、Shigetaka Nakamura、Kenzo Fujimoto

  DOI：10.1016/j.bmcl.2017.06.042

  日期：2017.8

  enzymatic and chemical methods for genome editing is their limited applicability for in vivo studies. In addition, non-enzymatic methods, such as photochemical DNA editing using 3-cyanovinylcarbazole (CNVK), require high temperatures to affect cytosine to uracil transformations. To overcome this limitation, we developed new photo-cross-linkers based on CNVK, 3-methoxycarbonlycarbazole, 3-carboxyvinylcarbazole

  基因组编辑是蛋白质工程，遗传疾病治疗和非天然蛋白质生产的重要技术。当前用于基因组编辑的酶和化学方法的缺点是它们在体内研究中的适用性有限。另外，非酶促方法，例如使用3-氰基乙烯基咔唑（CNV K）进行光化学DNA编辑，需要高温才能影响胞嘧啶向尿嘧啶的转化。为克服此限制，我们开发了基于CNV K，3-甲氧基碳咔唑，3-羧基乙烯基咔唑和3-羰基酰胺乙烯基咔唑的新型光交联剂。与使用CNV相比，使用3-羧基乙烯基咔唑导致脱氨反应的加速更大K.影响超快光响应性核苷加速脱氨反应能力的最可能因素是含有光交联剂的寡脱氧核糖核苷酸的极性和亲水性。
• Sequence-specific nucleic acid purification method manner
  申请人：Japan Advanced Institute of Science and Technology

  公开号：US07972792B2

  公开（公告）日：2011-07-05

  Disclosed is a method for the purification and collection of a nucleic acid comprising a specific nucleotide sequence, which can be carried out within an extremely short period and can achieve both high sequence-specificity and a high collection rate. Specifically disclosed is a method for the purification of a target nucleic acid comprising a specific nucleotide sequence and contained in a nucleic acid mixture. The method comprises the steps of: hybridizing a photo-ligating nucleic acid having a group represented by formula (I) as abase moiety with the target nucleic acid to form a hybrid; irradiating the hybrid of the photo-ligating nucleic acid and the target nucleic acid with light to cause the photo-ligation of the hybrid; removing any un-photo-ligated nucleic acid by washing; and irradiating the hybrid of the photo-ligating nucleic acid and the target nucleic acid with light to cause the photo-cleavage of the hybrid.

  本发明公开了一种用于纯化和收集具有特定核苷酸序列的核酸的方法，该方法可以在极短的时间内进行，并且可以实现高度的序列特异性和高收集率。具体公开了一种用于纯化包含特定核苷酸序列的目标核酸的方法，该目标核酸包含在核酸混合物中。该方法包括以下步骤：将具有由公式（I）表示的基团的光连接核酸与目标核酸杂交以形成杂交体；用光照射光连接核酸和目标核酸的杂交体以引起杂交体的光连接作用；通过洗涤去除任何未光连接的核酸；用光照射光连接核酸和目标核酸的杂交体以引起杂交体的光解作用。
• Light-responsive artificial nucleotide having photo-crosslinking ability
  申请人：Fujimoto Kenzo

  公开号：US08481714B2

  公开（公告）日：2013-07-09

  The present invention provides a photoreactive crosslinking agent that is capable of crosslinking a sequence which cannot be photo-crosslinked by psoralen, and is capable of photo-crosslinking using a light having a longer wavelength, as compared with psoralen. The present invention also provides a compound having a group represented by formula (I) coupled with a group represented by formula (II).

  本发明提供一种光敏交联剂，能够交联无法被芳香植物酮光交联的序列，并且能够使用比芳香植物酮更长波长的光进行光交联。本发明还提供一种具有由式(I)表示的基团与由式(II)表示的基团偶联的化合物。
• LIGHT-RESPONSIVE ARTIFICIAL NUCLEOTIDE HAVING PHOTO-CROSSLINKING ABILITY
  申请人：Japan Advanced Institute of Science and Technology

  公开号：EP2216338B1

  公开（公告）日：2013-03-20