(E)-4-((2-oxoindolin-3-ylidene)methyl)benzoic acid

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吲哚及其衍生物
• 英文名称: (E)-4-((2-oxoindolin-3-ylidene)methyl)benzoic acid
• 英文别名: 4-[(~{E})-(2-oxidanylidene-1~{H}-indol-3-ylidene)methyl]benzoic acid；4-[(E)-(2-oxo-1H-indol-3-ylidene)methyl]benzoic acid
• 化学式: C₁₆H₁₁NO₃
• 分子量: 265.268
• InChiKey: YILTUWKDVMACDH-UKTHLTGXSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.4
• 重原子数：
  20
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.0
• 拓扑面积：
  66.4
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  3

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (E)-4-((2-oxoindolin-3-ylidene)methyl)benzoic acid 在 palladium 10% on activated carbon 、 氢气 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 20.0 ℃ 、275.8 kPa 条件下， 以80%的产率得到4-((2-oxoindolin-3-yl)methyl)benzoic acid
  参考文献：
  名称：

  3-芳基吲哚酮衍生物作为抗疟原虫剂：合成、生物活性和计算分析

  摘要：

  摘要 疟疾是一种传染病，影响第三世界国家的弱势群体。受天然产物的启发，吲哚生物碱已被用作设计新抗疟药物的核心。因此，以中等至优异的产率获得了十八种羟吲哚衍生物、氮杂类似物。此外，通过H 2 /Pd/C 还原得到的羟吲哚和氮杂衍生物的饱和衍生物以良好的收率获得，导致每种化合物的外消旋混合物。接下来，测试了 18 种化合物对恶性疟原虫的抑制活性，发现 6 种化合物的 IC 50 < 20 µM。这些化合物中最活跃的是8c; 然而，它们的不饱和衍生物7c没有活性。然后，进行构效关系分析，发现LUMO叶聚焦在特定分子区与对恶性疟原虫的抑制活性有关。最后，我们使用分子对接虚拟筛选发现了羟吲哚衍生物对乳酸脱氢酶的潜在抑制作用。

  DOI：

  10.1080/14786419.2021.1895149
• 作为产物：
  描述：

  methyl (E)-4-((2-oxoindolin-3-ylidene)methyl)benzoate 在 sodium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 水 为溶剂， 以59 %的产率得到(E)-4-((2-oxoindolin-3-ylidene)methyl)benzoic acid
  参考文献：
  名称：

  摆姿势、复制，然后详细说明：提高针对 Pim-1 激酶特异性表面的抑制剂的亲和力的步骤

  摘要：

  在这项研究中，结合计算、合成和晶体学专业知识进一步优化了与 Pim-1 激酶结合的片段大小的命中，最初具有适度的亲和力，最终产生了具有纳摩尔级亲和力的强效配体，可解决 Pim-1 的罕见靶向区域激酶。从一组经过晶体学验证的、化学上不同的片段开始，这些片段与 Pim-1 激酶结合但缺乏典型的核苷酸模拟结构，通过详尽的计算机模拟构建了一个扩展片段库反应。在对接、最小化、聚类、对排名靠前的化合物进行目视检查以及评估合成可及性的难易程度之后，合成了原始化合物或相近的衍生物，并针对 Pim-1 进行了测试。对于显示最高程度的 Pim-1 抑制的化合物，结合模式是通过晶体学确定的。按照结构导向的方法，这些在随后的设计周期中得到进一步优化，将化合物的初始亲和力提高了几个数量级，同时仅合成了相对适度数量的衍生物。计算和实验方法的结合导致开发了一种相当有效的新型分子支架，用于抑制针对特定表面区域的 Pim-1，

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2022.114914

文献信息

• Synthesis and Biological Evaluations of 3-Substituted Indolin-2-ones:  A Novel Class of Tyrosine Kinase Inhibitors That Exhibit Selectivity toward Particular Receptor Tyrosine Kinases
  作者：Li Sun、Ngoc Tran、Flora Tang、Harald App、Peter Hirth、Gerald McMahon、Cho Tang

  DOI：10.1021/jm980123i

  日期：1998.7.1

  analysis for these compounds and their relative potency and selectivity to inhibit particular RTKs has determined that (1) 3-[(five-membered heteroaryl ring)methylidenyl]indolin-2-ones are highly specific against the VEGF (Flk-1) RTK activity, (2) 3-(substituted benzylidenyl)indolin-2-ones containing bulky group(s) in the phenyl ring at the C-3 position of indolin-2-ones showed high selectivity toward

  已经设计并合成了3-取代的吲哚-2-酮，作为一类新型的酪氨酸激酶抑制剂，该抑制剂对不同的受体酪氨酸激酶（RTK）具有选择性。已经评估了这些化合物对完整细胞中一组RTK的相对抑制特性。通过修饰3-取代的吲哚-2-酮，我们鉴定了在亚微摩尔水平下显示选择性抑制各种RTK的配体依赖性自磷酸化的化合物。这些化合物的结构活性分析及其抑制特定RTK的相对效能和选择性已确定（1）3-[（（五元杂芳基环）亚甲基]茚满-2-酮对VEGF（Flk-1 ）RTK活动，（2）在吲哚-2-酮的C-3位的C-3位置的苯环中含有庞大基团的3-（取代的苄基）吲哚啉-2-酮显示出对EGF和Her-2 RTK的高选择性，并且（ 3）在针对PDGF和VEGF（Flk-1）RTK进行测试时，在吲哚-2-酮（16）的C-3位置包含延伸的侧链的化合物表现出较高的效价和选择性。这些3-取代的吲哚-2-酮中的两个的最近公布的晶体学数据提供
• GIF-2209, an Oxindole Derivative, Accelerates Melanogenesis and Melanosome Secretion via the Modification of Lysosomes in B16F10 Mouse Melanoma Cells
  作者：Miyu Watanabe、Kyoka Kawaguchi、Yusuke Nakamura、Kyoji Furuta、Hiroshi Takemori

  DOI：10.3390/molecules27010177

  日期：——

  Melanogenesis and melanosome secretion are regulated by several mechanisms. In this study, we found that the oxindole derivative GIF-2209 accelerated melanogenesis associated with the discrimination in the expression and intracellular distributions of two melanogenic enzymes, tyrosinase (TYR) and tyrosinase-related protein-1 (TYRP-1). GIF-2209 upregulated the expression of TYR via a microphthalmia transcription factor (MITF)-independent mechanism, leading to high expression of protein. In contrast, GIF-2209 did not alter the mRNA levels of TYRP-1 and suppressed its protein levels. GIF-2209 induced the dissociation of TYR from TYRP-1 but did not alter the association between TYR and CD63, a melanosome and lysosome marker. The protein levels of CD63 were also upregulated by GIF-2209. GIF-2209 induced lysosome expansion and redistribution in all areas of the cytosol, accompanied by autophagy acceleration (upregulation of LC3BII protein levels and downregulation of p62 protein levels). In addition, GIF-2209 stimulated the secretion of melanosomes containing high levels of TYR, TYRP-1, and CD63 proteins. The GIF-2209 mediated melanosome secretion was sensitive to the lysosome inhibitor chloroquine. These results suggest that GIF-2209 may activate lysosomal functions with TYR gene expression, while it accelerates melanosome secretion, which finally leads to the depletion of intracellular melanogenic enzyme, especially TYRP-1 protein.

  黑色素生成和黑色体分泌受到几种机制的调节。在这项研究中，我们发现氧吲哚衍生物GIF-2209加速了与两种黑色生成酶酪氨酸酶（TYR）和酪氨酸酶相关蛋白-1（TYRP-1）的表达和细胞内分布有关的黑色素生成。GIF-2209通过一种与微小眼转录因子（MITF）无关的机制上调了TYR的表达，导致蛋白表达量增加。相反，GIF-2209没有改变TYRP-1的mRNA水平，并抑制了其蛋白水平。GIF-2209诱导了TYR与TYRP-1的解离，但没有改变TYR与CD63（黑色体和溶酶体标记物）之间的结合。CD63的蛋白水平也被GIF-2209上调。GIF-2209诱导了溶酶体在细胞质的所有区域的扩张和重新分布，并伴随着自噬的加速（LC3BII蛋白水平上调和p62蛋白水平下调）。此外，GIF-2209刺激了含有高水平TYR、TYRP-1和CD63蛋白的黑色体分泌。GIF-2209介导的黑色体分泌对溶酶体抑制剂氯喹敏感。这些结果表明，GIF-2209可能通过激活溶酶体功能与TYR基因表达相结合，同时加速黑色体分泌，最终导致细胞内黑色生成酶，特别是TYRP-1蛋白的耗竭。
• 3-aryl-indolinones derivatives as antiplasmodial agents: synthesis, biological activity and computational analysis
  作者：Ayelen Luczywo、Lucía G. González、Anna C. C. Aguiar、Juliana Oliveira de Souza、Guilherme E. Souza、Glaucius Oliva、Luis F. Aguilar、Juan J. Casal、Rafael V. C. Guido、Silvia E. Asís、Marco Mellado

  DOI：10.1080/14786419.2021.1895149

  日期：2022.8.3

  Next, the inhibitory activity against P. falciparum of 18 compounds were tested, founding six compounds with IC50 < 20 µM. The most active of these compounds was 8c; however, their unsaturated derivative 7c was inactive. Then, a structure-activity relationship analysis was done, founding that focused LUMO lobe on the specific molecular zone is related to inhibitory activity against P. falciparum.

  摘要 疟疾是一种传染病，影响第三世界国家的弱势群体。受天然产物的启发，吲哚生物碱已被用作设计新抗疟药物的核心。因此，以中等至优异的产率获得了十八种羟吲哚衍生物、氮杂类似物。此外，通过H 2 /Pd/C 还原得到的羟吲哚和氮杂衍生物的饱和衍生物以良好的收率获得，导致每种化合物的外消旋混合物。接下来，测试了 18 种化合物对恶性疟原虫的抑制活性，发现 6 种化合物的 IC 50 < 20 µM。这些化合物中最活跃的是8c; 然而，它们的不饱和衍生物7c没有活性。然后，进行构效关系分析，发现LUMO叶聚焦在特定分子区与对恶性疟原虫的抑制活性有关。最后，我们使用分子对接虚拟筛选发现了羟吲哚衍生物对乳酸脱氢酶的潜在抑制作用。
• Pose, duplicate, then elaborate: Steps towards increased affinity for inhibitors targeting the specificity surface of the Pim-1 kinase
  作者：Lukas Heyder、Phil M.M. Hochban、Corey Taylor、Florent Chevillard、Christof Siefker、Christian Iking、Hannes Borchardt、Achim Aigner、Gerhard Klebe、Andreas Heine、Peter Kolb、Wibke E. Diederich

  DOI：10.1016/j.ejmech.2022.114914

  日期：2023.1

  hits binding to Pim-1 kinase with initially modest affinity were further optimized combining computational, synthetic and crystallographic expertise, eventually resulting in potent ligands with affinities in the nanomolar range that address rarely-targeted regions of Pim-1 kinase. Starting from a set of crystallographically validated, chemically distinct fragments that bind to Pim-1 kinase but lack typical

  在这项研究中，结合计算、合成和晶体学专业知识进一步优化了与 Pim-1 激酶结合的片段大小的命中，最初具有适度的亲和力，最终产生了具有纳摩尔级亲和力的强效配体，可解决 Pim-1 的罕见靶向区域激酶。从一组经过晶体学验证的、化学上不同的片段开始，这些片段与 Pim-1 激酶结合但缺乏典型的核苷酸模拟结构，通过详尽的计算机模拟构建了一个扩展片段库反应。在对接、最小化、聚类、对排名靠前的化合物进行目视检查以及评估合成可及性的难易程度之后，合成了原始化合物或相近的衍生物，并针对 Pim-1 进行了测试。对于显示最高程度的 Pim-1 抑制的化合物，结合模式是通过晶体学确定的。按照结构导向的方法，这些在随后的设计周期中得到进一步优化，将化合物的初始亲和力提高了几个数量级，同时仅合成了相对适度数量的衍生物。计算和实验方法的结合导致开发了一种相当有效的新型分子支架，用于抑制针对特定表面区域的 Pim-1，