UDP-2-azido-2-deoxy-D-galactose

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 英文名称: UDP-2-azido-2-deoxy-D-galactose
• 英文别名: [(2R,3R,4R,5R,6R)-3-azido-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl] [[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] hydrogen phosphate
• 化学式: C₁₅H₂₃N₅O₁₆P₂
• 分子量: 591.319
• InChiKey: DPTUDDQSMNZVDF-KBQKSTHMSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -5.1
• 重原子数：
  38
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.73
• 拓扑面积：
  286
• 氢给体数：
  8
• 氢受体数：
  18

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  UDP-2-azido-2-deoxy-D-galactose 在 氢气 作用下， 以 甲醇 、 水 为溶剂， 反应 5.0h， 以169 mg的产率得到尿苷二磷酸酯半乳糖胺
  参考文献：
  名称：

  Chemoenzymatic Conjugation of Toxic Payloads to the Globally Conserved N-Glycan of Native mAbs Provides Homogeneous and Highly Efficacious Antibody–Drug Conjugates

  摘要：

  本文介绍了一种稳健、普遍适用的非遗传技术，可将单克隆抗体转化为稳定、均质的 ADC。从原生（非工程）mAb 开始，通过化学酶法协议，可以将任何给定的有效载荷高度可控地连接到位于天冬酰胺-297 的 N-聚糖上，该过程分为两个阶段：首先是酶重塑（用叠氮化物修剪和标记），然后是基于无铜点击化学的有效载荷连接。这项被称为 GlycoConnect 的技术适用于任何 IgG 同种型，无论其糖基化情况如何。对曲妥珠单抗和麦唐新（已上市 ADC Kadcyla 的两种成分）的应用表明，GlycoConnect ADC 具有良好的体外和体内疗效。此外，通过与一系列基于曲妥珠单抗的糖基化突变体进行体内比较，证明了原生聚糖作为附着位点的优越性。对无铜点击探针双环壬炔（BCN）和二苯并环辛炔（DBCO）进行并排比较后发现，BCN 的连接效率与二苯并环辛炔（DBCO）有惊人的差异。在所有情况下，所得到的 mAb 结合物都非常稳定，再加上已证明的疗效，ADC 的治疗指数必然会更高。

  DOI：

  10.1021/acs.bioconjchem.5b00224
• 作为产物：
  描述：

  disodium uridine-5'-monophosphate 在 三乙胺 、 N,N'-羰基二咪唑 作用下， 以 甲醇 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 4.67h， 生成 UDP-2-azido-2-deoxy-D-galactose
  参考文献：
  名称：

  Chemoenzymatic Conjugation of Toxic Payloads to the Globally Conserved N-Glycan of Native mAbs Provides Homogeneous and Highly Efficacious Antibody–Drug Conjugates

  摘要：

  本文介绍了一种稳健、普遍适用的非遗传技术，可将单克隆抗体转化为稳定、均质的 ADC。从原生（非工程）mAb 开始，通过化学酶法协议，可以将任何给定的有效载荷高度可控地连接到位于天冬酰胺-297 的 N-聚糖上，该过程分为两个阶段：首先是酶重塑（用叠氮化物修剪和标记），然后是基于无铜点击化学的有效载荷连接。这项被称为 GlycoConnect 的技术适用于任何 IgG 同种型，无论其糖基化情况如何。对曲妥珠单抗和麦唐新（已上市 ADC Kadcyla 的两种成分）的应用表明，GlycoConnect ADC 具有良好的体外和体内疗效。此外，通过与一系列基于曲妥珠单抗的糖基化突变体进行体内比较，证明了原生聚糖作为附着位点的优越性。对无铜点击探针双环壬炔（BCN）和二苯并环辛炔（DBCO）进行并排比较后发现，BCN 的连接效率与二苯并环辛炔（DBCO）有惊人的差异。在所有情况下，所得到的 mAb 结合物都非常稳定，再加上已证明的疗效，ADC 的治疗指数必然会更高。

  DOI：

  10.1021/acs.bioconjchem.5b00224

文献信息

• [EN] PROCESS FOR THE CYCLOADDITION OF A HALOGENATED 1,3-DIPOLE COMPOUND WITH A (HETERO)CYCLOALKYNE<br/>[FR] PROCÉDÉ DE CYCLOADDITION D'UN COMPOSÉ 1,3-DIPPOLE HALOGÉNÉ AVEC UN (HÉTÉRO)CYCLOALKYNE
  申请人：SYNAFFIX BV

  公开号：WO2015112016A1

  公开（公告）日：2015-07-30

  The present invention relates to a cycloaddition process comprising the step of reacting a halogenated aliphatic 1,3-dipole compound with a (hetero)cycloalkyne according to Formula (1): Preferably, the (hetero)cycloalkyne according to Formula (1) is a (hetero)cyclooctyne. The invention also relates to the cycloaddition products obtainable by the process according to the invention. The invention further relates to halogenated aliphatic 1,3- dipole compounds, in particular tohalogenated aliphatic 1,3-dipole compounds comprising N-acetylgalactosamine-UDP (GalNAc-UDP),and to halogenated 1,3- dipole compounds comprising (peracylated) N-acetylglucosamine(GlcNAc), N- acetylgalactosamine(GalNAc), N-acetylmannosamine(ManNAc)and N- acetylneuraminic acid(NeuNAc).

  本发明涉及一种环加成过程，包括将卤代脂肪1,3-二极化合物与按照式（1）反应的（杂）环烯烃化合物进行反应的步骤。优选，按照式（1）的（杂）环烯烃化合物是（杂）环辛烯。该发明还涉及根据本发明的方法获得的环加成产物。此外，该发明还涉及卤代脂肪1,3-二极化合物，特别是包括N-乙酰半乳糖氨基葡萄糖醛酸-UDP（GalNAc-UDP）的卤代脂肪1,3-二极化合物，以及包括（过酰化的）N-乙酰葡萄糖胺（GlcNAc）、N-乙酰半乳糖氨基葡萄糖醛酸（GalNAc）、N-乙酰甘露糖氨基葡萄糖醛酸（ManNAc）和N-乙酰神经酸（NeuNAc）的卤代1,3-二极化合物。
• [EN] SULFAMIDE LINKER, CONJUGATES THEREOF, AND METHODS OF PREPARATION<br/>[FR] LIEUR DE TYPE SULFAMIDE, CONJUGUÉS DE CELUI-CI ET PROCÉDÉS DE PRÉPARATION
  申请人：SYNAFFIX BV

  公开号：WO2016053107A1

  公开（公告）日：2016-04-07

  The present invention relates to a compound comprising an alpha-end and an omega-end, the compound comprising on the alpha-end a reactive group Qlcapable of reacting with a functional group F1present on a biomolecule and on the omega-end a target molecule, the compound further comprising a group according to formula (1) or a salt thereof: Said compound may also be referred to as a linker-conjugate. The invention also relates to a process for the preparation of a bioconjugate, the process comprising the step of reacting a reactive group Q1of a linker-conjugate according to the invention with a functional group F1of a biomolecule. The invention further relates to a bioconjugate obtainable by the process according to the invention. In a preferred embodiment, the invention concerns a process for the preparation of a bioconjugate via a cycloaddition, such as a (4+2)-cycloaddition (e.g. a Diels-Alder reaction) or a (3+2)-cycloaddition (e.g. a 1,3-dipolar cycloaddition).

  本发明涉及一种化合物，包括一个α端和一个ω端，该化合物在α端包括一个与生物分子上存在的功能基团F1反应的反应基团Q1，而在ω端包括一个靶分子，该化合物还包括符合以下式（1）或其盐的一个基团：该化合物也可以称为连接物-共轭物。本发明还涉及一种制备生物共轭物的方法，该方法包括将本发明中连接物-共轭物的反应基团Q1与生物分子的功能基团F1反应的步骤。本发明还涉及通过本发明方法获得的生物共轭物。在一个首选实施方式中，本发明涉及通过环加成反应制备生物共轭物的方法，例如（4+2）-环加成反应（例如Diels-Alder反应）或（3+2）-环加成反应（例如1,3-双极环加成）。
• PROCESS FOR THE CYCLOADDITION OF A HETERO(ARYL) 1,3-DIPOLE COMPOUND WITH A (HETERO)CYCLOALKYNE
  申请人：SYNAFFIX B.V.

  公开号：US20170002012A1

  公开（公告）日：2017-01-05

  A process is provided, comprising reacting a (hetero)aryl 1,3-dipole compound with a (hetero)cycloalkyne, wherein the (hetero)aryl 1,3-dipole compound comprises a 1,3-dipole functional group bonded to a (hetero)aryl group, and wherein the (hetero)aryl 1,3-dipole compound is a (hetero)aryl azide or a (hetero)aryl diazo compound; wherein: (i) the (hetero)aryl group of the (hetero)aryl 1,3-dipole compound comprises a substituent (ii) the (hetero)aryl group of the (hetero)aryl 1,3-dipole compound is an electron-poor (hetero)aryl group and wherein the (hetero)cycloalkyne is a (hetero)cyclooctyne or a (hetero)cyclononyne according to Formula (1). The invention also relates to the products obtainable by the process according to the invention.

  提供一种方法，包括将（杂）芳基1,3-二极化合物与（杂）环炔反应，其中（杂）芳基1,3-二极化合物包括与（杂）芳基结合的1,3-二级极功能基团，并且（杂）芳基1,3-二极化合物是（杂）芳基叠氮化物或（杂）芳基重氮化合物；其中：（i）（杂）芳基1,3-二极化合物的（杂）芳基包括一个取代基（ii）（杂）芳基1,3-二极化合物的（杂）芳基是一个电子贫富（杂）芳基，并且（杂）环炔是根据式（1）的（杂）环辛烯或（杂）环壬炔。该发明还涉及根据该发明的方法获得的产品。
• PROCESS FOR THE CYCLOADDITION OF A HALOGENATED 1,3-DIPOLE COMPOUND WITH A (HETERO)CYCLOALKYNE
  申请人：SYNAFFIX B.V.

  公开号：US20170008858A1

  公开（公告）日：2017-01-12

  The present invention relates to a cycloaddition process comprising the step of reacting a halogenated aliphatic 1,3-dipole compound with a (hetero)cycloalkyne according to Formula (1): Preferably, the (hetero)cycloalkyne according to Formula (1) is a (hetero)cyclooctyne. The invention also relates to the cycloaddition products obtainable by the process according to the invention. The invention further relates to halogenated aliphatic 1,3-dipole compounds, in particular to halogenated aliphatic 1,3-dipole compounds comprising N-acetylgalactosamine-UDP (GalNAc-UDP), and to halogenated 1,3-dipole compounds comprising (peracylated) N-acetylglucosamine (GlcNAc), N-acetylgalactosamine (GalNAc), N-acetylmannosamine (ManNAc) and N-acetyl neuraminic acid (NeuNAc).

  本发明涉及一种环加成过程，包括以下步骤：将卤代脂肪1,3-二极化合物与根据式（1）的（杂）环烷炔发生反应。优选，根据式（1）的（杂）环烷炔是（杂）环辛炔。本发明还涉及根据本发明的过程获得的环加成产物。本发明还涉及卤代脂肪1,3-二极化合物，特别是包含N-乙酰半乳糖氨基葡萄糖醛酸-UDP（GalNAc-UDP）的卤代脂肪1,3-二极化合物，以及包含（过酰化的）N-乙酰葡萄糖胺（GlcNAc）、N-乙酰半乳糖氨基（GalNAc）、N-乙酰甘露糖氨基（ManNAc）和N-乙酰神经酸（NeuNAc）的卤代1,3-二极化合物。
• [EN] PROCESS FOR THE MODIFICATION OF A GLYCOPROTEIN USING A ΒETA-(1,4)-N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE OR A MUTANT THEREOF<br/>[FR] PROCÉDÉ POUR LA MODIFICATION D'UNE GLYCOPROTÉINE À L'AIDE D'UNE BÊTA-(1,4)-N-ACÉTYLGALACTOSAMINYL-TRANSFÉRASE OU D'UN MUTANT CORRESPONDANT
  申请人：SYNAFFIX BV

  公开号：WO2016022027A1

  公开（公告）日：2016-02-11

  The present invention relates to a process for the modification of a glycoprotein, using a β-(1,4)-N-acetylgalactosaminyltransferase or a mutant thereof.The process comprisesthe step of contacting a glycoprotein comprising a glycan comprising a terminal GlcNAc-moiety, in the presence of a β-(1,4)-N-acetylgalactosaminyl- transferase or a mutant thereof, with anon-natural sugar-derivative nucleotide.The non-natural sugar-derivative nucleotideis according to formula (3), wherein A is selected from the group consisting of -N3; -C(0)R3; -C=C-R4; -SH; -SC(0)R8; -SC(V)OR8, wherein V is O or S; -X wherein X is selected from the group consisting of F, CI, Br and I; -OS(0)2R5; an optionally substituted C2 - C24 alkyl group; an optionally substituted terminal C2 - C24 alkenyl group; and an optionally substituted terminal C3 - C24 allenyl group.

  本发明涉及一种修饰糖蛋白的过程，使用β-(1,4)-N-乙酰半乳糖氨基转移酶或其突变体。该过程包括以下步骤：在β-(1,4)-N-乙酰半乳糖氨基转移酶或其突变体存在下，将含有末端GlcNAc基团的糖蛋白与一种非天然糖衍生核苷酸接触。该非天然糖衍生核苷酸符合以下公式(3)，其中A选自-N3；-C(0)R3；-C=C-R4；-SH；-SC(0)R8；-SC(V)OR8，其中V为O或S；-X，其中X选自F、CI、Br和I；-OS(0)2R5；一个可选择取代的C2-C24烷基团；一个可选择取代的末端C2-C24烯基团；和一个可选择取代的末端C3-C24烯丙基团。