1-[6-[(2,5-二氧代-1-吡咯烷基)氧基]-6-氧代己基]-2-[3-[1-[6-[(2,5-二氧代-1-吡咯烷基)氧基]-6-氧代己基]-1,3-二氢-3,3-二甲基-5-磺基-2H-吲哚-2-亚基]-1-丙烯基]-3,3-二甲基-5-磺基-3H-吲哚鎓内盐 | 146397-20-8

• 物质功能分类: 生物 - 染料/染色剂
• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吲哚及其衍生物
• 中文名称: 1-[6-[(2,5-二氧代-1-吡咯烷基)氧基]-6-氧代己基]-2-[3-[1-[6-[(2,5-二氧代-1-吡咯烷基)氧基]-6-氧代己基]-1,3-二氢-3,3-二甲基-5-磺基-2H-吲哚-2-亚基]-1-丙烯基]-3,3-二甲基-5-磺基-3H-吲哚鎓内盐
• 英文名称: Cy 3
• 英文别名: 1-[6-(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl)oxy-6-oxohexyl]-2-[(E)-3-[1-[6-(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl)oxy-6-oxohexyl]-3,3-dimethyl-5-sulfoindol-2-ylidene]prop-1-enyl]-3,3-dimethylindol-1-ium-5-sulfonate
• CAS: 146397-20-8
• 化学式: C₄₃H₅₀N₄O₁₄S₂
• 分子量: 911.02
• InChiKey: OHOQEZWSNFNUSY-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3
• 重原子数：
  63
• 可旋转键数：
  19
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.47
• 拓扑面积：
  262
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  15

制备方法与用途

用途

CY3是一种胺反应性荧光染料，可用作蛋白质和核酸的荧光标记物。

生物活性

Cy 3 Non-Sulfonated（Cyanine3）是一个传统且常用的蛋白质和核酸的荧光标记物。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-[6-[(2,5-二氧代-1-吡咯烷基)氧基]-6-氧代己基]-2-[3-[1-[6-[(2,5-二氧代-1-吡咯烷基)氧基]-6-氧代己基]-1,3-二氢-3,3-二甲基-5-磺基-2H-吲哚-2-亚基]-1-丙烯基]-3,3-二甲基-5-磺基-3H-吲哚鎓内盐 、 avidin 生成 (Cy 3)-labelled avidin
  参考文献：
  名称：

  摘要：

  DOI：

文献信息

• Multivalent binding composition for nucleic acid analysis
  申请人：Element Biosciences, Inc.

  公开号：US10768173B1

  公开（公告）日：2020-09-08

  Multivalent binding compositions including a particle-nucleotide conjugate having a plurality of copies of a nucleotide attached to the particle are described. The multivalent binding compositions allow one to localize detectable signals to active regions of biochemical interaction, e.g., sites of protein-protein interaction, protein-nucleic acid interaction, nucleic acid hybridization, or enzymatic reaction, and can be used to identify sites of base incorporation in elongating nucleic acid chains during polymerase reactions and to provide improved base discrimination for sequencing and array based applications.

  多价结合组合物包括颗粒-核苷酸共轭物，颗粒上附有多个核苷酸拷贝。多价结合组合物可以将可检测信号定位到生化相互作用的活性区，如蛋白质-蛋白质相互作用、蛋白质-核酸相互作用、核酸杂交或酶反应的位点，并可用于在聚合酶反应过程中识别碱基掺入延伸核酸链的位点，以及为测序和基于阵列的应用提供更好的碱基鉴别。
• Compositions and methods for pairwise sequencing
  申请人：Element Biosciences, Inc.

  公开号：US11236388B1

  公开（公告）日：2022-02-01

  The present disclosure provides compositions and methods that employ the compositions for conducting pairwise sequencing and for generating concatemer template molecules for pairwise sequencing. The concatemers can be generated using a rolling circle amplification reaction which is conducted either on-support, or conducted in-solution and then distributed onto a support. The rolling circle amplification reaction generates concatemers containing tandem copies of a sequence of interest and at least one universal adaptor sequence. An increase in the number of tandem copies in a given concatemer increases the number of sites along the concatemer for hybridizing to multiple sequencing primers which serve as multiple initiation sites for polymerase-catalyzed sequencing reactions. When the sequencing reaction employs detectably labeled nucleotides and/or detectably labeled multivalent molecules (e.g., having nucleotide units), the signals emitted by the nucleotides or nucleotide units that participate in the parallel sequencing reactions along the concatemer yields an increased signal intensity for each concatemer.

  本公开提供了使用这些组合物进行配对测序和生成用于配对测序的连接子模板分子的组合物和方法。可以使用滚圆扩增反应生成连接体，该反应可以在支架上进行，也可以在溶液中进行，然后分布到支架上。滚圆扩增反应生成的同源物含有感兴趣序列和至少一个通用适配体序列的串联拷贝。特定连接体中串联拷贝数量的增加会增加连接体上与多个测序引物杂交的位点数量，而测序引物是聚合酶催化测序反应的多个起始位点。当测序反应使用可检测标记的核苷酸和/或可检测标记的多价分子（例如，具有核苷酸单元）时，沿连接体参与平行测序反应的核苷酸或核苷酸单元发出的信号会增加每个连接体的信号强度。
• PROCEDE DE MESURE EN TEMPS REEL DE L'EPAISSEUR DE LA PAROI ET SES APPLICATIONS
  申请人：Université Paris Diderot - Paris 7

  公开号：EP3500836A1

  公开（公告）日：2019-06-26
• PROCEDE DE MESURE EN TEMPS REEL DE L'EPAISSEUR DE LA PAROI AVEC MARQUERS À LA FACE INTERNE ET EXTERNE
  申请人：Université Paris Diderot - Paris 7

  公开号：EP3500836B1

  公开（公告）日：2020-09-23
• MULTIVALENT BINDING COMPOSITION FOR NUCLEIC ACID ANALYSIS
  申请人：Element Biosciences, Inc.

  公开号：EP3947731A1

  公开（公告）日：2022-02-09