3',5'-bis-(O-tert-butyldimethylsilyl)-5-formyl-2'-deoxyuridine | 142667-68-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 3',5'-bis-(O-tert-butyldimethylsilyl)-5-formyl-2'-deoxyuridine
• 英文别名: 3',5'-di-O-(tert-butyldimethylsilyl)-2'-deoxy-5-formyluridine；5-formyl-3',5'-(tert-butyl-dimethylsilyl)-2'-deoxyuridine；2'-deoxy-5-formyluridine；3’,5’-di-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5-formyl-2’-deoxyuridine；1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-2,4-dioxopyrimidine-5-carbaldehyde
• CAS: 142667-68-3
• 化学式: C₂₂H₄₀N₂O₆Si₂
• 分子量: 484.74
• InChiKey: BURBWWNBOFXIHP-RCCFBDPRSA-N

物化性质

• 熔点：
  139.1-140.1 °C(Solv: ethyl acetate (141-78-6); hexane (110-54-3))
• 密度：
  1.09±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.05
• 重原子数：
  32
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.77
• 拓扑面积：
  94.2
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3',5'-bis-(O-tert-butyldimethylsilyl)-5-formyl-2'-deoxyuridine 在 吡啶 、 氟化氢吡啶 作用下， 以 乙酸乙酯 为溶剂， 反应 62.0h， 以88%的产率得到1-((2R,4S,5R)-4-羟基-5-(羟基甲基)四氢呋喃-2-基)-2,4-二氧代-1,2,3,4-四氢嘧啶-5-甲醛
  参考文献：
  名称：

  5-羟甲基胞嘧啶、5-甲酰胞嘧啶和 5-羧基胞嘧啶的脱氨基、氧化和 C-C 键裂解反应

  摘要：

  最近在哺乳动物 DNA 中发现了三种新的胞嘧啶衍生 DNA 修饰，5-羟甲基-2'-脱氧胞苷 (hmdC)、5-甲酰基-2'-脱氧胞苷 (fdC) 和 5-羧基-2'-脱氧胞苷 (cadC)，特别是在干细胞 DNA 中。它们的功能目前尚不清楚，但假设在干细胞中它们可能是主动去甲基化过程的中间体。该过程可能涉及碱基切除修复、CC 键裂解反应或 hmdC 脱氨基为 5-羟甲基-2'-脱氧尿苷 (hmdU)。在这里，我们报告的化学研究揭示了新胞嘧啶核碱基的化学反应性。我们研究了它们对氧化和脱氨基的敏感性，并研究了 hmdC、fdC 和 cadC 在硫醇作为生物相关（有机）催化剂不存在和存在的情况下的 CC 键裂解反应性。我们表明 hmdC 与已经在空气存在下迅速氧化为 fdC 的 mdC 相比。相比之下，发现脱氨基反应仅在较小程度上发生。CC 键裂解反应需要高浓度硫醇的存在并且是酸催化的。虽然 hmdC

  DOI：

  10.1021/ja403229y
• 作为产物：
  描述：

  3,5-双-o-(t-丁基二甲基甲硅烷基)胸腺嘧啶脱氧核苷 在 manganese(IV) oxide 、 N-溴代丁二酰亚胺(NBS) 、 偶氮二异丁腈 、 水 、 potassium carbonate 作用下， 以 甲醇 、 四氯化碳 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 52.0h， 生成 3',5'-bis-(O-tert-butyldimethylsilyl)-5-formyl-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  Efficient synthesis of 5-hydroxymethyl-, 5-formyl-, and 5-carboxyl-2′-deoxycytidine and their triphosphates

  摘要：

  已开发出高效的策略，用于制备高质量的5-羟甲基-、5-甲酰基-和5-羧基-2'-脱氧胞苷三磷酸盐及其母核苷。

  DOI：

  10.1039/c4ra07670b

文献信息

• Retracted Article: Divergent synthesis of 5-substituted pyrimidine 2′-deoxynucleosides and their incorporation into oligodeoxynucleotides for the survey of uracil DNA glycosylases
  作者：Ai Tran、Song Zheng、Dawanna S. White、Alyson M. Curry、Yana Cen

  DOI：10.1039/d0sc04161k

  日期：——

  developed. These derivatives were further elaborated to the corresponding phosphoramidites to enable the site-specific incorporation of modified nucleobases into ODNs using standard solid-phase DNA synthesis. The synthetic methodology, along with the panel of ODNs, is of great value to investigate the biological functions of epigenetically important nucleobases, and to elucidate the diversity in chemical

  最近的研究表明，DNA 中的 5-甲基胞嘧啶 (5mC) 残基可以被氧化并可能脱氨基为相应的胸腺嘧啶类似物。其中一些氧化性 DNA 损伤被认为是新的表观遗传标记，可能对染色质功能和疾病病理学产生深远影响。为了应对氧化损伤，细胞具有复杂的修复系统网络，可以识别、去除和重建病变。然而，如何检测和修复修饰的核碱基仍然难以捉摸，这主要是由于含有这些新型 DNA 修饰的合成寡脱氧核苷酸 (ODN) 的可用性有限。已经开发出一种简洁且发散的 5mC 衍生物合成策略。这些衍生物被进一步加工成相应的亚磷酰胺，从而能够使用标准固相 DNA 合成将修饰的核碱基位点特异性掺入 ODN 中。该合成方法以及 ODN 组对于研究表观遗传学重要核碱基的生物学功能以及阐明化学损伤修复的多样性具有重要价值。
• Introduction of 5-Formyl-2′-deoxyuridine into a κB Site: Critical Discrimination of a Base Structure in the Major Groove by NFκB p50 Homodimer
  作者：Atsushi Kittaka、Chikafumi Horii、Tetsuya Kuze、Takashi Asakura、Katsutoshi Ito、Kazuo T. Nakamura、Tadashi Miyasaka、Jun-ichiro Inoue

  DOI：10.1055/s-1999-3084

  日期：——

  Four kinds of oligonucleotide 26-mers including 5-formyl-2′-deoxyuridine in place of thymidine at the κB site were synthesized. One of the oligonucleotide 26-mers was critically discriminated by the NFκB p50 homodimer in binding.

  合成了四种寡核苷酸 26-单体，其中包括在δB 位点用 5-甲酰基-2′-脱氧尿苷代替胸苷。其中一种寡核苷酸 26-mers 与 NFκB p50 同源二聚体的结合具有重要的鉴别作用。
• Fluorogenic “photoclick” labelling of DNA using a Cy3 dye
  作者：Benjamin Lehmann、Hans-Achim Wagenknecht

  DOI：10.1039/c8ob02068j

  日期：——

  2′-deoxyuridines as new building blocks for automated DNA synthesis carry a small aryltetrazole as “photoclickable” group at their 5-positions. The postsynthetic “photoclick” labeling of such presynthesized DNA using a maleimide-modified Cy3 dye shows an up to 17-fold fluorogenicity due to an energy transfer between the pyrazoline moiety and the Cy3 fluorophore in the DNA products. This concept is also applicable

  两个2'-脱氧尿苷作为自动DNA合成的新组成部分，在其5位带有一个小的芳基四唑作为“可光点击的”基团。由于DNA产品中吡唑啉部分与Cy3荧光团之间的能量转移，使用马来酰亚胺修饰的Cy3染料对此类预合成DNA的后合成“光点击”标记显示高达17倍的荧光性。该概念也适用于其他马来酰亚胺改性的染料。
• Preparation of 5‐Hydroxymethyl‐pyrimidine Based Nucleosides: A Reinvestigation
  作者：Océane Monfret、Dan Liu、Paulin Rollando、Yann Bourdreux、Dominique Urban、Gilles Doisneau、Dominique Guianvarc'h

  DOI：10.1002/ejoc.202300298

  日期：2023.7.21

  Different approaches currently used to introduce the 5-hydroxymethyl moiety onto pyrimidine-based deoxynucleosides were reinvestigated. The oxidation of the methyl of thymidine followed by the reduction of the resulting formyl group allowed access to protected 5-hydroxymethyl-2’-deoxyuridine in a simple way and in good yields. Examples of application to the synthesis of relevant building blocks are

  重新研究了目前用于将 5-羟​​甲基部分引入到基于嘧啶的脱氧核苷上的不同方法。胸苷甲基的氧化随后所得甲酰基的还原使得能够以简单的方式并以良好的产率获得受保护的5-羟甲基-2'-脱氧尿苷。给出了相关构建模块合成的应用示例。
• Modular Bent DNAs:  A New Class of Artificial DNAs with a Protein Binding Ability
  作者：Shunpei Murata、Youko Mizumura、Kaori Hino、Yoshihito Ueno、Satoshi Ichikawa、Akira Matsuda

  DOI：10.1021/ja071335k

  日期：2007.8.1

  Inspired by the unique bending property of a cisplatin cross-linked DNA with high-mobility group box proteins (such as HMGB1), we designed and synthesized novel oligonucleotides (ODNs) containing a cyclic 2'-deoxyuridylate dimer which possesses an alkylene linkage as a "clasp" with various lengths. The newly synthesized ODNs were revealed to have the deep bending property with HMGB1 A-box protein binding ability. This strategy could provide ready access to systematic preparations of structurally altered ODNs, which would be a useful system for studying structure-specific DNA recognition. Of great significance is this single-point modification of DNA, which results in significant global alteration of the structural features of DNA to acquire new functions.