first three-dimensional structure of any bacterial Class II KARI. The enzyme consists of two domains, one with mixed alpha/beta structure, which is similar to that found in other pyridine nucleotide-dependent dehydrogenases. The second domain is mainly alpha-helical and shows strong evidence of internal duplication. Comparison of the active sites between KARI of E. coli, Pseudomonas aeruginosa, and spinach
酮酸还原异构酶(KARI;
EC 1.1.1.86)催化了支链
氨基酸生物合成中的两个步骤。跨物种的
氨基酸序列比较显示,这种酶有两种类型:一种在真菌和大多数细菌中发现的短型(I类),以及一种植物典型的长型(II类)。每种晶体的结构以前已有报道。但是,某些细菌(如大肠杆菌)具有很长的形式,其
氨基酸序列与植物中的
氨基酸序列明显不同。在这里,我们报告了2.6 A分辨率的大肠杆菌酶的晶体结构,这是任何细菌II类KARI的第一个三维结构。该酶由两个结构域组成,一个结构域具有混合的α/β结构,与其他
吡啶核苷酸依赖性脱氢酶中的结构域相似。第二个域主要是α-螺旋,并显示出内部重复的有力证据。大肠杆菌,
铜绿假单胞菌和菠菜的KARI之间的活性位点比较表明,大多数残基占据活性位点的保守位置。大肠杆菌KARI结晶为四聚体,可能是
生物活性单位。与此形成鲜明对比的是
铜绿假单胞菌KARI和二聚体菠菜KARI。在大肠杆菌K