1,3-Dideaza-2'-deoxyadenosine | 127553-27-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 苯并咪唑类
• 英文名称: 1,3-Dideaza-2'-deoxyadenosine
• 英文别名: (2R,3S,5R)-5-(4-aminobenzimidazol-1-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-ol
• CAS: 127553-27-9
• 化学式: C₁₂H₁₅N₃O₃
• 分子量: 249.269
• InChiKey: VSQKCXSLBZOCFJ-HBNTYKKESA-N

物化性质

• 熔点：
  180-181 °C(Solv: ethanol (64-17-5))
• 沸点：
  588.8±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.62±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.1
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.42
• 拓扑面积：
  93.5
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1,3-Dideaza-2'-deoxyadenosine 在 吡啶 、 三甲基氯硅烷 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 生成 1-<2-deoxy-5-O-(4,4'-dimethoxytriphenylmethyl)-β-D-erythro-pentofuranosyl>-4-<<(9H-fluoren-9-yl)methoxy>carbonylamino>benzimidazole 3'-<(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropylphosphoramidite>
  参考文献：
  名称：

  包含两个AgI离子的连续金属介导碱基对

  摘要：

  通过使用金属介导的碱基对将过渡金属离子掺入核酸已被证明是对这些生物分子进行位点特异性功能化的有前途的策略。我们在这里报告了包括1，3-dideaza-2'-deoxyadenosine和thymidine的Ag +介导的Hoogsteen型碱基对的形成。通过使腺嘌呤的沃森-克里克边缘失功能，禁止形成规则的碱基对。亚甲基部分额外取代腺嘌呤的N3氮原子增加了环外氨基的碱性。因此，1,3-二氮杂氮腺嘌呤和胸腺嘧啶能够将两个Ag +离子掺入其Hoogsteen型碱基对中（与之相比，一个Ag +离子与1-deazaadenine和胸腺嘧啶成对）。我们通过结合实验技术（UV和圆二色性（CD）光谱学，动态光散射和质谱法）证明，这种类型的碱基对与不同的序列环境兼容，可以连续用于DNA双螺旋中。当使用含有交替的嘌呤和嘧啶核苷的序列时，观察到最稳定的双链体。进行了色散校正的密度泛函理论计算，以深入了解双重金属

  DOI：

  10.1002/chem.201002944
• 作为产物：
  描述：

  1-Α-氯-3,5-二-O-对甲苯甲酰基-2-脱氧-D-呋喃核糖 在 palladium on activated charcoal 氢氧化钾 、 氢气 、 sodium methylate 作用下， 以 甲醇 、 乙醇 为溶剂， 反应 55.5h， 生成 1,3-Dideaza-2'-deoxyadenosine
  参考文献：
  名称：

  Stereoselective Glycosylation of Nitrobenzimidazole Anions: Synthesis of 1,3-Dideaza-2′-deoxyadenosine and Related 2′-Deoxyribofuranosides

  摘要：

  描述了 1,3-二氮杂-2′-脱氧腺苷（1）和相关苯并咪唑 2′-脱氧核苷的合成。5(6)-nitrobenzimidazole (9) 或 4(7)-nitrobenzimidazole (15) 与 1-chloro-2-deoxy-3,5-bis-O -(4-methylbenzoyl)-α-D-erythro-pentofuranose (10) 在乙腈中进行固液相转移糖基化，得到了 N-1 和 N-3 ²-D-2′-deoxyribofuranosides 异构体。分别使用三[2-（2-甲氧基乙氧基）乙基]胺（TDA-1）或[18]冠-6 作为相转移催化剂，以及氢氧化钾或碳酸钾作为无机碱，可改变糖基化产率以及异构体和雷公藤异构体的比例。通过臻普伦-脱保护和随后的催化氢化反应，得到了相应的氨基化合物 1、2、4、5 和 7。根据 1H 和 13C-NMR 光谱，证明了同分异构体和区域异构体的结构。苯并咪唑 2′-脱氧核糖核酸苷 4 和 5 分别在 Î "max =362 和 395 纳米波长处显示出强烈的荧光。1,3-二氮杂-2′-脱氧腺苷（c1c3Ad，1）在 1 N 盐酸中比 dA（3a）更稳定。在碱性条件下，化合物 1 会分解，而 Regioisomer 2 则很稳定。化合物 1 不是腺苷脱氨酶的底物。

  DOI：

  10.1055/s-1989-27429

文献信息

• Oligodeoxyribonucleotides Containing 4-Aminobenzimidazole in Place of Adenine: Solid-phase synthesis and base pairing
  作者：Frank Seela、Thomas Wenzel

  DOI：10.1002/hlca.19950780405

  日期：1995.6.28

  homooligonuclectide as well as in oligomers containing naturally occurring nucleosides. The Tm values and the thermodynamic data of various duplexes (11 · 10, 17 · 10, 18 · 10) containing 4-aminobenzimidazole were determined. Although d[(c1c3A)20] (11) does not form a Hoogsteen duplex with d(T20) (10) as observed with d[(c1A)20], it destabilizes the Watson-Crick duplexes to a much smaller extent than

  合成了含有4-氨基苯并咪唑2′-脱氧核糖呋喃糖苷（1，3-dideaza-2′-脱氧腺苷； c 1 c 3 A d，1）的寡核苷酸。为此目的，研究了各种NH 2-保护基，并选择了[（9 H-芴-9-基）甲氧基]羰基用于亚磷酰胺的保护（4c）。除了亚磷酰胺3之外，还制备了膦酸酯2。将化合物1掺入均聚寡核苷酸以及含有天然存在的核苷的低聚物中。的Ť米值和各种双链体的热力学数据（11 · 10，17 · 10，18 · 10）测定含有4-氨基苯并咪唑。尽管d [（c 1 c 3 A）20 ]（11）不会与d [（c 1 A）20 ]形成与d（T 20）（10）形成Hoogsteen双链体，但它会使Watson - Crick不稳定双工的程度要比凸出的环状结构所预期的要小得多。显然，4-氨基苯并咪唑与Watson - Crick双链体结构中的规则核苷残基相互作用，很可能是通过垂直堆积进行的。根据氨基的低碱性，仅预期弱的H键。
• Benzimidazoles in the Reaction of Enzymatic Transglycosylation
  作者：Igor Mikhailopulo、Zygmunt Kazimierczuk、Anatoli Zinchenko、Vladimir Barai、Valeria Romanova、Ludmilla Eroshevskaya

  DOI：10.1080/15257779508012409

  日期：1995.5.1

  Substrate activity of a broad spectrum of derivatives of benzimidazole in the reaction of enzymatic ribo- and 2-deoxyribosylation catalyzed by purine nucleoside phosphorylase of whole cells of E. coli BMT-1D/1A has been studied. Guanosine or 2'-deoxyguanosine were used as glycosyl donors.
• SEELA, F.;BOURGEOIS, W., SYNTHESIS,(1989) N2, C. 912-918
  作者：SEELA, F.、BOURGEOIS, W.

  DOI：——

  日期：——
• Stereoselective Glycosylation of Nitrobenzimidazole Anions: Synthesis of 1,3-Dideaza-2′-deoxyadenosine and Related 2′-Deoxyribofuranosides
  作者：F. Seela、W. Bourgeois

  DOI：10.1055/s-1989-27429

  日期：——

  The synthesis of 1,3-dideaza-2′-deoxyadenosine (1) and related benzimidazole 2′-deoxyribonucleosides is described. Solid-liquid phase-transfer glycosylation of 5(6)-nitrobenzimidazole (9) or 4(7)-nitrobenzimidazole (15) in acetonitrile with 1-chloro-2-deoxy-3,5-bis-O -(4-methylbenzoyl)-α-D-erythro-pentofuranose (10) gave regioisomeric N-1 and N-3 β-D-2′-deoxyribofuranosides. The glycosylation yield, as well as the ratio of anomers and regioisomers, was altered by use of either tris[2-(2-methoxyethoxy)ethyl]amine (TDA-1) or [18]crown-6 as phase-transfer catalysts and potassium hydroxide or potassium carbonate as inorganic bases, respectively. Zemplén-deprotection and subsequent catalytic hydrogenation afforded the corresponding amino compounds 1, 2, 4, 5 and 7. Structural proof of anomeric and regio-isomeric compounds was made on the basis of 1H- and 13C-NMR spectroscopy. The benzimidazole 2′-deoxyribofuranosides 4 and 5 exhibit strong fluorescence at λmax =362 and 395 nm, respectively. 1,3-Dideaza-2′-deoxyadenosine (c1c3Ad, 1) is more stable in 1 N hydrochloric acid than dA (3a). Under alkaline conditions, compound 1 decomposes whereas the regioisomer 2 is stable. Compound 1 is no substrate for adenosine deaminase.

  描述了 1,3-二氮杂-2′-脱氧腺苷（1）和相关苯并咪唑 2′-脱氧核苷的合成。5(6)-nitrobenzimidazole (9) 或 4(7)-nitrobenzimidazole (15) 与 1-chloro-2-deoxy-3,5-bis-O -(4-methylbenzoyl)-α-D-erythro-pentofuranose (10) 在乙腈中进行固液相转移糖基化，得到了 N-1 和 N-3 ²-D-2′-deoxyribofuranosides 异构体。分别使用三[2-（2-甲氧基乙氧基）乙基]胺（TDA-1）或[18]冠-6 作为相转移催化剂，以及氢氧化钾或碳酸钾作为无机碱，可改变糖基化产率以及异构体和雷公藤异构体的比例。通过臻普伦-脱保护和随后的催化氢化反应，得到了相应的氨基化合物 1、2、4、5 和 7。根据 1H 和 13C-NMR 光谱，证明了同分异构体和区域异构体的结构。苯并咪唑 2′-脱氧核糖核酸苷 4 和 5 分别在 Î "max =362 和 395 纳米波长处显示出强烈的荧光。1,3-二氮杂-2′-脱氧腺苷（c1c3Ad，1）在 1 N 盐酸中比 dA（3a）更稳定。在碱性条件下，化合物 1 会分解，而 Regioisomer 2 则很稳定。化合物 1 不是腺苷脱氨酶的底物。
• Contiguous Metal‐Mediated Base Pairs Comprising Two Ag ^I Ions
  作者：Dominik A. Megger、Célia Fonseca Guerra、Jan Hoffmann、Bernhard Brutschy、F. Matthias Bickelhaupt、Jens Müller

  DOI：10.1002/chem.201002944

  日期：2011.5.27

  transition‐metal ions into nucleic acids by using metal‐mediated base pairs has proved to be a promising strategy for the site‐specific functionalization of these biomolecules. We report herein the formation of Ag+‐mediated Hoogsteen‐type base pairs comprising 1,3‐dideaza‐2′‐deoxyadenosine and thymidine. By defunctionalizing the Watson–Crick edge of adenine, the formation of regular base pairs is prohibited

  通过使用金属介导的碱基对将过渡金属离子掺入核酸已被证明是对这些生物分子进行位点特异性功能化的有前途的策略。我们在这里报告了包括1，3-dideaza-2'-deoxyadenosine和thymidine的Ag +介导的Hoogsteen型碱基对的形成。通过使腺嘌呤的沃森-克里克边缘失功能，禁止形成规则的碱基对。亚甲基部分额外取代腺嘌呤的N3氮原子增加了环外氨基的碱性。因此，1,3-二氮杂氮腺嘌呤和胸腺嘧啶能够将两个Ag +离子掺入其Hoogsteen型碱基对中（与之相比，一个Ag +离子与1-deazaadenine和胸腺嘧啶成对）。我们通过结合实验技术（UV和圆二色性（CD）光谱学，动态光散射和质谱法）证明，这种类型的碱基对与不同的序列环境兼容，可以连续用于DNA双螺旋中。当使用含有交替的嘌呤和嘧啶核苷的序列时，观察到最稳定的双链体。进行了色散校正的密度泛函理论计算，以深入了解双重金属