2,3,3-trimethyl-1-(3-phenylpropyl)-3H-indol-1-ium bromide | 1388714-10-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吲哚及其衍生物
• 英文名称: 2,3,3-trimethyl-1-(3-phenylpropyl)-3H-indol-1-ium bromide
• 英文别名: 2,3,3-Trimethyl-1-(3-phenylpropyl)indol-1-ium;bromide
• CAS: 1388714-10-0
• 化学式: Br*C₂₀H₂₄N
• 分子量: 358.321
• InChiKey: KHLASOOVKCCGHU-UHFFFAOYSA-M

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.72
• 重原子数：
  22
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.35
• 拓扑面积：
  3
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  1

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  费舍尔氏醛 、 2,3,3-trimethyl-1-(3-phenylpropyl)-3H-indol-1-ium bromide 在 乙酸酐 作用下， 生成 2-((1E,3E)-3-(3,3-dimethyl-1-(3-phenylpropyl)indolin-2-ylidene)prop-1-en-1-yl)-1,3,3-trimethyl-3H-indol-1-ium bromide
  参考文献：
  名称：

  花青素化合物作为蛋白精氨酸甲基转移酶的选择性抑制剂的探索：合成与生物学评价。

  摘要：

  精氨酸甲基转移酶1（PRMT1）参与许多生物学活动，例如基因转录，信号转导和RNA处理。PRMT1的过度表达与心血管疾病，肾脏疾病和癌症有关；因此，选择性PRMT1抑制剂可作为化学探针来研究PRMT​​1的生物学功能和用于疾病治疗的候选药物。我们以前的工作发现了有效抑制PRMT1活性的三甲胺花青化合物。在我们目前的研究中，我们系统地研究了花菁结构的结构-活性关系。五甲胺化合物E-84（化合物50）在微摩尔水平上对PRMT1表现出抑制作用，其选择性是CARM1，PRMT5和PRMT8的6至25倍。细胞活性表明该化合物50渗入细胞膜，抑制细胞PRMT1活性，并阻止白血病细胞增殖。此外，我们的分子对接研究表明，化合物50可能通过占据辅因子结合位点发挥作用，这为指导进一步优化该先导化合物提供了路线图。

  DOI：

  10.1021/jm501452j
• 作为产物：
  描述：

  苯肼,盐酸盐 在 溶剂黄146 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 72.0h， 生成 2,3,3-trimethyl-1-(3-phenylpropyl)-3H-indol-1-ium bromide
  参考文献：
  名称：

  Selective G-Quadruplex DNA Recognition by a New Class of Designed Cyanines

  摘要：

  多种菁染料作为DNA染料和传感器具有多功能性和灵敏性，并已通过结构修饰，以序列依赖的方式结合于DNA小沟。同样，我们正在开发一套新的菁染料，这些染料被设计用于高度选择性地结合DNA G-四链体，而对DNA双链的结合力较弱。系统地合成了结构类似的三甲川菁染料并评估了其对四链体的靶向作用。结果显示，增强四链体结合和特异性对多甲川链长度、杂环结构和化合物的固有电荷非常敏感。生物物理实验表明，这些化合物对四链体结合表现出显著的选择性，更偏好于平行链四链体，如cMYC。核磁共振研究揭示了主要通过末端堆积模式结合，表面等离子体共振研究显示最强的化合物主要的解离常数值低于100 nM，而对双链体的结合力几乎弱了100倍。这些新设计的三甲川菁染料对四链体的高度选择性以及它们区分不同四链体的能力是非常有前景的特性，有望开发它们作为体内靶向四链体的新型探针。

  DOI：

  10.3390/molecules181113588

文献信息

• Selective G-Quadruplex DNA Recognition by a New Class of Designed Cyanines
  作者：Rupesh Nanjunda、Eric Owens、Leah Mickelson、Tyler Dost、Ekaterina Stroeva、Hang Huynh、Markus Germann、Maged Henary、W. Wilson

  DOI：10.3390/molecules181113588

  日期：——

  A variety of cyanines provide versatile and sensitive agents acting as DNA stains and sensors and have been structurally modified to bind in the DNA minor groove in a sequence dependent manner. Similarly, we are developing a new set of cyanines that have been designed to achieve highly selective binding to DNA G-quadruplexes with much weaker binding to DNA duplexes. A systematic set of structurally analogous trimethine cyanines has been synthesized and evaluated for quadruplex targeting. The results reveal that elevated quadruplex binding and specificity are highly sensitive to the polymethine chain length, heterocyclic structure and intrinsic charge of the compound. Biophysical experiments show that the compounds display significant selectivity for quadruplex binding with a higher preference for parallel stranded quadruplexes, such as cMYC. NMR studies revealed the primary binding through an end-stacking mode and SPR studies showed the strongest compounds have primary KD values below 100 nM that are nearly 100-fold weaker for duplexes. The high selectivity of these newly designed trimethine cyanines for quadruplexes as well as their ability to discriminate between different quadruplexes are extremely promising features to develop them as novel probes for targeting quadruplexes in vivo.

  多种菁染料作为DNA染料和传感器具有多功能性和灵敏性，并已通过结构修饰，以序列依赖的方式结合于DNA小沟。同样，我们正在开发一套新的菁染料，这些染料被设计用于高度选择性地结合DNA G-四链体，而对DNA双链的结合力较弱。系统地合成了结构类似的三甲川菁染料并评估了其对四链体的靶向作用。结果显示，增强四链体结合和特异性对多甲川链长度、杂环结构和化合物的固有电荷非常敏感。生物物理实验表明，这些化合物对四链体结合表现出显著的选择性，更偏好于平行链四链体，如cMYC。核磁共振研究揭示了主要通过末端堆积模式结合，表面等离子体共振研究显示最强的化合物主要的解离常数值低于100 nM，而对双链体的结合力几乎弱了100倍。这些新设计的三甲川菁染料对四链体的高度选择性以及它们区分不同四链体的能力是非常有前景的特性，有望开发它们作为体内靶向四链体的新型探针。
• Near-Infrared Heptamethine Cyanine Dyes for Nanoparticle-Based Photoacoustic Imaging and Photothermal Therapy
  作者：Anna St. Lorenz、Emmanuel Ramsey Buabeng、Oleh Taratula、Olena Taratula、Maged Henary

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.1c00771

  日期：2021.6.24

  library of near-infrared (NIR) heptamethine cyanine dyes for biomedical application as photoacoustic imaging and photothermal agents. These hydrophobic dyes were incorporated into a polymer-based nanoparticle system to provide aqueous solubility and protection of the photophysical properties of each dye scaffold. Among those heptamethine cyanine dyes analyzed, 13 compounds within the nontoxic polymeric

  我们合成并表征了近红外 （NIR） 七甲嘧花青染料库，用于生物医学应用，作为光声成像和光热剂。这些疏水性染料被掺入基于聚合物的纳米颗粒系统中，以提供水溶性并保护每个染料支架的光物理特性。在分析的七甲嘧花青染料中，选择了无毒聚合物纳米颗粒中的 13 种化合物，以举例说明近红外 （∼650–850 nm） 光谱区域内的光稳定性、光声成像和光热行为方面的结构关系。在我们的染料设计中观察到的最重要结构特征包括疏水性、可旋转键、重原子效应以及染料核心内中心环己烯环的稳定性。在本项目中开发的 NIR 试剂用于引发结构-功能关系，强调其光声和光热特性，旨在生产用于临床的可定制 NIR 光声和光热工具。
• Synthesis and evaluation of carbocyanine dyes as PRMT inhibitors and imaging agents
  作者：Sarmistha Halder Sinha、Eric A. Owens、You Feng、Yutao Yang、Yan Xie、Yaping Tu、Maged Henary、Yujun George Zheng

  DOI：10.1016/j.ejmech.2012.06.017

  日期：2012.8

  Protein arginine methylation regulates multiple biological processes. Deregulation of protein arginine methyltransferase (PRMT) activities has been observed in many disease phenotypes. Small molecule probes that target PRMTs with strong affinity and selectivity can be used as valuable tools to dissect biological mechanisms of arginine methylation and establish the role of PRMT proteins in a disease process. In this work, we report synthesis and evaluation of a class of carbocyanine compounds containing indolium, benz[e]indolium or benz[c,d]indolium heterocyclic moieties that bind to the predominant arginine methyltransferase PRMT1 and inhibit its methyltransferase activity at low micromolar potencies. In particular, the developed molecules have long wavelength colorimetric and fluorometric photoactivities, which can be used for optical and near-infrared fluorescence imaging in cells or biological tissues. Together, these new chemical probes have potential application in PRMT studies both as enzyme inhibitors and as fluorescent dyes for microscope imaging. (C) 2012 Elsevier Masson SAS. All rights reserved.
• Synthesis and effect of heterocycle modification on the spectroscopic properties of a series of unsymmetrical trimethine cyanine dyes
  作者：Andrew Levitz、Safieh Tork Ladani、Donald Hamelberg、Maged Henary

  DOI：10.1016/j.dyepig.2014.02.009

  日期：2014.6

  quantum yield and molar absorptivity. The aggregation of these cyanine dyes was studied and compared to a similar series of symmetric cyanine dyes. It was determined that the heterocycle has more effect on aggregation than the side chain and a dye with two different heterocycles will aggregate less than a dye with the same heterocycle. The dyes were also investigated for Lipinski Rule violations as their

  碳菁染料是一类有机化合物，其中包含两个杂环，这些杂环充当通过共轭次甲基桥连接的电子供体和受体。本文报道了一系列16种新型不对称三甲胺花青染料的合成。通过各种光谱技术表征了它们的结构，并测量了它们的光学性质。使用随时间变化的密度泛函理论方法计算染料的吸收最大值，并且计算的吸收最大值与实验数据一致。在杂环上添加吸电子取代基例如卤素给出了更有利的光学性质，例如更高的量子产率和摩尔吸收率。对这些花青染料的聚集进行了研究，并将其与类似系列的对称花青染料进行了比较。已确定杂环比侧链对聚集的影响更大，并且具有两个不同杂环的染料的聚集将比具有相同杂环的染料的聚集少。还研究了这种染料是否违反Lipinski规则，因为它们的使用越来越普遍。体内应用。
• Exploration of Cyanine Compounds as Selective Inhibitors of Protein Arginine Methyltransferases: Synthesis and Biological Evaluation
  作者：Hao Hu、Eric A. Owens、Hairui Su、Leilei Yan、Andrew Levitz、Xinyang Zhao、Maged Henary、Yujun George Zheng

  DOI：10.1021/jm501452j

  日期：2015.2.12

  trimethine cyanine compounds that effectively inhibit PRMT1 activity. In our present study, we systematically investigated the structure–activity relationship of cyanine structures. A pentamethine compound, E-84 (compound 50), showed inhibition on PRMT1 at the micromolar level and 6- to 25-fold selectivity over CARM1, PRMT5, and PRMT8. The cellular activity suggests that compound 50 permeated the cellular

  精氨酸甲基转移酶1（PRMT1）参与许多生物学活动，例如基因转录，信号转导和RNA处理。PRMT1的过度表达与心血管疾病，肾脏疾病和癌症有关；因此，选择性PRMT1抑制剂可作为化学探针来研究PRMT​​1的生物学功能和用于疾病治疗的候选药物。我们以前的工作发现了有效抑制PRMT1活性的三甲胺花青化合物。在我们目前的研究中，我们系统地研究了花菁结构的结构-活性关系。五甲胺化合物E-84（化合物50）在微摩尔水平上对PRMT1表现出抑制作用，其选择性是CARM1，PRMT5和PRMT8的6至25倍。细胞活性表明该化合物50渗入细胞膜，抑制细胞PRMT1活性，并阻止白血病细胞增殖。此外，我们的分子对接研究表明，化合物50可能通过占据辅因子结合位点发挥作用，这为指导进一步优化该先导化合物提供了路线图。