methyl 2-(4-methoxyphenyl)-1H-benzo[d]imidazole-5-carboxylate

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 苯并咪唑类
• 英文名称: methyl 2-(4-methoxyphenyl)-1H-benzo[d]imidazole-5-carboxylate
• 英文别名: methyl 2-(4-methoxyphenyl)-1H-benzimidazole-5-carboxylate；methyl 2-(4-methoxyphenyl)-3H-benzimidazole-5-carboxylate
• 化学式: C₁₆H₁₄N₂O₃
• 分子量: 282.299
• InChiKey: HCRBRYFXPVRDGM-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.1
• 重原子数：
  21
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.12
• 拓扑面积：
  64.2
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  methyl 2-(4-methoxyphenyl)-1H-benzo[d]imidazole-5-carboxylate 在 potassium carbonate 、 一水合肼 作用下， 以 乙醇 、 丙酮 为溶剂， 反应 14.17h， 生成 2-((5-(2-(4-methoxyphenyl)-1H-benzo[d]imidazol-6-yl)-1,3,4-oxadiazol-2-yl)thio)-1-(4-(phenyl)piperazin-1-yl)ethane-1-one
  参考文献：
  名称：

  新型苯并咪唑-1,3,4-恶二唑衍生物作为人I型拓扑异构酶毒物的合成，抗癌评估和分子对接研究。

  摘要：

  摘要 在这项研究中，合成了一些苯并咪唑-恶二唑衍生物，并测试了它们对包括HeLa，MCF7，A549，HepG2和C6在内的五种癌细胞系的体外抗癌活性。通过IR，1 H-NMR，13 C-NMR，2 D-NMR和HRMS光谱法阐明了它们的结构。在所有筛选的化合物中；图5a，5b，5d，5e，5k，5l，5n和5o对各种测试的癌细胞系表现出有效的选择性细胞毒性活性。特别是化合物5l和5n与Heechst 33342和阿霉素相比，其对HeLa细胞系的增殖活性最高，IC 50分别为0.224±0.011 µM和0.205±0.010 µM。此外，根据它们对拓扑异构酶I的抑制能力评估了这些有效的铅细胞毒剂，并且确定了所选化合物抑制了拓扑异构酶I。进行了对接研究，并确定了DNA-拓扑I酶复合物中可能的相互作用。

  DOI：

  10.1080/14756366.2020.1806831
• 作为产物：
  描述：

  3,4-二硝基苯甲酸 在 palladium on activated charcoal 硫酸 、 氢气 作用下， 以 甲醇 、 硝基苯 为溶剂， 反应 29.0h， 生成 methyl 2-(4-methoxyphenyl)-1H-benzo[d]imidazole-5-carboxylate
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and DNA Binding Properties of a Purine Analogue of Bisbenzimide

  摘要：

  The synthesis of a purine containing analogue (1) of bisbenzimide (2) and its DNA binding properties are described. Analogue 1 is found to have increased tolerance for binding to GC sites implying the formation of the new hydrogen bonds between guanine-2-NH2 in the minor groove of DNA and the concave purine N3 atom of 1.

  DOI：

  10.3987/com-91-5859

文献信息

• Tunable Triazole-Phosphine-Copper Catalysts for the Synthesis of 2-Aryl-1<i>H</i> -benzo[d]imidazoles from Benzyl Alcohols and Diamines by Acceptorless Dehydrogenation and Borrowing Hydrogen Reactions
  作者：Zhaojun Xu、Duo-Sheng Wang、Xiaoli Yu、Yongchun Yang、Dawei Wang

  DOI：10.1002/adsc.201700179

  日期：2017.10.4

  activity. Mechanistic studies and deuterium labeling experiments indicated that the reactions proceeded by an initial and reversible alcohol dehydrogenation resulting in a copper hydride intermediate. This was also supported by the direct observation of a diagnostic copper hydride signal by solid‐state infrared spectroscopy. The TAP−Cu‐H complex showed absorptions at 912 cm−1 that could be assigned

  三唑-膦-铜配合物（TAP-Cu）已被合成并用作可调谐和有效的催化剂，用于选择性合成氟代2-芳基-1 H-苯并[d]咪唑和1-苄基-2-芳基1小时一步法制得的简单醇中的苯并[d]咪唑衍生物。TAP-Cu对脱氢和借用氢反应均显示出优异且可调节的催化活性，首次证明了80多个例子。观察到配体在催化剂活性中起关键作用。机理研究和氘标记实验表明，反应是通过初始且可逆的醇脱氢进行的，从而生成氢化铜中间体。固态红外光谱法直接观察氢化铜诊断信号也支持了这一点。TAP-Cu-H络合物在912 cm -1处显示吸收可以分配给氢化铜拉伸。此外，也成功地进行了中间双亚胺的直接捕集。
• Synthesis and antimicrobial activity of some new benzimidazole carboxylates and carboxamides
  作者：Gülgün Ayhan-Kılcıgil、Meral Tunçbilek、Nurten Altanlar、Hakan Göker

  DOI：10.1016/s0014-827x(99)00059-2

  日期：1999.8

  Some benzimidazole carboxylates and carboxamides were synthesized and evaluated for their antimicrobial activities against Staphylococcus aureus, Escherichia coli and Candida albicans. Among the investigated compounds 2d exhibited best activity against C. albicans.

  合成了一些苯并咪唑羧酸盐和羧酰胺，并评估了它们对金黄色葡萄球菌，大肠杆菌和白色念珠菌的抗菌活性。在所研究的化合物中，2d表现出对白色念珠菌的最佳活性。
• Synthesis and biological evaluation of benzimidazole–oxindole conjugates as microtubule-targeting agents
  作者：Ahmed Kamal、B. Nagaseshadri、V. Lakshma Nayak、Vunnam Srinivasulu、Manda Sathish、Jeevak Sopanrao Kapure、C. Suresh Reddy

  DOI：10.1016/j.bioorg.2015.09.003

  日期：2015.12

  A series of benzimidazole–oxindole conjugates were synthesized and evaluated for their cytotoxic activity. The cytotoxicity assay results suggest that conjugates 5c and 5p exhibit promising cytotoxicity against human breast cancer cell line (MCF-7). The Cell cycle analysis revealed that these conjugates induced cell cycle arrest at G2/M phase in MCF-7 cells. The tubulin polymerization assay results

  合成了一系列苯并咪唑-羟吲哚缀合物，并评估了它们的细胞毒性活性。细胞毒性测定结果表明，缀合物5c和5p对人乳腺癌细胞系（MCF-7）显示出有希望的细胞毒性。细胞周期分析表明，这些缀合物诱导了MCF-7细胞在G2 / M期的细胞周期停滞。微管蛋白聚合测定结果表明，这些结合物抑制微管蛋白聚合，IC 50值分别为1.12和1.59μM。免疫荧光分析还表明，这些结合物可有效抑制MCF-7细胞中的微管组装。此外，分子对接研究表明这些缀合物5c和5p与微管蛋白相互作用并有效结合。总体而言，结果表明这些苯并咪唑-羟吲哚共轭物通过抑制微管蛋白聚合而具有细胞毒性。
• Design and Synthesis of a Cell-Permeable, Drug-Like Small Molecule Inhibitor Targeting the Polo-Box Domain of Polo-Like Kinase 1
  作者：Ganipisetti Srinivasrao、Jung-Eun Park、Sungmin Kim、Mija Ahn、Chaejoon Cheong、Ky-Youb Nam、Pethaiah Gunasekaran、Eunha Hwang、Nam-Hyung Kim、Song Yub Shin、Kyung S. Lee、Eunkyung Ryu、Jeong Kyu Bang

  DOI：10.1371/journal.pone.0107432

  日期：——

  Background Polo-like kinase-1 (Plk1) plays a crucial role in cell proliferation and the inhibition of Plk1 has been considered as a potential target for specific inhibitory drugs in anti-cancer therapy. Several research groups have identified peptide-based inhibitors that target the polo-box domain (PBD) of Plk1 and bind to the protein with high affinity in in vitro assays. However, inadequate proteolytic resistance and cell permeability of the peptides hinder the development of these peptide-based inhibitors into novel therapeutic compounds. Methodology/Principal Findings In order to overcome the shortcomings of peptide-based inhibitors, we designed and synthesized small molecule inhibitors. Among these molecules, bg-34 exhibited a high binding affinity for Plk1-PBD and it could cross the cell membrane in its unmodified form. Furthermore, bg-34-dependent inhibition of Plk1-PBD was sufficient for inducing apoptosis in HeLa cells. Moreover, modeling studies performed on Plk1-PBD in complex with bg-34 revealed that bg-34 can interact effectively with Plk1-PBD. Conclusion/Significance We demonstrated that the molecule bg-34 is a potential drug candidate that exhibits anti-Plk1-PBD activity and possesses the favorable characteristics of high cell permeability and stability. We also determined that bg-34 induced apoptotic cell death by inhibiting Plk1-PBD in HeLa cells at the same concentration as PEGylated 4j peptide, which can inhibit Plk1-PBD activity 1000 times more effectively than bg-34 can in in vitro assays. This study may help to design and develop drug-like small molecule as Plk1-PBD inhibitor for better therapeutic activity.

  背景：类泊洛激酶-1（Plk1）在细胞增殖中扮演着关键角色，抑制Plk1被视为抗癌治疗中特异抑制药物的潜在目标。多个研究小组已识别出针对Plk1的泊洛框区域（PBD）的肽类抑制剂，并在体外实验中以高亲和力结合该蛋白。然而，这些肽类抑制剂在蛋白酶抗性和细胞通透性方面不足，阻碍了其发展为新型治疗化合物。 方法/主要发现：为了克服肽类抑制剂的缺点，我们设计并合成了小分子抑制剂。在这些分子中，bg-34对Plk1-PBD表现出高度的结合亲和力，并且可以以未修饰形式跨越细胞膜。此外，bg-34依赖性抑制Plk1-PBD足以在HeLa细胞中诱导凋亡。此外，对Plk1-PBD与bg-34复合体进行的建模研究显示，bg-34能够有效与Plk1-PBD相互作用。 结论/意义：我们证明了分子bg-34是一个具有潜力的药物候选者，表现出抗Plk1-PBD活性，并具备高细胞通透性和稳定性等有利特征。我们还确定，bg-34通过抑制HeLa细胞中的Plk1-PBD诱导凋亡性细胞死亡，其浓度与PEG化4j肽相同，而后者在体外实验中能够比bg-34更有效地抑制Plk1-PBD活性1000倍。本研究可能有助于设计和开发像Plk1-PBD抑制剂的药物样小分子，以提高治疗活性。
• Structure‐Guided Synthesis and Evaluation of Small‐Molecule Inhibitors Targeting Protein–Protein Interactions of BRCA1 tBRCT Domain
  作者：Vadiraj Kurdekar、Saranya Giridharan、Jasti Subbarao、Mamatha B. Nijaguna、Jayaprakash Periasamy、Sanjana Boggaram、Amol V. Shivange、Gayathri Sadasivam、Muralidhara Padigaru、Vijay Potluri、Ashok R. Venkitaraman、Kavitha Bharatham

  DOI：10.1002/cmdc.201900300

  日期：2019.9.18

  effective in abrogating BRCA1 foci formation and inhibiting G2 arrest induced by irradiation of cells. Collectively, our findings reveal structural features underlying the activity of a novel inhibitor of phosphopeptide recognition by the BRCA1 tBRCT domain, providing fresh insights to guide the development of inhibitors that target protein-protein interactions.

  BRCA1的串联BRCT结构域（tBRCT）结合靶蛋白中的含磷酸丝氨酸的基序，以传播由DNA损伤引发的细胞内信号，从而控制细胞周期停滞和DNA修复。最近，我们确定了Bractoppin，BRCA1 tBRCT域的第一个小分子抑制剂，该抑制剂选择性地中断DNA损伤引起的BRCA1介导的细胞反应。在这里，我们结合结构指导的化学精制，蛋白质诱变和细胞分析来定义负责Bractoppin活性的结构特征。Bractoppin无法结合BRCA1 tBRCT的突变形式，该突变形式带有K1702A，介导磷酸肽识别的关键残基，或邻接pSer识别位点的F1662R或L1701K。但是，M1775R突变与共有磷酸肽基序pSer-XX-Phe中的Phe残基结合，不会影响Bractoppin的结合，从而证实了与底物磷酸肽结合不同的结合方式。我们在生化分析中通过结构指导的化学加工和表征的构效关系（SAR）探索了这些结构