3-azido-5-(azidomethyl)-benzoic acid | 1310822-77-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: 3-azido-5-(azidomethyl)-benzoic acid
• 英文别名: 3-Azido-5-(azidomethyl)benzoic acid
• CAS: 1310822-77-5
• 化学式: C₈H₆N₆O₂
• 分子量: 218.175
• InChiKey: OWECNHMRTWJKDH-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.3
• 重原子数：
  16
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.12
• 拓扑面积：
  66
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3-azido-5-(azidomethyl)-benzoic acid 在 草酰氯 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 23.0h， 生成 3-azido-5-(azidomethyl)-N,N-diethylbenzamide
  参考文献：
  名称：

  正式的 CH-叠氮化 - 基于二叠氮构建块的快捷方式，用于多功能制备光亲和标记探针

  摘要：

  在铱催化的 C-H 硼酸化和铜催化的 1,3-二取代苯的连续叠氮化反应的基础上，建立了具有不同可连接基团的二叠氮基单元的短合成路线，然后是多种叠氮基友好官能团转化。这些构建块促进了有效的二叠氮光亲和标记探针的快速开发，这些探针可用于识别生物活性化合物的未知目标生物分子。

  DOI：

  10.1002/ejoc.201402516
• 作为产物：
  描述：

  3-甲基苯甲酸甲酯 在 potassium fluoride 、 N-溴代丁二酰亚胺(NBS) 、 sodium azide 、 (1,5-cyclooctadiene)(methoxy)iridium(I) dimer 、 偶氮二异丁腈 、 叠氮基三甲基硅烷 、 4,4'-二叔丁基-2,2'-二吡啶 、 copper(l) chloride 、 sodium hydroxide 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 四氯化碳 、 正己烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 10.0h， 生成 3-azido-5-(azidomethyl)-benzoic acid
  参考文献：
  名称：

  正式的 CH-叠氮化 - 基于二叠氮构建块的快捷方式，用于多功能制备光亲和标记探针

  摘要：

  在铱催化的 C-H 硼酸化和铜催化的 1,3-二取代苯的连续叠氮化反应的基础上，建立了具有不同可连接基团的二叠氮基单元的短合成路线，然后是多种叠氮基友好官能团转化。这些构建块促进了有效的二叠氮光亲和标记探针的快速开发，这些探针可用于识别生物活性化合物的未知目标生物分子。

  DOI：

  10.1002/ejoc.201402516

文献信息

• Design, synthesis, modeling, biological evaluation and photoaffinity labeling studies of novel series of photoreactive benzamide probes for histone deacetylase 2
  作者：Aditya Sudheer Vaidya、Bhargava Karumudi、Emma Mendonca、Antonett Madriaga、Hazem Abdelkarim、Richard B. van Breemen、Pavel A. Petukhov

  DOI：10.1016/j.bmcl.2012.06.017

  日期：2012.8

  The design, modeling, synthesis, biological evaluation of a novel series of photoreactive benzamide probes for class I HDAC isoforms is reported. The probes are potent and selective for HDAC1 and 2 and are efficient in crosslinking to HDAC2 as demonstrated by photolabeling experiments. The probes exhibit a time-dependent inhibition of class I HDACs. The inhibitory activities of the probes were influenced

  报告了针对 I 类 HDAC 同种型的一系列新型光反应性苯甲酰胺探针的设计、建模、合成和生物学评估。这些探针对 HDAC1 和 2 是有效的和选择性的，并且如光标记实验所证明的那样，可以有效地与 HDAC2 交联。探针表现出对 I 类 HDAC 的时间依赖性抑制。探针的抑制活性受到光交联和生物素标签附着所必需的芳基和烷基叠氮基的定位的影响。探针抑制 MDA-MB-231 细胞系中 H4 的脱乙酰化，表明它们具有细胞渗透性并靶向核 HDAC。
• Design, Synthesis, Docking, and Biological Evaluation of Novel Diazide-Containing Isoxazole- and Pyrazole-Based Histone Deacetylase Probes
  作者：Raghupathi Neelarapu、Denise L. Holzle、Subash Velaparthi、He Bai、Michael Brunsteiner、Sylvie Y. Blond、Pavel A. Petukhov

  DOI：10.1021/jm2001025

  日期：2011.7.14

  The design, synthesis, docking, and biological evaluation of novel potent HDAC3 and HDAC8 isoxazole- and pyrazole-based diazide probes suitable for binding ensemble profiling with photoaffinity labeling (BEProFL) experiments in cells is described. Both the isoxazole- and pyrazole-based probes exhibit low nanomolar inhibitory activity against HDAC3 and HDAC8, respectively. The pyrazole-based probe 3f

  描述了新型强效 HDAC3 和 HDAC8 异恶唑和吡唑基二叠氮探针的设计、合成、对接和生物学评估，适用于结合细胞中的光亲和标记 (BEProFL) 实验进行合奏分析。基于异恶唑和吡唑的探针分别对 HDAC3 和 HDAC8 表现出低纳摩尔抑制活性。基于吡唑的探针3f似乎是文献中报道的最活跃的 HDAC8 抑制剂之一，IC 50为 17 nM。我们的对接研究表明，与基于异恶唑的配体不同，基于吡唑的配体足够灵活，可以占据 HDAC8 的第二个结合位点。探针/抑制剂2b、3a、3c和3f 通过抑制核 HDACs 在微摩尔浓度下发挥抗增殖和神经保护活性，表明它们是细胞渗透性的，叠氮化物或二叠氮化物基团的存在不会干扰神经保护特性，或增强细胞毒性，或影响细胞渗透性。
• Synthesis of Penicillenol C₁ and of a Bis-Azide Analogue for Photoaffinity Labeling
  作者：Karl Kempf、Aruna Raja、Florenz Sasse、Rainer Schobert

  DOI：10.1021/jo3026737

  日期：2013.3.15

  enantiopure 2-methyloct-(6E)-enoic acids. The 5S,6R,9S isomer has NMR spectra and optical rotation identical with those of the natural compound. A bis-azide-tagged penicillenol analogue was also synthesized for photoaffinity labeling of target proteins. The photolysis of the bis-azide in the presence of methanol as a protein-mimicking nucleophile led to reaction only of the aryl azide, while leaving the

  青霉代谢产物青霉素C 1的两种非对映异构体是通过将1-苏氨酸衍生的四酸与对映体纯的2-甲基辛基-（6 E）-烯酸进行3-酰化而首次合成的。5 S，6 R，9 S异构体的NMR光谱和旋光度与天然化合物相同。还合成了双叠氮化物标记的青霉素烯类似物，用于靶蛋白的光亲和标记。在甲醇（类似于蛋白质的亲核试剂）的存在下，双叠氮化物的光解仅导致芳基叠氮化物的反应，而苄基叠氮化物可用于下拉或附着荧光示踪剂。作为概念的证明，通过叠氮化物标签和膦荧光团之间的施陶丁格（Staudinger）连接，可以看到在活细胞中这种双叠氮化物标记的四酸的分布。
• Clickable photoaffinity ligands for the human serotonin transporter based on the selective serotonin reuptake inhibitor (S)-citalopram
  作者：Nageswari Yarravarapu、Laura Geffert、Christopher K. Surratt、Michael Cascio、David J. Lapinsky

  DOI：10.1016/j.bmcl.2018.09.029

  日期：2018.11

  (SSRI) (S)-citalopram that were rationally designed and synthesized to contain a photoreactive benzophenone or an aryl azide for protein target capture via photoaffinity labeling and a terminal alkyne or an aliphatic azide for click chemistry-based proteomics. Specifically, clickable benzophenone-based (S)-citalopram photoprobe 6 (hSERT Ki = 0.16 nM) displayed 11-fold higher binding affinity at hSERT

  迄今为止，靶向人类血清素转运蛋白（hSERT）的光亲和配体的开发已基于放射性同位素（即3 H或125 I），hSERT是一种涉及疾病状态（如抑郁和焦虑）的关键蛋白。而是强调了选择性5-羟色胺再摄取抑制剂（SSRI）（S）-西酞普兰的三种衍生物，这些衍生物经过合理设计和合成，包含光反应性二苯甲酮或芳基叠氮化物，用于通过光亲和标记和末端炔烃或脂族叠氮化物捕获蛋白质靶标。用于基于化学点击的蛋白质组学。具体而言，可点击的基于二苯甲酮的（S）-西酞普兰光电探针6（hSERT K i =（0.16 nM）与（S）-西酞普兰（hSERT K i  = 1.77 nM）相比，在hSERT处显示出11倍的高结合亲和力，随后显示使用纯化的hSERT成功地进行了串联光亲和标记-双正交偶联。给定可点击的光探针可以用于各种应用，这取决于在光亲和标记后通过点击化学将哪个报道分子连接到了报道分子上，预计光探针6将在结构
• Solid-Phase Total Synthesis of Sandramycin and Its Analogues
  作者：Yuya Komatani、Kyoka Momosaki、Akira Katsuyama、Kazuki Yamamoto、Rintaro Kaguchi、Satoshi Ichikawa

  DOI：10.1021/acs.orglett.2c04327

  日期：2023.1.27

  Solid-phase total synthesis of sandramycin (1), which is a C2-symmetric cyclic decadepsipeptide natural product, and its analogues is described. On-resin ester formation and [5+5] peptide coupling allowed the preparation of a range of desymmetrized analogues. An amino acid residue that would not hamper the biological activity of 1 was successfully identified, and probe molecules and dimeric analogues were prepared

  描述了一种C 2对称环状十肽天然产物sandramycin ( 1 )及其类似物的固相全合成。树脂上酯的形成和 [5+5] 肽偶联允许制备一系列去对称类似物。成功鉴定了不会影响1生物活性的氨基酸残基，并根据构效关系研究结果制备了探针分子和二聚体类似物。