N-[3-(dimethylamino)propyl]-1-methyl-4-[(1-methyl-4-nitroimidazole-2-carboxamido)imidazole-2-carboxamido]imidazole-2-carboxamide | 288623-83-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 唑类
• 英文名称: N-[3-(dimethylamino)propyl]-1-methyl-4-[(1-methyl-4-nitroimidazole-2-carboxamido)imidazole-2-carboxamido]imidazole-2-carboxamide
• 英文别名: N-[3-(dimethylamino)propyl]-1-methyl-4-[[1-methyl-4-[(1-methyl-4-nitroimidazole-2-carbonyl)amino]imidazole-2-carbonyl]amino]imidazole-2-carboxamide
• CAS: 288623-83-6
• 化学式: C₂₀H₂₇N₁₁O₅
• 分子量: 501.505
• InChiKey: PVASJHXORHQUKS-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 密度：
  1.50±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.6
• 重原子数：
  36
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.4
• 拓扑面积：
  190
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-[3-(dimethylamino)propyl]-1-methyl-4-[(1-methyl-4-nitroimidazole-2-carboxamido)imidazole-2-carboxamido]imidazole-2-carboxamide 在 sodium tetrahydroborate 、 palladium on activated charcoal 作用下， 以 甲醇 、 水 、 乙酸乙酯 为溶剂， 生成 4-amino-N-(2-((2-((3-(dimethylamino)propyl)carbamoyl)-1-methyl-1H-imidazol-4-yl)carbamoyl)-1-methyl-1H-imidazol-4-yl)-1-methyl-1H-imidazole-2-carboxamide
  参考文献：
  名称：

  吡咯/咪唑 CPI 偶联物的高效序列特异性 DNA 链间交联

  摘要：

  我们通过合成吡咯 (Py)/咪唑 (Im)-二酰胺-CPI 偶联物 ImPyLDu86 (1) 的二聚体，使用七种不同的接头连接，开发了一种新型 DNA 链间交联剂。四亚甲基接头化合物 7b 仅在伴侣三酰胺 ImImPy 存在的情况下有效地在九个碱基对序列 5'-PyGGC(T/A)GCCPu-3' 处产生 DNA 链间交联。为了通过 7b 与 ImImPy 进行有效交联，需要两个识别位点之间的一个 AT 碱基对来容纳接头区域。消除 AT 碱基对和插入额外的 AT 碱基对并用 GC 碱基对替换显着降低了交联程度。在存在各种三酰胺的情况下，还检查了 7b 的链间交联的序列特异性。与 ImImPy 相比，ImImIm 的存在略微减少了交联产物的形成。错配伙伴 ImPyPy 和 PyImPy 不与 7b 产生链间交联产物，而 ImPyPy 和 PyImPy 在其与 7b 的匹配位点诱导有效烷基化。使用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和

  DOI：

  10.1021/ja028459b
• 作为产物：
  描述：

  1-甲基-4-硝基-2-(三氟乙酰)-1H-咪唑 在 10% palladium on active carbon 氢气 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 生成 N-[3-(dimethylamino)propyl]-1-methyl-4-[(1-methyl-4-nitroimidazole-2-carboxamido)imidazole-2-carboxamido]imidazole-2-carboxamide
  参考文献：
  名称：

  吡咯/咪唑 CPI 偶联物的高效序列特异性 DNA 链间交联

  摘要：

  我们通过合成吡咯 (Py)/咪唑 (Im)-二酰胺-CPI 偶联物 ImPyLDu86 (1) 的二聚体，使用七种不同的接头连接，开发了一种新型 DNA 链间交联剂。四亚甲基接头化合物 7b 仅在伴侣三酰胺 ImImPy 存在的情况下有效地在九个碱基对序列 5'-PyGGC(T/A)GCCPu-3' 处产生 DNA 链间交联。为了通过 7b 与 ImImPy 进行有效交联，需要两个识别位点之间的一个 AT 碱基对来容纳接头区域。消除 AT 碱基对和插入额外的 AT 碱基对并用 GC 碱基对替换显着降低了交联程度。在存在各种三酰胺的情况下，还检查了 7b 的链间交联的序列特异性。与 ImImPy 相比，ImImIm 的存在略微减少了交联产物的形成。错配伙伴 ImPyPy 和 PyImPy 不与 7b 产生链间交联产物，而 ImPyPy 和 PyImPy 在其与 7b 的匹配位点诱导有效烷基化。使用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和

  DOI：

  10.1021/ja028459b

文献信息

• Synthesis of Geometrically Constrained Unsymmetrical Bis(polyamides) Related to the Antiviral Distamycin
  作者：Sanjay K. Sharma、Manju Tandon、J. William Lown

  DOI：10.1002/1099-0690(200006)2000:11<2095::aid-ejoc2095>3.0.co;2-j

  日期：2000.6

  for the strict DNA base-sequence recognition of (AT)4 and (AT)5, respectively, for the oligopeptide minor-groove binding agents netropsin (I) and distamycin (II) leads to proposals for the rational structure modification for altered base recognition. In this paper we report the synthesis of unsymmetrical imidazo-pyrrolo-bis(polyamides), structurally related to the natural antiviral agents distamycin

  分析分别对（AT）4和（AT）5的寡肽小沟结合剂netropsin（I）和distamycin（II）的严格DNA碱基序列识别的结构和立体化学要求导致了对合理的结构修饰，以改变碱基识别。在本文中，我们报告了与天然抗病毒剂双歧霉素在结构上相关且带有非天然（25-27）或天然（31-33）的不对称咪唑并吡咯并双（聚酰胺）的合成）由柔性或刚性接头链接的末端。这是关于在连接的双（聚酰胺）中具有二甲基氨基丙基或am基末端的带有咪唑的结构的合成的首次报道。
• Design and Synthesis of Novel Pyrrolo[2,1-c][1,4]benzodiazepine - Imidazole Containing Polyamide Conjugates
  作者：Rohtash Kumar、B.S.Narayan Reddy、J.William Lown

  DOI：10.1515/hc.2002.8.1.19

  日期：2002.1

  A series of novel pyrrolo[2,l-c][l,4]benzodiazepine (PBD) polyamide conjugates (1-5) containing imidazole units was synthesized as DNA minor groove bining agents. Introduction There is presently an interest in both the synthetic aspects and the mechanism of the biological action of the carbinolamine containing pyrrolo[2,l-c][l,^benzodiazepine (PBD) group of antitumor antibiotics, members of which include

  合成了一系列含有咪唑单元的新型吡咯并 [2,1c][1,4] 苯并二氮杂 (PBD) 聚酰胺缀合物 (1-5) 作为 DNA 小沟结合剂。引言 目前，人们对含有吡咯并[2,lc][l,^苯并二氮杂 (PBD) 基团的抗肿瘤抗生素的甲醇胺的合成方面和生物作用机制感兴趣，其成员包括蒽霉素、托美霉素、新霉素A 和 B，西伯霉素、马西霉素、奇卡霉素、原丝菌素 DC-81 和右旋霉素 (1)。它们的不同之处在于芳族 Aring 和吡咯烷 C 环中取代基的数量、类型和位置，以及 Cring 的饱和度，Cring 可以在 C2-C3（内环）上完全饱和或不饱和或 C2（外环）。这些分子在其作用机制方面的一个关键特征是 N10-C11 甲醇胺（或亚胺等效物）部分。这是一个负责 DNA 烷基化的亲电中心。插入小沟后，通过亲核攻击 PBD 亲电子 Cl 1 位置的鸟嘌呤碱基 N2 形成氨基键，从而在 DNA 的小沟中形成共价加合物
• Synthesis and in Vitro Anticancer Evaluation of (S)-2-Amino-3-(3-indolyl)propionic acid (L-Tryptophan) Pyrrole &amp; Imidazole Polyamide Conjugates
  作者：Rohtash Kumar、J.William Lown

  DOI：10.1515/hc.2003.9.6.551

  日期：2003.1
• A General Solution- and Solid-Phase Synthetic Procedure for Incorporating Three Contiguous Imidazole Moieties into DNA Sequence Reading Polyamides
  作者：Sanjay K. Sharma、Manju Tandon、J. William Lown

  DOI：10.1021/jo001034s

  日期：2001.2.1
• Highly Efficient Sequence-Specific DNA Interstrand Cross-Linking by Pyrrole/Imidazole CPI Conjugates
  作者：Toshikazu Bando、Akihiko Narita、Isao Saito、Hiroshi Sugiyama

  DOI：10.1021/ja028459b

  日期：2003.3.1

  of DNA interstrand cross-linking agent by synthesizing dimers of a pyrrole (Py)/imidazole (Im)-diamide-CPI conjugate, ImPyLDu86 (1), connected using seven different linkers. The tetramethylene linker compound, 7b, efficiently produces DNA interstrand cross-links at the nine-base-pair sequence, 5'-PyGGC(T/A)GCCPu-3', only in the presence of a partner triamide, ImImPy. For efficient cross-linking by

  我们通过合成吡咯 (Py)/咪唑 (Im)-二酰胺-CPI 偶联物 ImPyLDu86 (1) 的二聚体，使用七种不同的接头连接，开发了一种新型 DNA 链间交联剂。四亚甲基接头化合物 7b 仅在伴侣三酰胺 ImImPy 存在的情况下有效地在九个碱基对序列 5'-PyGGC(T/A)GCCPu-3' 处产生 DNA 链间交联。为了通过 7b 与 ImImPy 进行有效交联，需要两个识别位点之间的一个 AT 碱基对来容纳接头区域。消除 AT 碱基对和插入额外的 AT 碱基对并用 GC 碱基对替换显着降低了交联程度。在存在各种三酰胺的情况下，还检查了 7b 的链间交联的序列特异性。与 ImImPy 相比，ImImIm 的存在略微减少了交联产物的形成。错配伙伴 ImPyPy 和 PyImPy 不与 7b 产生链间交联产物，而 ImPyPy 和 PyImPy 在其与 7b 的匹配位点诱导有效烷基化。使用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和