methyl N-(2-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)ethyl)glycinate | 156939-69-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 芴
• 英文名称: methyl N-(2-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)ethyl)glycinate
• 英文别名: Methyl 2-(2-([(9H-fluoren-9-yl)methoxy]carbonylamino)ethylamino)acetate；methyl 2-[2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)ethylamino]acetate
• CAS: 156939-69-4
• 化学式: C₂₀H₂₂N₂O₄
• 分子量: 354.406
• InChiKey: SUUIECYTKGRQCI-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 熔点：
  100 °C
• 沸点：
  543.3±40.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.209±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.5
• 重原子数：
  26
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.3
• 拓扑面积：
  76.7
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  methyl N-(2-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)ethyl)glycinate 在 sodium hydroxide 、 1-羟基苯并三唑 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 18.08h， 生成 {[2-(9H-Fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)ethyl]-[2-(2-isobutyrylamino-6-oxo-1,6-dihydropurin-9-yl)acetyl]amino}acetic acid
  参考文献：
  名称：

  PNA-Directed Triple-Helix Formation byN ⁷-Xanthine

  摘要：

  我们报告了未衍生化黄嘌呤与氯乙酸烷基化的首个例子，得到了可分离的N7-和N9-(亚甲基羧基)黄嘌呤混合物，并将其转化为与基于Fmoc的寡聚化学兼容的肽核酸单体。此外，我们还通过对2-N-异丁酰鸟苷进行烷基化，同时制备了N7-和N9-PNA的鸟苷单体，并进行了分离。分子建模结果表明，N7-黄嘌呤和N7-鸟苷与腺嘌呤和鸟苷形成同晶体三联体。我们还表明，含有N7-黄嘌呤的聚酰胺与三重螺旋的形成是兼容的。

  DOI：

  10.1055/s-2005-868503
• 作为产物：
  描述：

  N-(芴甲氧羰基)甘氨酰氯 在 四(三苯基膦)钯 三正丁基氢锡 、 sodium cyanoborohydride 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 溶剂黄146 为溶剂， 生成 methyl N-(2-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)ethyl)glycinate
  参考文献：
  名称：

  通过用NaBH 3 CN还原Fmoc-氨基醛来形成双（Fmoc-氨基乙基）-N-甘氨酸衍生物

  摘要：

  描述了NaBH 3 CN还原Fmoc-氨基醛的意外结果。除了最初需要的产物Fmoc-Tyr（OtBu）-ψ（CH 2 NH）-Gly-OH，还从甘氨酸和Fmoc-4-t-丁氧基-酪氨酸中获得了少量的双缩合产物。从甘氨酸甲酯和Fmoc-甘氨酸，我们仅回收了还原的肽键等排体，但是从甘氨酸和Fmoc-甘氨酸，获得了双（Fmoc-氨基乙基）-N-甘氨酸作为主要产物。

  DOI：

  10.1016/0040-4039(94)88018-2

文献信息

• On the Necessity of Nucleobase Protection for 2-Thiouracil for Fmoc-Based Pseudo-Complementary Peptide Nucleic Acid Oligomer Synthesis
  作者：Robert H.E. Hudson、Ali Heidari、Timothy Martin-Chan、Gyeongsu Park、James A. Wisner

  DOI：10.1021/acs.joc.9b00821

  日期：2019.11.1

  protecting groups for thiouracil (SU) for the synthesis of pseudo-complementary peptide nucleic acid (PNA) has been evaluated. The 4-methoxybenzyl-protecting group that has found use for SU during Boc-based oligomerization is also suitable for Fmoc-based oligomerization. Furthermore, it is demonstrated that SU protection is unnecessary for the successful synthesis of thiouracil-containing PNA. The new 2-thiothymine

  已评估了用于合成伪互补肽核酸（PNA）的硫尿嘧啶（SU）的基于苄基的保护基的选择。在基于Boc的低聚过程中发现用于SU的4-甲氧基苄基保护基也适用于基于Fmoc的低聚。此外，证明了SU保护对于成功合成含硫尿嘧啶的PNA是不必要的。还制备了新的2-硫代胸腺嘧啶（ST）PNA单体，并将其掺入低聚物中，并评估了其与互补PNA的结合。
• Synthesis of Alaninyl andN-(2-Aminoethyl)glycinyl Amino Acid Derivatives Containing the Green Fluorescent Protein Chromophore in Their Side Chains for Incorporation into Peptides and Peptide Nucleic Acids
  作者：Thorsten Stafforst、Ulf Diederichsen

  DOI：10.1002/ejoc.200600729

  日期：2007.2

  Artificial amino acids carrying either the chromophore of the Green Fluorescent Protein (GFP) or a modification as their side chains have been synthesized: Boc-protected alaninyl derivatives and Fmoc-protected N-(2-aminoethyl)glycine-functionalized amino acids were obtained and could be applied in solid-phase peptide synthesis. The incorporation of the GFP chromophore into N-(2-aminoethyl)glycine-PNA

  合成了带有绿色荧光蛋白 (GFP) 发色团或其侧链修饰的人工氨基酸：获得了 Boc 保护的丙氨酸衍生物和 Fmoc 保护的 N-（2-氨基乙基）甘氨酸功能化氨基酸，并且可用于固相多肽合成。实现了 GFP 发色团与 N-(2-氨基乙基) 甘氨酸-PNA 的结合，并研究了作为与互补 DNA 杂交的函数的荧光。(© Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451 Weinheim, Germany, 2007)
• A Practical and Efficient Approach to PNA Monomers Compatible with Fmoc-Mediated Solid-Phase Synthesis Protocols
  作者：Andrea Porcheddu、Giampaolo Giacomelli、Ivana Piredda、Mariolino Carta、Giammario Nieddu

  DOI：10.1002/ejoc.200800891

  日期：2008.12

  A straightforward synthesis of orthogonally protected PNA monomers is described. Protected aminoethylglycine (Aeg) monomers were efficiently prepared by reductive amination of N-Fmoc-glycinaldehyde with glycine methyl ester and the subsequent acylation of the free amine with N-bis-Boc-protected nucleobase acetic acids. The exocyclic amine group of the nucleobases, including the notoriously difficult-to-protect

  描述了正交保护的 PNA 单体的直接合成。受保护的氨基乙基甘氨酸 (Aeg) 单体通过 N-Fmoc-甘氨酸醛与甘氨酸甲酯的还原胺化和随后的游离胺与 N-双-Boc 保护的核碱基乙酸酰化来有效制备。核碱基的环外胺基团，包括众所周知的难以保护的鸟嘌呤核碱基，被双 Boc 氨基甲酸酯基团保护；这增加了核碱基在最常见有机溶剂中的溶解度。目前的协议允许在微观和宏观尺度上制备所有 Aeg 单体, 这避免或最大限度地减少了有毒试剂或溶剂的使用, 此外, 还使用了廉价的起始材料。
• Hydrophilic modifications in peptide nucleic acid — Synthesis and properties of PNA possessing 5-hydroxymethyluracil and 5-hydroxymethylcytosine
  作者：Robert HE Hudson、Yuhong Liu、Filip Wojciechowski

  DOI：10.1139/v07-030

  日期：2007.4.1

  precedent, we prepared a peptide nucleic acid monomer, possessing 5-hydroxymethyuracil, which was compatible with Fmoc-based oligopeptide synthesis. An improved, large-scale synthesis of 5-hydroxymethylcytosine was developed, as a starting point for the synthesis of a monomer containing this nucleobase. In each case, the hydroxyl group was blocked as a t-butyldiphenylsilyl ether, and the exocyclic amino

  我们研究了在肽核酸 (PNA) 中掺入 C5-羟甲基-尿嘧啶和 -胞嘧啶的化学过程以及这种修饰对 PNA 杂交行为的后续影响。很大程度上基于文献先例，我们制备了一种肽核酸单体，具有 5-羟基甲氧嘧啶，与基于 Fmoc 的寡肽合成兼容。开发了一种改进的、大规模的 5-羟甲基胞嘧啶合成方法，作为合成含有该核碱基的单体的起点。在每种情况下，羟基被封闭为叔丁基二苯基甲硅烷基醚，胞嘧啶的环外氨基另外被苯甲酰基封闭。使用标准方案将修饰的单体并入寡聚体序列中的分离位置。
• Synthesis of Peptide Nucleic Acids Containing Pyridazine Derivatives As Cytosine and Thymine Analogs, and Their Duplexes with Complementary Oligodeoxynucleotides
  作者：Takahito Tomori、Yuya Miyatake、Yuta Sato、Takashi Kanamori、Yoshiaki Masaki、Akihiro Ohkubo、Mitsuo Sekine、Kohji Seio

  DOI：10.1021/acs.orglett.5b00522

  日期：2015.3.20

  Synthesis of peptide nucleic acids (PNAs) is reported with new pyridazine-type nucleobases: 3-aminopyridazine (aPz) and 1-aminophthalazine (aPh) as cytosine analogs, and pyridazin-3-one (PzO) and phthalazin-1-one (PhO) as thymine analogs. The PNAs having an aPz or a PzO formed duplexes with each complementary oligodeoxynucleotide forming a base pair with G or A, respectively, as evaluated by using

  肽核酸（PNA）的合成据报道有新的哒嗪类核碱基：胞嘧啶类似物3-氨基哒嗪（aPz）和1-氨基酞嗪（aPh），以及哒嗪-3-one（Pz O）和酞嗪-1-one （Ph O）作为胸腺嘧啶类似物。通过使用紫外熔解分析和圆二色性（CD）光谱评估，具有aPz或Pz O的PNA形成双链体，每个互补的寡聚脱氧核苷酸分别与G或A形成碱基对。