N⁶-benzyloxycarbonyladenine | 82919-04-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: N⁶-benzyloxycarbonyladenine
• 英文别名: 6-N-(benzyloxycarbonyl)adenine；N⁶-Cbz-adenine；n6-Benzyloxycarbonyladenine；benzyl N-(7H-purin-6-yl)carbamate
• CAS: 82919-04-8
• 化学式: C₁₃H₁₁N₅O₂
• 分子量: 269.263
• InChiKey: CMAABVMNZQXDKG-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 密度：
  1.46±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.5
• 重原子数：
  20
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.08
• 拓扑面积：
  92.8
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N⁶-benzyloxycarbonyladenine 在 水 、 potassium carbonate 、 caesium carbonate 、 potassium hydroxide 作用下， 以 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 3.33h， 生成 [6-N-(benzyloxycarbonyl)-adenin-9-yl]-acetic acid
  参考文献：
  名称：

  氢键可能稳定辅酶B12 5'-脱氧腺苷基的实验研究

  摘要：

  辅酶B 12可以协助自由基酶完成氢原子与官能团的邻近交换。已经提出的是，钴辅酶B的C键均裂12至穗轴（II）胺素和5'-脱氧腺苷基团是通过氢键咕啉C19辅助 H至的核糖部分的3'-O-初期5'-脱氧腺苷基团，其通过为30kJ摩尔稳定-1（B. Durbeej等人，化学式欧洲药典J. 2009，15，8578-8585）。非对映异构体（R）-和（S）-2,3-二羟丙基钴胺素用作辅酶B 12的模型。用于C19的NMR信号的低磁场移位观察ħ质子的（- [R ）-异构体（δ = 4.45对4.01 ppm的对于（小号） -异构体），并且可以归因于C19之间的分子内氢键 H和CHOH的氧。的晶体结构（- [R ）-和（小号）-2,3- dihydroxypropylcobalamin表明C19 的3.214H⋅⋅⋅O距离（7）（- [R异构体）和3.281（11）A（小号-异构体），其建议弱氢键相互作用（-Δ

  DOI：

  10.1002/chem.201201840
• 作为产物：
  描述：

  2'-脱氧腺苷 在 咪唑 、 四丁基氟化铵 、 溶剂黄146 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 23.5h， 生成 N⁶-benzyloxycarbonyladenine
  参考文献：
  名称：

  使用 N-（苄氧羰基）封闭的核苷合成寡脱氧核糖核苷酸

  摘要：

  2'-脱氧腺苷和 2'-脱氧胞苷的外氨基已被封闭为氨基甲酸苄酯，2'-脱氧鸟苷已被封闭为其 2-N-（苄氧羰基）氨基甲酸酯和 6-O-苄基醚。这些封闭的核苷已被纳入有效的寡脱氧核糖核苷酸合成方案中，并且所得寡聚体已通过使用转移氢化成功解封闭。去封闭条件不会导致嘧啶碱基减少。

  DOI：

  10.1021/ja00385a026

文献信息

• β,γ-Bis-substituted PNA with configurational and conformational switch: preferred binding to cDNA/RNA and cell-uptake studies
  作者：Tanaya Bose、Anjan Banerjee、Smita Nahar、Souvik Maiti、Vaijayanti A. Kumar

  DOI：10.1039/c5cc00891c

  日期：——

  β,γ-Bis-methoxymethyl and β,γ-bis-hydroxymethyl PNA show highly differential binding properties while interacting with cDNA/cRNA and can access intracellular space.

  β,γ-双甲氧甲基和β,γ-双羟甲基PNA在与cDNA/cRNA相互作用时表现出高度差异的结合特性，并且可以进入细胞内空间。
• Synthesis of Novel Nucleo-β-Amino Acids and Nucleobase-Functionalizedβ-Peptides
  作者：Arndt M. Brückner、Margarita Garcia、Andrew Marsh、Samuel H. Gellman、Ulf Diederichsen

  DOI：10.1002/ejoc.200300269

  日期：2003.9

  Four novel β-amino acids bearing the canonical nucleobases guanine, cytosine, adenine, and thymine in the side chain, are synthesized starting from Boc-L-aspartic acid 4-benzyl ester. The syntheses are accomplished in six steps by the nucleophilic substitution of (S)-β-(tert-butoxycarbonylamino)-δ-bromopentanoic acid benzyl ester with the corresponding nucleobase derivative as the key step. The guaninyl

  以 Boc-L-天冬氨酸 4-苄基酯为起始原料，合成了四种新的 β-氨基酸，在侧链中含有标准核碱基鸟嘌呤、胞嘧啶、腺嘌呤和胸腺嘧啶。该合成分六个步骤完成，主要步骤是 (S)-β-(叔丁氧基羰基氨基)-δ-溴戊酸苄酯与相应的核碱基衍生物的亲核取代。鸟嘌呤和胞嘧啶 β-氨基酸被构建到 β-肽中，通过温度依赖性 CD 和 UV 光谱进行研究。(© Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451 Weinheim, Germany, 2003)
• Peptide Nucleic Acid with Double Face: Homothymine–Homocytosine Bimodal Cα-PNA (<i>bm</i>-Cα-PNA) Forms a Double Duplex of the <i>bm</i>-PNA₂:DNA Triplex
  作者：Manoj Kumar Gupta、Bharath Raj Madhanagopal、Krishna N. Ganesh

  DOI：10.1021/acs.joc.0c02158

  日期：2021.1.1

  complementary DNAs dA8 and dG6 at neutral pH, bm-Cα-PNA 1 forms a higher order pentameric double duplex of a triplex composed of two bm-Cα-PNA-C5:dG5 duplexes built on a core (bm-Cα-PNA-T7)2:dA8 triplex. Circular dichroism studies showed that assembly can be achieved by either triplex first and duplex later or vice versa. Isothermal titration calorimetry data indicated that the assembly is driven by

  Cα-双峰肽核酸（bm - Cα- PNA）是具有两个面的PNA，被设计为PNA的同源物，其中标准PNA骨架中的每个氨基乙基甘氨酸（aeg）重复单元在Cα处通过带有一个三唑接头。这种具有混合序列的bm -Cα-PNA可通过同时与两个互补DNA结合而形成双链体，两个互补DNA分别与t-酰胺侧的碱基序列结合，而另一个与Cα侧链的碱基结合。bm -Cα-PNA的合成，在叔酰胺面上有高胸腺嘧啶（T 7）和高胞嘧啶（C 5通过三唑接头在Cα侧链上的固相合成是通过固相合成和整体点击反应实现的。在互补DNA DA的存在8和DG 6在中性pH下，BM -Cα-PNA 1所形成高阶一个五聚体组成的三链体的双双工2 BM -Cα-PNA-C 5：dG的5个构建在核心双链（BM -Cα-PNA-T 7）2：DA 8三层 圆二色性研究表明，组装可以通过首先进行三重结合，然后通过双面进行，反之亦然。等温滴定量热法数
• Construction of peptides with nucleobase amino acids
  作者：Tsuyoshi Takahashi、Keita Hamasaki、Akihiko Ueno、Hisakazu Mihara

  DOI：10.1016/s0968-0896(00)00324-2

  日期：2001.4

  a specific structure of RNA, we have attempted to design peptides having L-alpha-amino acids with a nucleobase at the side chain (nucleobase amino acid (NBA)), expecting that the function of a nucleobase which can specifically recognize a base in RNA is regulated in a peptide conformation. In this study, to demonstrate the applicability of the NBA units in the peptide to RNA recognition, we designed

  为了开发能够识别RNA特定结构的新型分子，我们试图设计一种具有L-α-氨基酸的肽，该肽的侧链具有一个核碱基（核碱基氨基酸（NBA）），期望它的功能可以特异性识别RNA碱基的核碱基以肽构象调节。在这项研究中，为了证明该肽中的NBA单位对RNA识别的适用性，我们设计并合成了多种衍生自HIV-1 Rev的NBA缀合肽。圆二色性研究表明，Rev肽与一个NBA单位没有干扰肽的构象。设计的肽与RRE IIB RNA的RNA结合亲和力取决于肽中核碱基部分的结构。尽管Asn40功能减弱，但是在Rev中Asn40位点的位置具有胞嘧啶NBA的肽显示出对RRE IIB RNA的更高结合能力。此外，在Rev中RNA结合的最重要残基的在Arg44位点的位置具有鸟嘌呤NBA的肽以与Rev34-50相似的能力结合RRE IIB RNA，具有天然序列。这些结果表明，肽中适当的NBA单元在通过特定接触（例如氢键）与RNA结
• Mixed-sequence pyrrolidine-amide oligonucleotide mimics: Boc(Z) synthesis and DNA/RNA binding properties
  作者：Roberta J. Worthington、Adam P. O'Rourke、Jordi Morral、T. H. Samuel Tan、Jason Micklefield

  DOI：10.1039/b613386j

  日期：——

  Pyrrolidine-amide oligonucleotide mimics (POMs) exhibit promising properties for potential applications, including in vivo DNA and RNA targeting, diagnostics and bioanalysis. Before POMs can be evaluated in these applications it is first necessary to synthesise and establish the properties of fully modified oligomers, with biologically relevant mixed sequences. Accordingly, Boc-Z-protected thyminyl, adeninyl and cytosinyl POM monomers were prepared and used in the first successful solid phase synthesis of a mixed sequence POM, Lys-TCACAACTT-NH2. UV thermal denaturation studies revealed that the POM oligomer is capable of hybridising with sequence selectivity to both complementary parallel and antiparallel RNA and DNA strands. Whilst the duplex melting temperatures (Tm) were higher than the corresponding duplexes formed with isosequential PNA, DNA and RNA oligomers the rates of association/dissociation of the mixed sequence POM with DNA/RNA targets were noticeably slower.

  吡咯烷酰胺低聚核苷酸模拟物（POMs）展现出了有前景的特性，具有潜在的应用价值，包括体内DNA和RNA靶向、诊断和生物分析。在评估这些应用之前，首先需要合成并确定具有生物学相关混合序列的完全修饰低聚物的性质。因此，制备了Boc-Z保护的胸苷基、腺苷基和胞苷基POM单体，并首次成功用于混合序列POM（Lys-TCACAACTT-NH2）的固相合成。UV热变性研究表明，POM低聚物能够与互补的平行和反平行RNA及DNA链进行序列选择性杂交。尽管双链熔解温度（Tm）高于等序列PNA、DNA和RNA低聚物形成的双链，但混合序列POM与DNA/RNA靶标的结合/解离速率明显较慢。