(2S)-N-[(2R)-1-[[(2S)-6-amino-1-(3-aminopropylamino)-1-oxohexan-2-yl]amino]-1-oxo-3-sulfanylpropan-2-yl]-2-(1,3-benzodioxole-5-carbonylamino)butanediamide | 1092358-95-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: (2S)-N-[(2R)-1-[[(2S)-6-amino-1-(3-aminopropylamino)-1-oxohexan-2-yl]amino]-1-oxo-3-sulfanylpropan-2-yl]-2-(1,3-benzodioxole-5-carbonylamino)butanediamide
• CAS: 1092358-95-6
• 化学式: C₂₄H₃₇N₇O₇S
• 分子量: 567.666
• InChiKey: KJJKXAJZGPCEDX-ULQDDVLXSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2.2
• 重原子数：
  39
• 可旋转键数：
  17
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.54
• 拓扑面积：
  231
• 氢给体数：
  8
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (2S)-N-[(2R)-1-[[(2S)-6-amino-1-(3-aminopropylamino)-1-oxohexan-2-yl]amino]-1-oxo-3-sulfanylpropan-2-yl]-2-(1,3-benzodioxole-5-carbonylamino)butanediamide 以 水 为溶剂， 反应 168.0h， 生成 (2S)-N-[(2R)-1-[[(2S)-6-amino-1-(3-aminopropylamino)-1-oxohexan-2-yl]amino]-3-[[(2R)-3-[[(2S)-6-amino-1-(3-aminopropylamino)-1-oxohexan-2-yl]amino]-2-[[(2S)-4-amino-2-(1,3-benzodioxole-5-carbonylamino)-4-oxobutanoyl]amino]-3-oxopropyl]disulfanyl]-1-oxopropan-2-yl]-2-(1,3-benzodioxole-5-carbonylamino)butanediamide
  参考文献：
  名称：

  体外动态组合选择能够抑制 (CUG) 重复 RNA−MBNL1 相互作用的分子：发现针对强直性肌营养不良 (DM1) 的先导化合物

  摘要：

  强直性肌营养不良 1 型 (DM1) 是成人肌营养不良最常见的形式，是一种 RNA 介导的疾病。显着扩增 (CUG) 重复序列在细胞核中积累，并隔离 RNA 结合蛋白，例如剪接调节因子 MBNL1。我们采用树脂结合动态组合化学 (RBDCC) 来鉴定能够抑制 MBNL1 与 (CUG) 重复 RNA 结合的化合物的第一个例子。筛选理论多样性为 11 325 个成员的 RBDCL 产生了几种分子，与其他序列相比，对 (CUG) 重复 RNA 的结合具有显着的选择性。这些化合物还能够在体外抑制 GGG-(CUG)(109)-GGG RNA 与 MBNL1 的相互作用，K(i) 值在低微摩尔范围内。

  DOI：

  10.1021/ja804398y
• 作为产物：
  描述：

  胡椒酸 、 N-alpha-芴甲氧羰基-N-epsilon-叔丁氧羰基-L-赖氨酸 、 Fmoc-S-三苯甲基-L-半胱氨酸 、 Fmoc-N-三苯甲基-L-天冬酰胺 在 O-(1H-benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate 、 N,N-二异丙基乙胺 、 N,N'-羰基二咪唑 、 哌啶 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 (2S)-N-[(2R)-1-[[(2S)-6-amino-1-(3-aminopropylamino)-1-oxohexan-2-yl]amino]-1-oxo-3-sulfanylpropan-2-yl]-2-(1,3-benzodioxole-5-carbonylamino)butanediamide
  参考文献：
  名称：

  体外动态组合选择能够抑制 (CUG) 重复 RNA−MBNL1 相互作用的分子：发现针对强直性肌营养不良 (DM1) 的先导化合物

  摘要：

  强直性肌营养不良 1 型 (DM1) 是成人肌营养不良最常见的形式，是一种 RNA 介导的疾病。显着扩增 (CUG) 重复序列在细胞核中积累，并隔离 RNA 结合蛋白，例如剪接调节因子 MBNL1。我们采用树脂结合动态组合化学 (RBDCC) 来鉴定能够抑制 MBNL1 与 (CUG) 重复 RNA 结合的化合物的第一个例子。筛选理论多样性为 11 325 个成员的 RBDCL 产生了几种分子，与其他序列相比，对 (CUG) 重复 RNA 的结合具有显着的选择性。这些化合物还能够在体外抑制 GGG-(CUG)(109)-GGG RNA 与 MBNL1 的相互作用，K(i) 值在低微摩尔范围内。

  DOI：

  10.1021/ja804398y

文献信息

• Nucleic acid binding compounds and methods of use
  申请人：Miller Benjamin L.

  公开号：US09212205B2

  公开（公告）日：2015-12-15

  The present invention relates to homo- and hetero-dimer compounds formed by a disulfide, sulfinyl thio, or olefin bond between two monomers. A method of making a homo- or hetero-dimer compound is also disclosed. The present invention also relates to monomer compounds capable of forming homo- or hetero-dimer compounds, as well as oligomers formed via linkage of one or more dimers. Also disclosed are methods of inhibiting the activity of target RNA molecules, particularly those having a secondary structure that include a stem or stem-loop formation. Dimer compounds capable of inhibiting the activity of an HIV-I RNA frameshifting stem-loop and a (CUG)n expanded repeat stem-loop are disclosed, as are methods of treating diseases associated with these target RNA molecules. The dimer compounds can also be used for selectively detecting presence of the target RNA molecule in a sample.

  本发明涉及由两个单体之间的二硫键、亚砜硫或烯烃键形成的同源和异源二聚体化合物。还公开了一种制备同源或异源二聚体化合物的方法。本发明还涉及能够形成同源或异源二聚体化合物的单体化合物，以及通过连接一个或多个二聚体形成的寡聚物。还公开了一种抑制目标RNA分子活性的方法，特别是那些具有包括茎或茎环形成的次级结构的RNA分子。公开了能够抑制HIV-I RNA移码茎环和(CUG)n扩展重复茎环活性的二聚体化合物，以及治疗与这些目标RNA分子相关疾病的方法。这些二聚体化合物还可以用于选择性地检测样本中目标RNA分子的存在。
• NUCLEIC ACID BINDING COMPOUNDS AND METHODS OF USE
  申请人：Miller Benjamin L.

  公开号：US20100266677A1

  公开（公告）日：2010-10-21

  The present invention relates to homo- and hetero-dimer compounds formed by a disulfide, sulfinyl thio, or olefin bond between two monomers. A method of making a homo- or hetero-dimer compound is also disclosed. The present invention also relates to monomer compounds capable of forming homo- or hetero-dimer compounds, as well as oligomers formed via linkage of one or more dimers. Also disclosed are methods of inhibiting the activity of target RNA molecules, particularly those having a secondary structure that include a stem or stem-loop formation. Dimer compounds capable of inhibiting the activity of an HIV-I RNA frameshifting stem-loop and a (CUG)n expanded repeat stem-loop are disclosed, as are methods of treating diseases associated with these target RNA molecules. The dimer compounds can also be used for selectively detecting presence of the target RNA molecule in a sample.
• US9212205B2
  申请人：——

  公开号：US9212205B2

  公开（公告）日：2015-12-15
• Dynamic Combinatorial Selection of Molecules Capable of Inhibiting the (CUG) Repeat RNA−MBNL1 Interaction In Vitro: Discovery of Lead Compounds Targeting Myotonic Dystrophy (DM1)
  作者：Peter C. Gareiss、Krzysztof Sobczak、Brian R. McNaughton、Prakash B. Palde、Charles A. Thornton、Benjamin L. Miller

  DOI：10.1021/ja804398y

  日期：2008.12.3

  repeat RNA. Screening an RBDCL with a theoretical diversity of 11 325 members yielded several molecules with significant selectivity for binding to (CUG) repeat RNA over other sequences. These compounds were also able to inhibit the interaction of GGG-(CUG)(109)-GGG RNA with MBNL1 in vitro, with K(i) values in the low micromolar range.

  强直性肌营养不良 1 型 (DM1) 是成人肌营养不良最常见的形式，是一种 RNA 介导的疾病。显着扩增 (CUG) 重复序列在细胞核中积累，并隔离 RNA 结合蛋白，例如剪接调节因子 MBNL1。我们采用树脂结合动态组合化学 (RBDCC) 来鉴定能够抑制 MBNL1 与 (CUG) 重复 RNA 结合的化合物的第一个例子。筛选理论多样性为 11 325 个成员的 RBDCL 产生了几种分子，与其他序列相比，对 (CUG) 重复 RNA 的结合具有显着的选择性。这些化合物还能够在体外抑制 GGG-(CUG)(109)-GGG RNA 与 MBNL1 的相互作用，K(i) 值在低微摩尔范围内。