1',2'-dideoxy-β-1'-(N-indole)-D-ribofuranose | 61767-65-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吲哚及其衍生物
• 英文名称: 1',2'-dideoxy-β-1'-(N-indole)-D-ribofuranose
• 英文别名: (2R,3S,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-indol-1-yloxolan-3-ol
• CAS: 61767-65-5
• 化学式: C₁₃H₁₅NO₃
• 分子量: 233.267
• InChiKey: IYCQQHDKCPSYKC-YNEHKIRRSA-N

物化性质

• 熔点：
  101-103 °C
• 沸点：
  489.5±45.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.38±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.4
• 重原子数：
  17
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  54.6
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  3

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1',2'-dideoxy-β-1'-(N-indole)-D-ribofuranose 在 磷酸三甲酯 、 Proton Sponge 、 三正丁胺 、 三丁基焦磷酸铵 、 三氯氧磷 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 2.17h， 生成 1-(2-deoxy-α-D-erythro-pentapyranosyl)-1H-indole
  参考文献：
  名称：

  Evaluating the contributions of desolvation and base-stacking during translesion DNA synthesis

  摘要：

  DNA 聚合酶以模板链为导向，催化核苷三磷酸插入不断生长的聚合物链。氢键相互作用、碱基堆叠作用和脱溶作用等众多因素在控制这一过程的效率和保真度方面发挥着重要作用。我们以前曾证明，与天然模板核碱基相比，5-硝基-吲哚基-2′-脱氧核苷三磷酸这种具有增强碱基堆积特性的非天然核碱基能更有效地插入非模板 DNA 病变对面（E. Z. Reineks 和 A. J. Berdis，《生物化学》，2004 年，43 期，393-404 页）。催化作用的增强被认为反映了非天然核碱基与聚合酶和 DNA 的碱基堆叠相互作用的增强。然而，脱溶的影响并不能被明确反驳。为了进一步探讨碱基堆叠和脱溶在转座子 DNA 复制过程中的作用，我们合成了吲哚基-2′-脱氧核苷三磷酸（一种不含硝基的核碱基），并测量了其酶插入修饰和未修饰 DNA 的效率。去掉硝基后，与消旋位点相对插入的催化效率降低了 3600 倍。这是由于聚合速率大幅降低（∼450 倍）以及结合亲和力的适度降低（∼8 倍）造成的。由于两种非天然核碱基具有相同程度的疏水性，我们将这种降低归因于碱基堆叠贡献的丧失，而不是脱溶能力。吲哚基-2′-脱氧核苷三磷酸也可以插入天然核碱基的对面。令人惊讶的是，插入的催化效率与在与消旋位点相对的位置插入时测得的催化效率几乎相同。这些数据是在进入的核碱基与聚合酶：DNA 复合物的 π 电子相互作用的背景下讨论的。尽管缺乏插入选择性，聚合酶仍无法延伸到非天然核碱基之外。这一结果表明，吲哚基-2′-脱氧核苷三磷酸作为 DNA 合成的无差别链终止器，可能具有独特的治疗用途。

  DOI：

  10.1039/b401732c
• 作为产物：
  描述：

  1-Α-氯-3,5-二-O-对甲苯甲酰基-2-脱氧-D-呋喃核糖 在 sodium methylate 、 sodium hydride 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 4.5h， 生成 1',2'-dideoxy-β-1'-(N-indole)-D-ribofuranose
  参考文献：
  名称：

  多氟 DNA 碱基的选择性配对

  摘要：

  已经研究了利用氟化核苷类似物的新型选择性非氢键 DNA 碱基对。对在相反链上含有 2,3,4,5-四氟苯和 4,5,6,7-四氟吲哚碱基的 DNA 双链体的熔解研究表明，与非氟化烃对照相比，双链体的稳定性更高。总体而言，这些疏水类似物与天然碱基对相比不稳定，但与天然碱基错配相比具有稳定性。这种选择性配对可能是由于这些疏水结构的溶剂避免，将它们的表面掩埋在双链体中。我们的研究结果表明，多氟芳烃碱基可能被用作与天然遗传系统正交的新的、选择性的碱基配对系统。

  DOI：

  10.1021/ja039571s

文献信息

• [EN] CYCLIC DI-NUCLEOTIDE COMPOUNDS AND METHODS OF USE<br/>[FR] COMPOSÉS DI-NUCLÉOTIDES CYCLIQUES ET LEURS PROCÉDÉS D'UTILISATION
  申请人：IMMUNE SENSOR LLC

  公开号：WO2017161349A1

  公开（公告）日：2017-09-21

  Disclosed are cyclic-di-nucleotide cGAMP analogs, methods of synthesizing the compounds, pharmaceutical compositions comprising the compounds thereof, and use of compounds and compositions in medical therapy.

  揭示了环二核苷酸cGAMP类似物，合成这些化合物的方法，包括这些化合物的药物组合物，以及在医学治疗中使用这些化合物和组合物的用途。
• Synthesis, cytotoxic activities and cell cycle arrest profiles of naphtho[2,1-α]pyrrolo[3,4-c]carbazole-5,7(6H,12H)-dione glycosides
  作者：Ning Ding、Xiaoguang Du、Wei Zhang、Zhichao Lu、Yingxia Li

  DOI：10.1016/j.bmcl.2011.04.145

  日期：2011.6

  subtle structure of the sugar moiety affected the underlying mechanism strongly. In addition, NPCD showed distinct cell-cycle arrest profiles in BxPC3 prostate cells and MCF-7 breast cells, while NPCD glycosides shared similar cell cycle arrest profiles in MCF-7 and BxPC3 cells, which also indicated that not only the indolocarbazole framework as well known before but the sugar moiety can have a profound

  萘并[2,1-α]吡咯并[3,4- c ]咔唑-5,7（6 H，12 H）-二酮（NPCD）是一种非常有效且选择性的细胞周期蛋白D1-CDK4抑制剂，可在乳腺肿瘤细胞系中诱导强烈的G1期阻滞。在这项工作中，介绍了五种NPCD糖苷的合成及其对八种肿瘤细胞系的细胞毒活性，以及​​对它们的细胞周期阻滞特性的研究。结果表明，在NPCD上引入糖部分并不会影响其大部分细胞毒性活性，而糖部分的微妙结构会强烈影响其潜在机制。此外，NPCD在BxPC3前列腺细胞和MCF-7乳腺细胞中显示出不同的细胞周期停滞特征，而NPCD苷在MCF-7和BxPC3细胞中共享相似的细胞周期停滞特征，
• Fluorous Base-Pairing Effects in a DNA Polymerase Active Site
  作者：Jacob S. Lai、Eric T. Kool

  DOI：10.1002/chem.200401151

  日期：2005.1

  effects in the active site of a DNA polymerase, by using nucleotide analogues whose pairing edges are perfluorinated. The 5'-triphosphate deoxynucleotide derivatives of DNA base analogues 2,3,4,5-tetrafluorobenzene ((F)B) and 4,5,6,7-tetrafluoroindole ((F)I), as well as hydrocarbon controls benzene (B) and indole (I), were synthesized and studied as substrates for the DNA Polymerase I Klenow fragment

  我们通过使用配对边缘被全氟化的核苷酸类似物描述了DNA聚合酶活性位点的选择性“氟”效应。DNA碱基类似物2,3,4,5-四氟苯（（F）B）和4,5,6,7-四氟吲哚（（F）I）的5'-三磷酸脱氧核苷酸衍生物，以及烃类对照苯（合成了B）和吲哚（I）并作为DNA聚合酶I Klenow片段（KF exo-）的底物进行了研究。修饰的核苷酸存在于DNA模板中，或作为核苷三磷酸酯提供，用于研究单核苷酸插入的稳态动力学。当与模板链中的非天然碱基相反地提供时，疏水性核苷三磷酸的掺入效率比天然脱氧核苷三磷酸高两个数量级。嘌呤样的氟化吲哚核苷酸（（F）I）是四种疏水​​类似物中插入效率最高的，最有效的掺入发生在嘧啶样四氟苯（（F）B）的对面。在所有情况下，多氟化碱对均比类似烃对更有效地加工。聚合酶延伸超出这些对的初步测试表明，只有（F）B碱基明显延伸。低效扩展与最近发布的有关其他非极性碱基对的数据一致。这些结
• Substituent effects on indole universal bases in DNA
  作者：Avi Benitah、Dominic F. Qualley、Stephen A. Woski

  DOI：10.1080/15257770.2022.2105354

  日期：2022.11.2

  Abstract A series of eleven 5-substituted-indole nucleoside residues were synthesized and incorporated into 15-mer oligodeoxynucleotide duplexes with each of the four natural bases (A, G, C, T) paired with the non-natural residues. The universal base properties of these residues were evaluated by comparing the stabilities of these complexes determined by UV thermal denaturation experiments. All of

  摘要 合成了一系列 11 个 5 取代的吲哚核苷残基，并将其掺入 15 聚体寡脱氧核苷酸双链体中，其中四种天然碱基（A、G、C、T）中的每一个都与非天然残基配对。通过比较由紫外热变性实验确定的这些复合物的稳定性，评估了这些残基的通用碱基特性。所有取代的吲哚比未取代的吲哚残基更稳定，并且取代基对吲哚π体系的电子影响的测量与稳定性相关。几个残基比先前研究的 5-硝基吲哚残基更混杂，但取代基和选择性之间的关系尚不清楚。
• Introduction of pseudo-base benzimidazole derivatives into nucleosides via base exchange by a nucleoside metabolic enzyme
  作者：Akihiko Hatano、Riki Matsuzaka、Genki Shimane、Hiroyuki Wakana、Kou Suzuki、Chisato Nishioka、Aoi Kojima、Masatoshi Kidowaki

  DOI：10.1016/j.bmc.2023.117411

  日期：2023.8

  organic synthesis, biocatalysis using enzymes provides a more stereoselective and cost-effective approach. Synthesis of unnatural nucleosides by nucleoside base exchange reactions using nucleoside-metabolizing enzymes has previously shown that the 5-position recognition of pyrimidine bases on nucleoside substrates is loose and can be used to introduce functional molecules into pyrimidine nucleosides. Here

  在替代有机合成中，使用酶的生物催化提供了一种更具立体选择性和成本效益的方法。使用核苷代谢酶通过核苷碱基交换反应合成非天然核苷先前表明，核苷底物上嘧啶碱基的5位识别是松散的，可用于将功能分子引入嘧啶核苷中。在这里，我们探索了通过嘧啶核苷磷酸化酶（PyNP）的碱基交换反应将嘌呤假碱基掺入核苷中，证明咪唑五元环是该反应的必要结构。就苯并咪唑而言，碱基交换产生脱氧核糖形式，产率 96%，核糖形式，产率 23%。该反应还用 1 H-咪唑并[4,5-b]吩嗪（一种带有附加环的苯并咪唑类似物）进行，尽管核苷的产率仅为 31%。1 H和咪唑并[4,5-b]吩嗪核苷与 PyNP (PDB 1BRW) 活性位点之间的对接模拟H-咪唑并[4,5-b]吩嗪可以用作 PyNP 的底物。因此，使用PyNP的酶促取代反应可用于将许多嘌呤假碱基和具有各种官能团的苯并咪唑衍生物掺入核苷结构中，其具有作为诊断或治疗剂的潜在用途。