dNaMTP | 1117893-11-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: dNaMTP
• 英文别名: ((2r,3s,5r)-3-Hydroxy-5-(3-Methoxynaphthalen-2-Yl)methyl-Tetrahydrogen-Triphosphate；[hydroxy-[[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(3-methoxynaphthalen-2-yl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate
• CAS: 1117893-11-4
• 化学式: C₁₆H₂₁O₁₃P₃
• 分子量: 514.256
• InChiKey: OYLYLYUMXXAEFZ-NUEKZKHPSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.6
• 重原子数：
  32
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  199
• 氢给体数：
  5
• 氢受体数：
  13

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  dNaM 在 磷酸三甲酯 、 1,8-双二甲氨基萘 、 三氯氧磷 、 三正丁胺 、 tri-n-butylamine pyrophosphate 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 0.5h， 生成 dNaMTP
  参考文献：
  名称：

  一类主要疏水性非天然碱基对的主要凹槽取代基和聚合酶识别

  摘要：

  用非自然碱基对扩展遗传字母表是合成生物学的长期目标。我们已经开发了一类非天然型碱基对，d之间形成5SICS和d的类似物mmO2公司由Klenow片段（KF）DNA聚合酶有效且选择性复制。为了进一步表征和优化复制，我们报告了五种新的 d MMO2类似物的合成，这些类似物带有不同的取代基，设计用于定向到发育中的大沟，并通过 Kf 和水生栖热菌DNA 聚合酶 I分析它们在 d 5SICS对面的插入。塔克）。我们还扩展了对先前优化的对 d NaM –d 5SICS 的分析, 包括 Taq 的复制。最后，检查了 Taq 或 Deep Vent 聚合酶对碱基对进行 PCR 扩增的效率和保真度。由此产生的构效关系数据表明，有效复制的主要决定因素是最小化去溶剂化效应和引入有利的疏水堆积，并且 Taq 比 Kf 对结构变化更敏感。此外，我们确定了模拟（d NMO1）是用于d更好的合作伙伴5SICS比任何先前

  DOI：

  10.1002/chem.201102066

文献信息

• Major Groove Substituents and Polymerase Recognition of a Class of Predominantly Hydrophobic Unnatural Base Pairs
  作者：Thomas Lavergne、Denis A. Malyshev、Floyd E. Romesberg

  DOI：10.1002/chem.201102066

  日期：2012.1.23

  different substituents designed to be oriented into the developing major groove and an analysis of their insertion opposite d5SICS by Kf and Thermus aquaticus DNA polymerase I (Taq). We also expand the analysis of the previously optimized pair, dNaM–d5SICS, to include replication by Taq. Finally, the efficiency and fidelity of PCR amplification of the base pairs by Taq or Deep Vent polymerases was examined

  用非自然碱基对扩展遗传字母表是合成生物学的长期目标。我们已经开发了一类非天然型碱基对，d之间形成5SICS和d的类似物mmO2公司由Klenow片段（KF）DNA聚合酶有效且选择性复制。为了进一步表征和优化复制，我们报告了五种新的 d MMO2类似物的合成，这些类似物带有不同的取代基，设计用于定向到发育中的大沟，并通过 Kf 和水生栖热菌DNA 聚合酶 I分析它们在 d 5SICS对面的插入。塔克）。我们还扩展了对先前优化的对 d NaM –d 5SICS 的分析, 包括 Taq 的复制。最后，检查了 Taq 或 Deep Vent 聚合酶对碱基对进行 PCR 扩增的效率和保真度。由此产生的构效关系数据表明，有效复制的主要决定因素是最小化去溶剂化效应和引入有利的疏水堆积，并且 Taq 比 Kf 对结构变化更敏感。此外，我们确定了模拟（d NMO1）是用于d更好的合作伙伴5SICS比任何先前