4-acetamido-N-[2-[[5-[[5-[[2-[[4-[[5-[[5-[[5-[[2-[1-(chloromethyl)-5-hydroxy-1,2-dihydrobenzo[e]indole-3-carbonyl]-1H-indol-5-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]amino]-4-oxobutyl]carbamoyl]-1-methylimidazol-4-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methylimidazol-4-yl]-1-methylimidazole-2-carboxamide | 1026780-54-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 肽模拟物
• 英文名称: 4-acetamido-N-[2-[[5-[[5-[[2-[[4-[[5-[[5-[[5-[[2-[1-(chloromethyl)-5-hydroxy-1,2-dihydrobenzo[e]indole-3-carbonyl]-1H-indol-5-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]amino]-4-oxobutyl]carbamoyl]-1-methylimidazol-4-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methylimidazol-4-yl]-1-methylimidazole-2-carboxamide
• CAS: 1026780-54-0
• 化学式: C₇₃H₇₂ClN₂₃O₁₂
• 分子量: 1498.97
• InChiKey: QFPBWZRJPWPGHX-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.8
• 重原子数：
  109
• 可旋转键数：
  23
• 环数：
  13.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.21
• 拓扑面积：
  425
• 氢给体数：
  12
• 氢受体数：
  15

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  NH2-indole-seco-1,2,9,9a-tetrahydrocyclopropa[1,2-c]benz[1,2-e]indol-4-one 、 在 6-chloro-3-((dimethylamino)(dimethyliminio)methyl)-1H-benzo[d][1,2,3]triazol-3-ium-1-olatehexafluorophosphate(V) 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 4-acetamido-N-[2-[[5-[[5-[[2-[[4-[[5-[[5-[[5-[[2-[1-(chloromethyl)-5-hydroxy-1,2-dihydrobenzo[e]indole-3-carbonyl]-1H-indol-5-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]amino]-4-oxobutyl]carbamoyl]-1-methylimidazol-4-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methylpyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methylimidazol-4-yl]-1-methylimidazole-2-carboxamide
  参考文献：
  名称：

  带有七碱基对识别的吡咯-咪唑共轭物在序列特异性DNA烷基化中对β-丙氨酸成分的要求。

  摘要：

  为了研究将β-丙氨酸掺入烷基化N-甲基吡咯（Py）-N-甲基咪唑（Im）聚酰胺中的作用，通过Fmoc固相方法合成了seco-CBI共轭物2-8，随后与烷基化部分偶联。结合物2-8的DNA烷基化活性通过高分辨率变性凝胶电泳和202个碱基对（bp）的DNA片段进行评估。具有与β（丙氨酸/β）和Py /β相反的β-丙氨酸（β）的反平行配对的缀合物2和3的烷基化主要发生在匹配序列5'-AGCTCCA-3'的腺嘌呤（A）上（网站1）和5'-AGCACCA-3'（网站3）。然而，具有β/ Py的缀合物4没有显示任何DNA烷基化活性。类似地，具有Py / Py对的缀合物5在微摩尔浓度下使匹配位点弱烷基化。共轭6和7，分别具有beta / beta和Py / beta对，在匹配序列的5'-ACTACCA-3'（位点2）和5'-ACAACCA-3'（位点4）的A处烷基化。相反，具有Py / Py对的共轭8则

  DOI：

  10.1016/j.bmc.2007.11.064

文献信息

• Requirement of β-alanine components in sequence-specific DNA alkylation by pyrrole–imidazole conjugates with seven-base pair recognition
  作者：Toshikazu Bando、Masafumi Minoshima、Gengo Kashiwazaki、Ken-ichi Shinohara、Shunta Sasaki、Jun Fujimoto、Akimichi Ohtsuki、Masataka Murakami、Satomi Nakazono、Hiroshi Sugiyama

  DOI：10.1016/j.bmc.2007.11.064

  日期：2008.3

  (site 4). In contrast, conjugated 8, with a Py/Py pair, showed lower activity and less alkylated DNA at sites 2 and 4 with mismatched alkylation at site 1 at a higher concentration than that of 6 and 7. These results demonstrate that incorporation of beta-alanine is required for the sequence-specific alkylation by seco-CBI Py-Im conjugates with a seven-base pair sequence.

  为了研究将β-丙氨酸掺入烷基化N-甲基吡咯（Py）-N-甲基咪唑（Im）聚酰胺中的作用，通过Fmoc固相方法合成了seco-CBI共轭物2-8，随后与烷基化部分偶联。结合物2-8的DNA烷基化活性通过高分辨率变性凝胶电泳和202个碱基对（bp）的DNA片段进行评估。具有与β（丙氨酸/β）和Py /β相反的β-丙氨酸（β）的反平行配对的缀合物2和3的烷基化主要发生在匹配序列5'-AGCTCCA-3'的腺嘌呤（A）上（网站1）和5'-AGCACCA-3'（网站3）。然而，具有β/ Py的缀合物4没有显示任何DNA烷基化活性。类似地，具有Py / Py对的缀合物5在微摩尔浓度下使匹配位点弱烷基化。共轭6和7，分别具有beta / beta和Py / beta对，在匹配序列的5'-ACTACCA-3'（位点2）和5'-ACAACCA-3'（位点4）的A处烷基化。相反，具有Py / Py对的共轭8则