novobiocin sodium salt | 1476-53-5

• 物质功能分类: 原料药 - 抗生素类药物 - 其它抗生素类药
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯丙烷和聚酮 - 香豆素及其衍生物
• 英文名称: novobiocin sodium salt
• 英文别名: Monosodium novobiocin salt；Pharmakon1600-01500444；sodium;[(3R,4S,5R,6R)-5-hydroxy-6-[4-hydroxy-3-[[4-hydroxy-3-(3-methylbut-2-enyl)benzoyl]amino]-8-methyl-2-oxochromen-7-yl]oxy-3-methoxy-2,2-dimethyloxan-4-yl] carbamate
• CAS: 1476-53-5
• 化学式: C₃₁H₃₆N₂O₁₁*Na
• 分子量: 635.623
• InChiKey: WWPRGAYLRGSOSU-RNROJPEYSA-N

物化性质

• 熔点：
  215-220 C
• 比旋光度：
  D24 -38° (c = 2.5 in 95% ethanol); D24 -33° (c = 2.5 in water)
• 溶解度：
  H2O中可溶50mg/mL

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.63
• 重原子数：
  45
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.39
• 拓扑面积：
  196
• 氢给体数：
  5
• 氢受体数：
  11

安全信息

• 危险品标志：
  Xi
• 安全说明：
  S26,S36,S36/37,S37/39
• 危险类别码：
  R43
• WGK Germany：
  2
• 海关编码：
  2941 90 00
• RTECS号：
  RD5425000

制备方法与用途

药理作用及应用

新生霉素钠是新生霉素的钠盐，其抗菌谱与青霉素相似，主要用于耐药性金黄色葡萄球菌引起的感染，如肺炎、败血症等。尽管对严重感染疗效较差，但易引起细菌耐药性，因此宜与其他抗菌药物配伍使用。

新生霉素是从雪白链霉菌（Streptomyces niveus）的发酵中获得的一种抗生素，对抗青霉素耐药的葡萄球菌和某些变形杆菌有效。其抗菌作用在于抑制DNA复制，并通过干扰DNA解旋酶（拓扑异构酶）的作用来实现。

生物活性

Novobiocin钠盐（Albamycin、Cathomycin）是一种高效的细菌DNA旋转酶抑制剂，同时也是一种人体有机阴离子转运体，能够作用于hOAT1、hOAT3和hOAT4，其Ki值分别为14.87±0.40μM、4.77±1.12μM 和 90.50±7.50μM。

靶点

Target	Value
TopoisomeRAse II
TopoisomeRAse IV

体外研究

Novobiocin与HSP90结合，改变了分子伴侣对geldanamycin和RAdicicol的亲和力，进而影响了依赖于HSP90的关键调节激酶，包括V形Src、RAF-1和P185（ErbB2）在体内外水平上的表达。此外，Novobiocin还干扰共伴侣Hsc70和p23对HSP90的结合，并以浓度依赖性方式特异性地抑制血红素调节eIF2α激酶（HRI）的成熟。

Novobiocin通过诱导HSP90与CDC37从未成熟HRI解离，而HSP90共分子伴侣P23、FKBP52和蛋白磷酸酶5仍然与未成熟HRI结合。这种作用导致了细胞形态和生化变化，进而引发细胞凋亡。

此外，Novobiocin作为HSP90抑制剂，能够降低SMYD3的表达，并剂量依赖性地抑制MDA-MB-231人乳腺癌细胞的增殖和迁移。它还能够通过下调SMYD3抑制乳腺癌细胞的迁移。

Novobiocin作为一种氨基酮类抗生素，干扰了热休克蛋白90（HSP90）和缺氧诱导因子依赖基因表达的过程，从而损害了细胞的存活能力。在体外实验中，500 μM浓度的Novobiocin显著增加了胞内钙离子浓度、减少了前向散射、增强了膜联蛋白-V结合以及促进了ceRAmide的形成。

同时，它还能刺激红细胞死亡，这可能与细胞外Ca²⁺的进入和ceRAmide的产生有关。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  novobiocin sodium salt 在 sodium hydroxide 作用下， 以79 %的产率得到novobiocic acid
  参考文献：
  名称：

  Novobiocin blocks nucleic acid binding to Polθ and inhibits stimulation of its ATPase activity

  摘要：

  摘要 聚合酶θ（Polθ）在DNA复制和修复中起作用，抑制它对BRCA1和BRCA2缺陷的肿瘤细胞具有合成致死作用。Novobiocin（NVB）是第一类Polθ ATP酶活性抑制剂，目前正在作为抗癌药物进行临床试验。在这里，我们研究了 NVB 介导的 Polθ 抑制作用的分子机制。通过氢氘交换质谱（HX-MS）、生物物理、生物化学、计算和细胞分析，我们发现 NVB 是 ATP 水解的非竞争性抑制剂。NVB 糖基缺失导致效力降低，HX-MS 相互作用减少，从而支持了 NVB 的特定结合方向。综合结果表明，NVB 在体外和细胞内都与一个异构位点结合，阻止 DNA 结合。癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas，TCGA）肿瘤与匹配对照的比较表明，POLQ在肿瘤中的上调源于它在复制应激反应中对细胞增殖增加的作用：现在可以在15种肿瘤类型中通过NVB阻断ssDNA刺激ATP酶活性来检验这一点，ATP酶是Polθ在复制叉和DNA损伤位点发挥功能所必需的。本研究在结构和功能方面的见解为开发 NVB 衍生物提供了一条途径，即通过熵约束小分子靶向 ssDNA 结合，提高 NVB 抑制 Polθ 的效力。

  DOI：

  10.1093/nar/gkad727