1-{2-O-[(2-hydroxyethoxy)methyl]-3,5-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-β-D-ribofuranosyl}uracil | 1042664-80-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 1-{2-O-[(2-hydroxyethoxy)methyl]-3,5-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-β-D-ribofuranosyl}uracil
• 英文别名: 1-[(6aR,8R,9R,9aR)-9-(2-hydroxyethoxymethoxy)-2,2,4,4-tetra(propan-2-yl)-6a,8,9,9a-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-8-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 1042664-80-1
• 化学式: C₂₄H₄₄N₂O₉Si₂
• 分子量: 560.792
• InChiKey: PLNRJMXACFLFGY-JMJGKCIBSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.74
• 重原子数：
  37
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.83
• 拓扑面积：
  125
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-{2-O-[(2-hydroxyethoxy)methyl]-3,5-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-β-D-ribofuranosyl}uracil 、 对甲苯磺酰氯 在 吡啶 作用下， 反应 16.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  亚磷酰胺结构单元，可有效地将2'- O-氨基乙氧基（和丙氧基）甲基核苷掺入寡核苷酸

  摘要：

  已经开发了一种简单有效的方法，用于制备将2' - O-（2-氨基乙氧基甲基）核糖核苷和2' - O-（3-氨基丙氧基甲基）核糖核苷掺入合成寡核苷酸的八个亚磷酰胺构件。合成途径最大程度地收敛，并为几种固相合成偶联反应提供足够量的亚磷酰胺。使用无环衍生物17a，b，嘧啶核苷的亚磷酰胺2和3的总产率增加至高达50％，而嘌呤衍生物的总产率增加至30％，而总反应步骤显着减少。2′- O发现寡核苷酸合成过程中α-取代基是稳定的。所得寡核苷酸对于合成后功能化和缀合特别感兴趣。

  DOI：

  10.1016/j.tet.2008.04.110
• 作为产物：
  描述：

  1-{2-O-[(2-acetoxyethoxy)methyl]-3,5-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-β-D-ribofuranosyl}uracil 在 甲胺 作用下， 以 乙醇 为溶剂， 反应 20.0h， 以85%的产率得到1-{2-O-[(2-hydroxyethoxy)methyl]-3,5-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-β-D-ribofuranosyl}uracil
  参考文献：
  名称：

  选择性切割2'-O-修饰的3'，5'-O-（四异丙基二硅氧烷-1,3-二基）核糖核苷中的酰基保护基的新协议

  摘要：

  研究了在甲醇和乙醇中氨/胺溶液中核苷中四异丙基二硅氧烷-1,3-二基（TIPDS）保护的稳定性。在环境温度下的氨甲醇中，观察到TIPDS的部分裂解。当使用乙醇代替甲醇时，这种不希望的副反应被完全抑制。发现市售的8M甲胺-乙醇溶液是N-或/和O-酰基保护的核苷选择性脱酰而不显着裂解3'，5'-TIPDS基团的选择试剂。给出了制备具有整体高产率的2'- O-修饰的核苷的已开发方案的几个实例。 核苷-封端基团稳定性-四异丙基二硅氧烷-1,3-二基-保护基-N-脱酰-O-脱酰

  DOI：

  10.1055/s-0030-1258270

文献信息

• Phosphoramidite building blocks for efficient incorporation of 2′-O-aminoethoxy(and propoxy)methyl nucleosides into oligonucleotides
  作者：Georgii V. Bobkov、Sergey N. Mikhailov、Arthur Van Aerschot、Piet Herdewijn

  DOI：10.1016/j.tet.2008.04.110

  日期：2008.6

  A simple and efficient method for the preparation of eight phosphoramidite building blocks for incorporation of 2′-O-(2-aminoethoxymethyl)ribonucleosides and 2′-O-(3-aminopropoxymethyl)ribonucleosides into synthetic oligonucleotides has been developed. The synthetic routes are maximally convergent and provide sufficient amounts of phosphoramidites for several solid-phase synthesis coupling reactions

  已经开发了一种简单有效的方法，用于制备将2' - O-（2-氨基乙氧基甲基）核糖核苷和2' - O-（3-氨基丙氧基甲基）核糖核苷掺入合成寡核苷酸的八个亚磷酰胺构件。合成途径最大程度地收敛，并为几种固相合成偶联反应提供足够量的亚磷酰胺。使用无环衍生物17a，b，嘧啶核苷的亚磷酰胺2和3的总产率增加至高达50％，而嘌呤衍生物的总产率增加至30％，而总反应步骤显着减少。2′- O发现寡核苷酸合成过程中α-取代基是稳定的。所得寡核苷酸对于合成后功能化和缀合特别感兴趣。
• A New Protocol for Selective Cleavage of Acyl Protecting Groups in 2′-O-Modified 3′,5′-O-(Tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)ribonucleosides
  作者：S. Mikhailov、M. Drenichev、I. Kulikova、G. Bobkov、V. Tararov

  DOI：10.1055/s-0030-1258270

  日期：2010.11

  of choice for selective deacylation of N- or/and O-acyl protected nucleosides without notable cleavage of 3′,5′-TIPDS group. Several examples of the developed protocol for the preparation 2′-O-modified nucleosides with overall high yields are presented. nucleosides - blocking group stability - tetraisopropyl­disiloxane-1,3-diyl - protecting group - N-deacylation - O-deacylation

  研究了在甲醇和乙醇中氨/胺溶液中核苷中四异丙基二硅氧烷-1,3-二基（TIPDS）保护的稳定性。在环境温度下的氨甲醇中，观察到TIPDS的部分裂解。当使用乙醇代替甲醇时，这种不希望的副反应被完全抑制。发现市售的8M甲胺-乙醇溶液是N-或/和O-酰基保护的核苷选择性脱酰而不显着裂解3'，5'-TIPDS基团的选择试剂。给出了制备具有整体高产率的2'- O-修饰的核苷的已开发方案的几个实例。 核苷-封端基团稳定性-四异丙基二硅氧烷-1,3-二基-保护基-N-脱酰-O-脱酰