Phosphoric acid 2-cyano-ethyl ester (2S,4S,5R)-2-(2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-4-hydroxy-5-hydroxymethyl-tetrahydro-furan-2-ylmethyl ester 2-(methyl-phenazin-2-yl-amino)-ethyl ester | 208336-17-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 核苷和核苷酸类似物
• 英文名称: Phosphoric acid 2-cyano-ethyl ester (2S,4S,5R)-2-(2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-4-hydroxy-5-hydroxymethyl-tetrahydro-furan-2-ylmethyl ester 2-(methyl-phenazin-2-yl-amino)-ethyl ester
• CAS: 208336-17-8
• 化学式: C₂₈H₃₁N₆O₉P
• 分子量: 626.563
• InChiKey: QVQMORDOPSRCAS-QCXJYRNJSA-N

物化性质

• 密度：
  1.475±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.64
• 重原子数：
  44.0
• 可旋转键数：
  13.0
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.39
• 拓扑面积：
  202.12
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  14.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  Phosphoric acid 2-cyano-ethyl ester (2S,4S,5R)-2-(2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-4-hydroxy-5-hydroxymethyl-tetrahydro-furan-2-ylmethyl ester 2-(methyl-phenazin-2-yl-amino)-ethyl ester 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 19.0h， 生成 Succinic acid mono-[(2R,3S,5S)-2-[bis-(4-methoxy-phenyl)-phenyl-methoxymethyl]-5-{(2-cyano-ethoxy)-[2-(methyl-phenazin-2-yl-amino)-ethoxy]-phosphoryloxymethyl}-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-tetrahydro-furan-3-yl] ester
  参考文献：
  名称：

  1'-吩嗪拴系的呋喃呋喃糖基寡核苷酸的合成：其双链体和三链体的热稳定性和荧光性质

  摘要：

  描述了在1-（3'-deoxypsicofuranosyl）尿嘧啶的C1'处与吩嗪（pzn）相连的修饰寡核苷酸（ODN）的合成，热稳定性以及其双链体和三链体的荧光性质。由1-（3'-脱氧吡喃呋喃糖基）尿嘧啶5 [ ]合成了关键中间体，其是通过吩嗪呋喃糖基尿嘧啶衍生物7和8与吩嗪1'连接的，该连接基由磷酸酯和两个亚甲基组成。化合物7转化成相应的6'- ø -DMTr保护的4'-亚磷酰胺块13中的三个步骤[7→9（83％）→11（83％）→13（83％）]，而化合物8在四个步骤[8→10（28％）→12（70％）→14 ]中，使用α-己内酰胺来制备改性的固体载体14。改性的9-mer寡核苷酸28 - 31和18-mer的寡核苷酸22 - 25然后在使用自动固相DNA合成协议通常的方式组装。吩嗪-拴系的九聚体（28 - 31），用于它们的能力，形成稳定的双链体与靶DNA-链（测试19 - 20）。测试了吩嗪系留的18聚体（22

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(98)00237-3
• 作为产物：
  描述：

  1-(3'-deoxy-β-D-psicofuranosyl)uracil 在 咪唑 、 四氮唑 、 四丁基氟化铵 、 碘 作用下， 以 四氢呋喃 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 4.83h， 生成 Phosphoric acid 2-cyano-ethyl ester (2S,4S,5R)-2-(2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-4-hydroxy-5-hydroxymethyl-tetrahydro-furan-2-ylmethyl ester 2-(methyl-phenazin-2-yl-amino)-ethyl ester
  参考文献：
  名称：

  1'-吩嗪拴系的呋喃呋喃糖基寡核苷酸的合成：其双链体和三链体的热稳定性和荧光性质

  摘要：

  描述了在1-（3'-deoxypsicofuranosyl）尿嘧啶的C1'处与吩嗪（pzn）相连的修饰寡核苷酸（ODN）的合成，热稳定性以及其双链体和三链体的荧光性质。由1-（3'-脱氧吡喃呋喃糖基）尿嘧啶5 [ ]合成了关键中间体，其是通过吩嗪呋喃糖基尿嘧啶衍生物7和8与吩嗪1'连接的，该连接基由磷酸酯和两个亚甲基组成。化合物7转化成相应的6'- ø -DMTr保护的4'-亚磷酰胺块13中的三个步骤[7→9（83％）→11（83％）→13（83％）]，而化合物8在四个步骤[8→10（28％）→12（70％）→14 ]中，使用α-己内酰胺来制备改性的固体载体14。改性的9-mer寡核苷酸28 - 31和18-mer的寡核苷酸22 - 25然后在使用自动固相DNA合成协议通常的方式组装。吩嗪-拴系的九聚体（28 - 31），用于它们的能力，形成稳定的双链体与靶DNA-链（测试19 - 20）。测试了吩嗪系留的18聚体（22

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(98)00237-3