N⁶-<2-(4-nitrophenyl)ethoxycarbonyl>-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)adenosine | 111244-87-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: N⁶-<2-(4-nitrophenyl)ethoxycarbonyl>-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)adenosine
• 英文别名: N⁶-{[2-(4-nitrophenyl)ethoxy]carbonyl}-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)adenosine；N6-{[2-(4-nitrophenyl)ethoxy]carbonyl}-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)adenosine；N⁶-[2-(4-nitrophenyl)ethoxycarbonyl]-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)adenosine；2-(4-nitrophenyl)ethyl N-[9-[(6aR,8R,9R,9aS)-9-hydroxy-2,2,4,4-tetra(propan-2-yl)-6a,8,9,9a-tetrahydro-6H-furo[3,2-f][1,3,5,2,4]trioxadisilocin-8-yl]purin-6-yl]carbamate
• CAS: 111244-87-2
• 化学式: C₃₁H₄₆N₆O₉Si₂
• 分子量: 702.912
• InChiKey: HACNSZNRVNVAOJ-BQOYKFDPSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.74
• 重原子数：
  48
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.61
• 拓扑面积：
  185
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  12

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N⁶-<2-(4-nitrophenyl)ethoxycarbonyl>-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)adenosine 在 吡啶 作用下， 以 甲苯 为溶剂， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytriphenylmethyl)-2'-O-{1-{{4-{{[2-(4-nitrophenyl)ethoxy]carbonyl}oxy}benzyl}oxy}ethyl}-N⁶-{[2-(4-nitrophenyl)ethoxy]carbonyl}adenosine
  参考文献：
  名称：

  核苷酸，第 LXVIII 部分，缩醛作为寡核糖核苷酸合成的新 2'-O-保护功能：单体构建单元和寡核糖核苷酸的合成

  摘要：

  为了通过 5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基) 亚磷酰胺方法有效合成寡核糖核苷酸，研究了 2'-O-[1-(苄氧基)乙基]缩醛 56-67。然而，对 2'-O-[1-(苄氧基)乙基]-5'-O-(二甲氧基三苯甲基)核糖核苷 3'-亚磷酰胺 56 – 59 的研究仅给出了合理的结果。由于缩醛和​​二甲氧基三苯甲基官能团的酸稳定性太接近而无法保证高选择性，因此获得的寡核糖核苷酸显示出一些杂质。新的酸不稳定保护的 2'-O-保护基团与 2-(4-硝基苯基)乙基/[2-(4-硝基苯基)乙氧基]羰基 (npe/npeoc) 策略的碱基保护组合更为成功。描述了单体结构单元及其中间体 8-67 的合成和物理特性，以及自动生成同源和混合寡核苷酸的条件。新的 2'-缩醛保护基团可以在两步过程中被切割掉，并且设计用于平衡它们对于连接的核碱基的稳定性。因此，我们使用 1-{{3-fluoro-4-{{[2-

  DOI：

  10.1002/1522-2675(20010516)84:5<1066::aid-hlca1066>3.0.co;2-h
• 作为产物：
  描述：

  1-methyl-3-[2-(4-nitrophenyl)ethoxycarbonyl]imidazolium chloride 在 ammonium hydroxide 作用下， 以 吡啶 、 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 36.75h， 生成 N⁶-<2-(4-nitrophenyl)ethoxycarbonyl>-3',5'-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)adenosine
  参考文献：
  名称：

  核苷酸。第XXXI部分。修饰的寡聚2'–5'A类似物：具有9-（3'-叠氮基3'-脱氧-β-D-木呋喃糖基）腺嘌呤和9-（3'-氨基-3'的2'-5'寡核苷酸的合成-deoxy-β-D-xylofuranosyl）腺嘌呤作为修饰的核苷†

  摘要：

  通过磷酸三酯法合成了一系列带有9-（3'-叠氮基-3'脱氧-β-D-木呋喃糖基）腺嘌呤部分作为结构单元的新的2'-5'寡核苷酸。使用2-（4-硝基苯基）乙基（npe）和2-（4-硝基苯基）乙氧基羰基（npeoc）磷酸酯，氨基和羟基保护基团可确保以高收率直接合成，并且易于对2进行解封5'三聚体21，22，和25和四聚体23。[9-（3'-azido-3'-deoxy-β-D- xyfurfuranosyl）Adenine ] 2'-yl- [2'-（O p -ammonio）5']-[9的叠氮基催化还原-（3'-叠氮基-3'-脱氧-β-D-木呋喃糖基）腺嘌呤] -2'-基-[2'-（O p-氨）5']-9-（3'-叠氮基3'-脱氧-β-D-木呋喃糖基）腺嘌呤（21）生成相应的9-（3'-氨基-3'-脱氧-β-D -xyfurfuranosyl）-腺嘌呤2'-5'三聚体26，其中两个核苷酸间键被分子内甜菜碱形成而被中和。

  DOI：

  10.1002/hlca.19890720810

文献信息

• Nucleotides. Part LXXIX
  作者：Christoph Hermann、Evgeny Kvassiouk、Wolfgang Pfleiderer

  DOI：10.1002/hlca.201000403

  日期：2011.3

  Two series of new ribonucleoside 3′‐phosphoramidites (see 36–42) carrying the photolabile [2‐(2‐nitrophenyl)propoxy]carbonyl group at the 5′‐O‐position were synthesized and characterized as monomeric building blocks for photolithographic syntheses of RNA chips. Base protection was achieved in the well‐known manner by the 2‐(4‐nitrophenyl)ethyl (npe) and the [2‐(4‐nitrophenyl)ethoxy]carbonyl (npeoc)

  两个系列的新的核糖核苷3'-亚磷酰胺（参见36 - 42）承载光不稳定[2-（2-硝基苯基）丙氧基]羰基处的5'- Ò位上被合成和表征作为用于光刻合成单体结构单元RNA芯片。通过2-（4-硝基苯基）乙基（npe）和[2-（4-硝基苯基）乙氧基]羰基（npeoc）基团以众所周知的方式实现了碱保护。碳水化合物部分还带有2' - O-（四氢-4-甲氧基-2 H-吡喃-4-基）基团以阻断2'-OH功能。
• Nucleotides. Part LXXIII
  作者：Ursula Münch、Wolfgang Pfleiderer

  DOI：10.1002/hlca.200390206

  日期：2003.7

  (2-cyano-1-phenylethoxy)carbonyl (2c1peoc) group was developed as a new base-labile protecting group for the 5′-OH function in solid-phase synthesis of oligoribonucleotides via the phosphoramidite approach. The half-lives of its β-elimination process by 0.1M DBU (1,8-diazabicyclo[5.4.0]undec-7-ene) were determined to be 7–14 s by HPLC investigations. The 2′-OH function was protected with the acid-labile

  （2-氰基-1-苯基乙氧基）羰基（2c1peoc）基团被开发为通过亚磷酰胺固相合成寡核糖核苷酸的5'-OH功能的新的碱不稳定保护基。通过HPLC研究确定其通过0.1M DBU（1,8-二氮杂双环[5.4.0] undec-7-ene）进行的β消除过程的半衰期为7-14 s。酸不稳定的四氢-4-甲氧基-2 H可保护2'-OH功能-吡喃-4-基（thmp）基团，而2-（4-硝基苯基）乙基（npe）和2-（4-硝基苯基）乙氧羰基（npeoc）基团用于保护碱基和磷酸盐部分。描述了单体构件的合成，亚磷酰胺和核苷官能化的载体，以及通过这种方法的寡核糖核苷酸的积累。
• Nucleotides. Part XLII. The 2-dansylethoxycarbonyl (= 2-{[5-(dimethylamino)naphthalen-1-yl]sulfonyl}ethoxycarbonyl; dnseoc) group for protection of the 5?-hydroxy function in oligoribonucleotide synthesis
  作者：Frank Bergmann、Wolfgang Pfleiderer

  DOI：10.1002/hlca.19940770209

  日期：1994.3.23

  The 2-dansylethoxycarbonyl (Dnseoc) group was employed for protection of the 5′-hydroxy function in oligoribonucleotide synthesis by the phosphoramidite approach using the acid-labile tetrahydro-4-methoxy-2H-pyran-4-yl (Thmp) group for 2′-protection. The syntheses of monomeric building blocks, both phosphoramidites and nucleoside-functionalized supports, are described for the four common nucleosides

  2-丹酰基乙氧羰基（Dnseoc）基团通过亚磷酰胺方法使用酸不稳定的四氢-4-甲氧基-2 H-吡喃-4-基（Thmp）基团来保护寡核糖核苷酸合成中的5'-羟基功能。 2'-保护。描述了四种常见核苷腺苷，鸟苷，胞苷和尿苷，以及两种修饰的次要核苷核苷（=核糖基胸腺嘧啶）和假尿苷的单体结构单元（亚磷酰胺和核苷官能化支持物）的合成。
• Nucleosides. Part LIX. The 2-(4-nitrophenyl)ethylsulfonyl (Npes) Group: A New Type of Protection in Nucleoside Chemistry
  作者：Magdalena Pfister、Helga Schirmeister、Marion Mohr、Silke Farkas、Klaus-Peter Stengele、Tilman Reiner、Martin Dunkel、Surendra Gokhale、Ramamurthy Charubala、Wolfgang Pfleiderer

  DOI：10.1002/hlca.19950780706

  日期：1995.11.1

  The 2-(4-nitrophenyl)ethylsulfonyl (npes) group is developed as a new sugar OH-blocking group in the ribonucleoside series. Its cleavage can be performed in a β-eliminating process under aprotic conditions using 1,8-diazabicyclo[5.4.0]undec-7-ene (DBU) as the most effective base. Since sulfonates do not show acyl migration, partial protection of 1,2-cis-diol moieties is possible leading to new types

  2-（4-硝基苯基）乙基磺酰基（npes）基团被开发为核糖核苷系列中新的糖OH封闭基团。可以在非质子条件下以β-消除过程进行裂解，使用1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯（DBU）作为最有效的碱基。由于磺酸盐不显示酰基迁移，因此可能会部分保护1,2-顺式-二醇部分，从而导致新型的寡核苷酸构建基团。一系列由Markiewicz保护的核糖核苷1-10转化为它们的2'- O- [2-（4-硝基苯基）乙基磺酰基]衍生物29-38，其中5'-OSi键可通过酸水解裂解形成39- 45。随后的单甲氧基三苯甲基化导致46-50，和脱甲硅基，得到5'- ø - （单甲氧）-2'- ö - [2-（4-硝基苯基）乙基磺酰基]核糖核苷51-55。酸处理去除三苯甲基也不会伤害npes组（56-58）。完全封闭的2'- O- [2-（4-硝基苯基）乙基磺酰基]核糖核苷96-102的明确合成是通过相应的3'-
• Nucleotides. Part LXXII
  作者：Markus Beier、Wolfgang Pfleiderer

  DOI：10.1002/hlca.200390205

  日期：2003.7

  The synthesis of various N-methylated nucleosides (m6A, m3C, m4C, m3U) is described. These minor nucleosides can be obtained by simple methylation with diazomethane of [2-(4-nitrophenyl)ethoxy]carbonyl(npeoc)-protected nucleosides. These methylated compounds are easily further derivatized to fit into the scheme of the [2-(dansyl)ethoxy]carbonyl (dnseoc) approach for RNA synthesis (dansyl=[5-(dimet

  描述了各种N-甲基化核苷（m 6 A，m 3 C，m 4 C，m 3 U）的合成。这些次要核苷可以通过用[2-（4-硝基苯基）乙氧基]羰基（npeoc）保护的核苷的重氮甲烷简单甲基化而获得。这些甲基化的化合物容易进一步衍生化，以适合用于RNA合成的[2-（丹基）乙氧基]羰基（dnseoc）方法的方案（丹酰基= [5-（二甲基氨基）萘-1-基]磺酰基）。合成了各种包含N 6-甲基腺苷的寡核糖核苷酸，突显了dnseoc方法的有用性，特别是用于合成天然tRNA衍生的寡核糖核苷酸序列。