蛋白质组学规模上蛋白质折叠稳定性变化的表征对于蛋白质靶标发现和
生物学状态表征很有用。蛋白质的氧化速率稳定性(
SPROX)技术是最近建立的几种基于质谱的技术之一,可用于蛋白质组范围内蛋白质折叠和稳定性的测量。
SPROX在蛋白质组学中的应用的关键部分是鉴定和定量含蛋
氨酸的肽。这里展示的是基于目标质谱的蛋白质组学策略,用于在
SPROX实验中检测和定量含蛋
氨酸的肽。该策略涉及在三重四极杆质谱仪(QQQ-MS)上使用选择性反应监测(SRM),将
苯甲酰溴(PAB)用于
SPROX中目标检测和定量甲
硫氨酸的肽。作为原理证明,使用靶向SRM工作流程成功检测并定量了
环孢菌素A与亲环素A蛋白在酵母细胞裂解物中的已知结合相互作用。与其他
SPROX协议相比,所描述的工作流程的优势包括分析所需的总蛋白质量减少了20倍,并且能够与给定样品中的内源蛋白质一起工作(例如,在
细胞培养中用
氨基酸标记稳定的同位素)不必要)。使用