tert-butyl N-[3-[[3-(dimethylcarbamoyl)-6-nitrochroman-5-yl]amino]propyl]-N-methylcarbamate | 1269695-66-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物
• 英文名称: tert-butyl N-[3-[[3-(dimethylcarbamoyl)-6-nitrochroman-5-yl]amino]propyl]-N-methylcarbamate
• 英文别名: 5-amino-(3'-[N'-methyl-N'-tert-butoxycarbonyl]propyl)-3-(N,N-dimethylcarboxamide)-6-nitrochromane；tert-butyl N-[3-[[3-(dimethylcarbamoyl)-6-nitrochroman-5-yl]amino]propyl]-N-methylcarbamate
• CAS: 1269695-66-0
• 化学式: C₂₁H₃₂N₄O₆
• 分子量: 436.508
• InChiKey: QTWOXMXFMGAMPM-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.9
• 重原子数：
  31.0
• 可旋转键数：
  7.0
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.62
• 拓扑面积：
  114.25
• 氢给体数：
  1.0
• 氢受体数：
  7.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  tert-butyl N-[3-[[3-(dimethylcarbamoyl)-6-nitrochroman-5-yl]amino]propyl]-N-methylcarbamate 在 palladium 10% on activated carbon 、 氢气 作用下， 以 乙醇 为溶剂， 20.0 ℃ 、101.33 kPa 条件下， 反应 17.0h， 生成 tert-butyl N-[3-[2-amino-8-(dimethylcarbamoyl)-8,9-dihydro-7H-pyrano[2,3-g]benzimidazol-1-yl]-propyl]-N-methylcarbamate
  参考文献：
  名称：

  Syntheses and Binding Testing of N1-Alkylamino-Substituted 2-Aminobenzimidazole Analogues Targeting the Hepatitis C Virus Internal Ribosome Entry Site

  摘要：

  我们合成了一系列 2-氨基苯并咪唑类似物，并测试了它们与丙型肝炎病毒（HCV）内部核糖体进入位点（IRES）中先前确定的病毒翻译抑制剂 RNA 靶点的结合情况。新抑制剂化合物的合成采用了一种高度趋同的策略，该策略允许以较高的总产率（8 个步骤，4-22%）加入不同的三级氨基取代基。结构-活性关系（SAR）研究的重点是在抑制剂结合部位与 RNA 主干发生氢键作用的叔胺取代基。SAR 研究进一步与硅学对接实验相关联。类似化合物显示出良好的活性（半数最大有效浓度，EC50：21-89µM）。合成的类似物的结构及其结合模式的相关性为探索选择性靶向 HCV IRES IIa 亚域所需的参数提供了机会，该亚域在 HCV 翻译过程中起着 RNA 构象转换的作用。

  DOI：

  10.1071/ch19526
• 作为产物：
  描述：

  5-chlorochromane-3-carboxylic acid 在 N-甲基吗啉 、 N-甲基吡咯烷酮 、 二氯乙酸 、 sodium nitrate 、 1-羟基苯并三唑 、 1,2-二氯乙烷 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 48.0h， 生成 tert-butyl N-[3-[[3-(dimethylcarbamoyl)-6-nitrochroman-5-yl]amino]propyl]-N-methylcarbamate
  参考文献：
  名称：

  Syntheses and Binding Testing of N1-Alkylamino-Substituted 2-Aminobenzimidazole Analogues Targeting the Hepatitis C Virus Internal Ribosome Entry Site

  摘要：

  我们合成了一系列 2-氨基苯并咪唑类似物，并测试了它们与丙型肝炎病毒（HCV）内部核糖体进入位点（IRES）中先前确定的病毒翻译抑制剂 RNA 靶点的结合情况。新抑制剂化合物的合成采用了一种高度趋同的策略，该策略允许以较高的总产率（8 个步骤，4-22%）加入不同的三级氨基取代基。结构-活性关系（SAR）研究的重点是在抑制剂结合部位与 RNA 主干发生氢键作用的叔胺取代基。SAR 研究进一步与硅学对接实验相关联。类似化合物显示出良好的活性（半数最大有效浓度，EC50：21-89µM）。合成的类似物的结构及其结合模式的相关性为探索选择性靶向 HCV IRES IIa 亚域所需的参数提供了机会，该亚域在 HCV 翻译过程中起着 RNA 构象转换的作用。

  DOI：

  10.1071/ch19526

文献信息

• An Efficient New Route to Dihydropyranobenzimidazole Inhibitors of HCV Replication
  作者：Matthew A. Parker、Emily Satkiewicz、Thomas Hermann、B. Mikael Bergdahl

  DOI：10.3390/molecules16010281

  日期：——

  A class of dihydropyranobenzimidazole inhibitors was recently discovered that acts against the hepatitis C virus (HCV) in a new way, binding to the IRES-IIa subdomain of the highly conserved 5' untranslated region of the viral RNA and thus preventing the ribosome from initiating translation. However, the reported synthesis of these compounds is lengthy and low-yielding, the intermediates are troublesome to purify, and the route is poorly structured for the creation of libraries. We report a streamlined route to this class of inhibitors in which yields are far higher and most intermediates are crystalline. In addition, a key variable side chain is introduced late in the synthesis, allowing analogs to be easily synthesized for optimization of antiviral activity.

  最近发现了一类二氢吡喃苯并咪唑抑制剂，具有以新方式对抗丙型肝炎病毒（HCV）的作用，它们与病毒RNA高度保守的5'非翻译区的IRES-IIa亚域结合，从而阻止核糖体启动翻译。然而，这些化合物的合成报道过程漫长且产率较低， intermediates的纯化则相当麻烦，而且该合成路线不利于库的构建。我们报告了一种精简的合成途径，能够显著提高产率，并且大多数中间体是晶体。此外，关键的可变侧链在合成后期引入，使得容易合成类似物以优化抗病毒活性。
• Crystal Structure of a Benzimidazole Hepatitis C Virus Inhibitor Free and in Complex with the Viral RNA Target
  作者：Sergey M. Dibrov、Matthew A. Parker、B. Mikael Bergdahl、Thomas Hermann

  DOI：10.1007/s10870-013-0410-5

  日期：2013.5

  The crystal structure of 8-((dimethylamino)methyl)-1-(3-(dimethylamino)propyl)-1,7,8,9-tetrahydrochromeno[5,6-d]imidazol-2-amine (1), an inhibitor of the hepatitis C virus internal ribosome entry site, is described and compared to the structure of the compound in complex with the viral RNA target. Compound 1 crystallized by pentane vapor diffusion into dichloroethane solution. It crystallized in the monoclinic system, P21/c space group with unit cell parameters a = 15.7950(5) Å, b = 14.0128(4) Å, c = 8.8147(3) Å, β = 94.357(2)° and a cell volume of 1945.34(11) A−3. Packing interactions in the small molecule crystal lattice correspond to key interactions of the compound with the viral RNA target. The crystal structure of the title compound is described free and in complex with its viral target.

  8-((二甲氨基)甲基)-1-(3-(二甲氨基)丙基)-1,7,8,9-四氢色酮[5,6-d]咪唑-2-胺（1）的晶体结构被描述，并与该化合物与病毒RNA靶标的复合物结构进行了比较。化合物1通过戊烷蒸气扩散进入二氯乙烷溶液中结晶。它在单斜晶系中结晶，空间群为P21/c，晶胞参数为a = 15.7950(5) Å，b = 14.0128(4) Å，c = 8.8147(3) Å，β = 94.357(2)°，晶胞体积为1945.34(11) ų。小分子晶体格子中的堆积相互作用对应于该化合物与病毒RNA靶标的关键相互作用。标题化合物的晶体结构分别在自由状态和与其病毒靶标复合时进行了描述。
• Structure-based virtual screening of unbiased and RNA-focused libraries to identify new ligands for the HCV IRES model system
  作者：Elisabeth Kallert、Laura Almena Rodriguez、Jan-Åke Husmann、Kathrin Blatt、Christian Kersten

  DOI：10.1039/d3md00696d

  日期：——

  Using structure-based virtual screening, FRET and MST assays, novel ligands of the hepatitis C virus internal ribosome entry site were identified. This proof-of-concept study demonstrated the feasibility of RNA–ligand docking for hit identification.