5-formyl-6-aza-2'-deoxyuridine | 100244-19-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氧化合物
• 英文名称: 5-formyl-6-aza-2'-deoxyuridine
• 英文别名: 2-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-3,5-dioxo-1,2,4-triazine-6-carbaldehyde
• CAS: 100244-19-7
• 化学式: C₉H₁₁N₃O₆
• 分子量: 257.203
• InChiKey: UZRLQQOXRVTQJM-RRKCRQDMSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.4
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  129
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3-氯苯甲酰乙腈 、 5-formyl-6-aza-2'-deoxyuridine 在 sodium hydroxide 作用下， 反应 1.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  干细胞中5-甲酰基-脱氧胞苷（fdC）的主动脱甲酰化机理分析。

  摘要：

  从启动子元件中去除5-甲基-脱氧胞苷（mdC）与沉默的相应基因的重新激活有关。它是通过主动脱甲基过程进行的，该过程涉及将mdC氧化为5-羟甲基-脱氧胞苷（hmdC），然后在α的帮助下进一步氧化为5-甲酰基-脱氧胞苷（fdC）和5-羧基-脱氧胞苷（cadC）。酮戊二酸依赖的Tet加氧酶 下一步可以通过糖基化酶（TDG）的作用发生，该酶将fdC切割出基因组，以替换为dC。提出了第二种途径，涉及将fdC直接转化为dC的CC键断裂。合成了6-氮杂-5-甲酰基-脱氧胞苷（a-fdC）探针分子，并与2'-氟化fdC类似物（F-fdC）一起喂入各种体细胞系和诱导的小鼠胚胎干细胞。尽管在体内清楚地观察到F-fdC的去甲酰化作用，但在a-fdC中却没有发生，因此表明C-C键断裂的去甲酰化作用是由亲核活化引发的。

  DOI：

  10.1002/anie.202000414
• 作为产物：
  描述：

  5-formyl-1-(2'-deoxy-3'-5'-di-O-p-toluoyl-β-D-erythro-pentofuranosyl)-6-azauracil 在 甲醇 、 sodium methylate 作用下， 以 苯 为溶剂， 反应 2.0h， 以32%的产率得到5-formyl-6-aza-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  干细胞中5-甲酰基-脱氧胞苷（fdC）的主动脱甲酰化机理分析。

  摘要：

  从启动子元件中去除5-甲基-脱氧胞苷（mdC）与沉默的相应基因的重新激活有关。它是通过主动脱甲基过程进行的，该过程涉及将mdC氧化为5-羟甲基-脱氧胞苷（hmdC），然后在α的帮助下进一步氧化为5-甲酰基-脱氧胞苷（fdC）和5-羧基-脱氧胞苷（cadC）。酮戊二酸依赖的Tet加氧酶 下一步可以通过糖基化酶（TDG）的作用发生，该酶将fdC切割出基因组，以替换为dC。提出了第二种途径，涉及将fdC直接转化为dC的CC键断裂。合成了6-氮杂-5-甲酰基-脱氧胞苷（a-fdC）探针分子，并与2'-氟化fdC类似物（F-fdC）一起喂入各种体细胞系和诱导的小鼠胚胎干细胞。尽管在体内清楚地观察到F-fdC的去甲酰化作用，但在a-fdC中却没有发生，因此表明C-C键断裂的去甲酰化作用是由亲核活化引发的。

  DOI：

  10.1002/anie.202000414

文献信息

• Synthesis and antiviral properties of 5-(2-substituted vinyl)-6-aza-2'-deoxyuridines
  作者：William L. Mitchell、Paul Ravenscroft、Malcolm L. Hill、Lars J. S. Knutsen、Brian D. Judkins、Roger F. Newton、David I. C. Scopes

  DOI：10.1021/jm00155a035

  日期：1986.5

  auracil (12) by using standard deoxyribosidation methodology. Compound 7 was prepared from 5-(3-furyl)-6-azauracil (33) via a ribosidation/deoxygenation sequence. An attempt to prepare the corresponding 5-(2,2-difluorovinyl) analogue afforded instead a mixture of the 5-[(2,2-difluoro-2-methoxy)ethyl] and 5-(2,2,2-trifluoroethyl) derivatives 29 and 30. Compounds 2-7, 29, and 30 were tested for in vitro

  合成了以下5-（2-取代的乙烯基）-6-氮杂-2'-脱氧尿苷：（E）-5-（2-溴乙烯基）（2）（6-氮杂-BVDU），5-（2-溴-2-氟乙烯基）（E和Z异构体的混合物）（3），（E）-5-（2-氯乙烯基）（4），（E）-5- [2-（甲硫基）乙烯基]（5） ，5-（2,2-二溴乙烯基）（6）和5-（3-呋喃基）（7）。2-6的合成利用了对5-甲酰基-1-（2'-脱氧-3'，5'-二-Op-甲苯甲酰基-β-D-赤型戊呋喃糖基）-6-氮杂尿嘧啶的Wittig型反应（16 ）。还使用标准脱氧核糖基化方法由（E）-5-（2-溴乙烯基）-6-氮杂尿嘧啶（12）合成6-Aza-BVDU（及其α-端基异构体）。化合物7由5-（3-呋喃基）-6-氮杂尿嘧啶（33）经核糖化/脱氧序列制备。尝试制备相应的5-（2,2-二氟乙烯基）类似物，相反提供了5-[（（2,2-二氟-2-甲氧基）乙基]和5-（2,2，
• Analysis of an Active Deformylation Mechanism of 5‐Formyl‐deoxycytidine (fdC) in Stem Cells
  作者：Alexander Schön、Ewelina Kaminska、Florian Schelter、Eveliina Ponkkonen、Eva Korytiaková、Sarah Schiffers、Thomas Carell

  DOI：10.1002/anie.202000414

  日期：2020.3.27

  fed to various somatic cell lines and induced mouse embryonic stem cells, together with a 2′‐fluorinated fdC analogue (F‐fdC). While deformylation of F‐fdC was clearly observed in vivo, it did not occur with a‐fdC, thus suggesting that the C−C bond‐cleaving deformylation is initiated by nucleophilic activation.

  从启动子元件中去除5-甲基-脱氧胞苷（mdC）与沉默的相应基因的重新激活有关。它是通过主动脱甲基过程进行的，该过程涉及将mdC氧化为5-羟甲基-脱氧胞苷（hmdC），然后在α的帮助下进一步氧化为5-甲酰基-脱氧胞苷（fdC）和5-羧基-脱氧胞苷（cadC）。酮戊二酸依赖的Tet加氧酶 下一步可以通过糖基化酶（TDG）的作用发生，该酶将fdC切割出基因组，以替换为dC。提出了第二种途径，涉及将fdC直接转化为dC的CC键断裂。合成了6-氮杂-5-甲酰基-脱氧胞苷（a-fdC）探针分子，并与2'-氟化fdC类似物（F-fdC）一起喂入各种体细胞系和诱导的小鼠胚胎干细胞。尽管在体内清楚地观察到F-fdC的去甲酰化作用，但在a-fdC中却没有发生，因此表明C-C键断裂的去甲酰化作用是由亲核活化引发的。