3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-C-ethynylthymidine | 404853-18-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-C-ethynylthymidine
• CAS: 404853-18-5
• 化学式: C₁₈H₂₈N₂O₅Si
• 分子量: 380.516
• InChiKey: QWCDBHNQYOKPNJ-FGDMXMHKSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.52
• 重原子数：
  26.0
• 可旋转键数：
  4.0
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  93.55
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  6.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-C-ethynylthymidine 在 Lindlar's catalyst 四氮唑 、 叔丁基过氧化氢 、 氢气 作用下， 以 二氯甲烷 、 乙酸乙酯 、 甲苯 、 乙腈 为溶剂， 反应 27.5h， 生成 allyl 3'-O-(5'-O-tert-butyldimethylsilyl)thymidinyl 5'-O-(3'-O-tert-butyldimethylsilyl)-5'-C-vinylthymidinyl phosphoric ester
  参考文献：
  名称：

  构象受限的环状磷酸三酯键合二核苷酸的合成及NMR研究

  摘要：

  合成了其中磷酸二酯键在环状磷酸三酯结构中构象受限的四个非对映异构二核苷酸。来自差向异构体5'- C-乙烯基胸苷衍生物，包含两个末端烯基部分的二核苷酸，是通过标准亚磷酰胺化学方法构建的，并用作闭环复分解（RCM）反应的底物。从而，获得并分离了在核苷间键中具有七个成员磷酸环的四个非对映异构二核苷酸，并通过先进的NMR研究结合受限的分子动力学（rMD）模拟阐明了它们的构型。发现七个成员环在天然核酸主链中提供一定程度的构象限制，并且发现四个二核苷酸之一有利于两个相邻的胸腺嘧啶部分之间的堆叠。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(01)01047-x
• 作为产物：
  描述：

  3'-O-(叔丁基二甲基硅烷基)胸苷 在 戴斯-马丁氧化剂 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 19.0h， 生成 3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-C-ethynylthymidine
  参考文献：
  名称：

  构象受限的环状磷酸三酯键合二核苷酸的合成及NMR研究

  摘要：

  合成了其中磷酸二酯键在环状磷酸三酯结构中构象受限的四个非对映异构二核苷酸。来自差向异构体5'- C-乙烯基胸苷衍生物，包含两个末端烯基部分的二核苷酸，是通过标准亚磷酰胺化学方法构建的，并用作闭环复分解（RCM）反应的底物。从而，获得并分离了在核苷间键中具有七个成员磷酸环的四个非对映异构二核苷酸，并通过先进的NMR研究结合受限的分子动力学（rMD）模拟阐明了它们的构型。发现七个成员环在天然核酸主链中提供一定程度的构象限制，并且发现四个二核苷酸之一有利于两个相邻的胸腺嘧啶部分之间的堆叠。

  DOI：

  10.1016/s0040-4020(01)01047-x

文献信息

• Nucleic acid secondary structures containing the double-headed nucleoside 5′(S)-C-(2-(thymin-1-yl)ethyl)thymidine
  作者：Charlotte Andersen、Pawan K. Sharma、Mikkel S. Christensen、Signe I. Steffansen、Charlotte M. Madsen、Poul Nielsen

  DOI：10.1039/b810930c

  日期：——

  Oligodeoxynucleotides containing the double-headed nucleoside 5'(S)-C-(2-(thymin-1-yl)ethyl)thymidine were prepared by standard solid phase synthesis. The synthetic building block for incorporating the double-headed moiety was prepared from thymidine, which was stereoselectively converted to a protected 5'(S)-C-hydroxyethyl derivative and used to alkylate the additional thymine by a Mitsunobu reaction

  通过标准固相合成制备含有双头核苷5'（S）-C-（2-（胸苷-1-基）乙基）胸苷的寡脱氧核苷酸。由胸苷制备用于掺入双头部分的合成结构单元，将其立体选择性地转化为受保护的5'（S）-C-羟乙基衍生物，并通过Mitsunobu反应将其用于附加的胸腺嘧啶的烷基化。在不同的核酸二级结构中研究了寡脱氧核苷酸：双链体，凸出的双链体，三向连接和人工DNA拉链基序。研究了这些复合物的热稳定性，证明了将一个双头核苷部分掺入双链体或凸起的双链体中几乎均匀的热损失，可与先前报道的双头核苷5'的作用相媲美。（S）-C-（胸腺嘧啶-1-基）甲基胸苷。当掺入DNA或RNA三向连接时，附加碱基仅显示出很小的作用。各种DNA拉链排列表明，将连接子从亚甲基延伸至乙烯几乎完全消除了在（-3）拉链中观察到的亚甲基连接子的选择性小沟碱基-碱基堆积相互作用，而观察到的相互作用虽然稍小，但仍能观察到。 （-4）-拉链图案中的乙烯接头。