4-[3,6-bis-(3-pyrrolidin-1-yl-propionylamino)-acridin-9-ylamino]-benzoic acid | 1109292-68-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 喹啉及其衍生物
• 英文名称: 4-[3,6-bis-(3-pyrrolidin-1-yl-propionylamino)-acridin-9-ylamino]-benzoic acid
• 英文别名: 4-[[3,6-Bis(3-pyrrolidin-1-ylpropanoylamino)acridin-9-yl]amino]benzoic acid
• CAS: 1109292-68-3
• 化学式: C₃₄H₃₈N₆O₄
• 分子量: 594.714
• InChiKey: RGVKUSHIQZYSDB-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.6
• 重原子数：
  44
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.35
• 拓扑面积：
  127
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  4-[3,6-bis-(3-pyrrolidin-1-yl-propionylamino)-acridin-9-ylamino]-benzoic acid 、 苯胺 、 4-氟苯胺 、 对氨基苯磺酸 反应 96.0h， 生成 、 、 N-{9-[4'-fluorophenylamino]}-3,6-bis(3-pyrrolidinopropionamido)acridine
  参考文献：
  名称：

  9-氨基A啶在水中进行可逆的胺交换反应：对它们体内作用机理的影响

  摘要：

  9-氨基取代的cr啶在近乎生理条件下通过不稳定的半胱氨酸中间体在水中进行可逆的胺交换反应。这种热力学控制的反应可能对理解9-氨基ac啶在体内的作用方式以及未来基于该支架的药物设计有影响。

  DOI：

  10.1021/ol9019925
• 作为产物：
  描述：

  对氨基苯甲酸 、 N-[9-chloro-6-(3-pyrrolidin-1-yl-propionylamino)-acridin-3-yl]-3-pyrrolidin-1-yl-propionoamide 以 氯仿 为溶剂， 以18%的产率得到4-[3,6-bis-(3-pyrrolidin-1-yl-propionylamino)-acridin-9-ylamino]-benzoic acid
  参考文献：
  名称：

  Recognition and discrimination of DNA quadruplexes by acridine-peptide conjugates

  摘要：

  我们研究了一系列三取代吖啶肽共轭物，以了解它们识别和区分来自人类端粒、c-kit 和 N-ras 原癌基因的 DNA 四联体的能力。随着肽序列的变化、吖啶上的替代位置以及 C 端（酸或酰胺）的特性的变化，四链亲和力也随之变化。表面等离子共振测量显示，所有化合物与人类端粒四联体的结合亲和力都在亚微摩级以下。分子建模研究中的对接计算用于模拟取代基方向和肽序列的影响。建模和实验结果一致表明，将肽置于吖啶面上不利于结合亲和力。能够与吖啶和肽分子同时形成接触的化合物对 N-ras 四联体的选择性最高。结合效果最好的配体显示出 1-5 nM 范围内的四重亲和力，而且所研究的四重之间至少有 10 倍的区分度。

  DOI：

  10.1039/b814682a

文献信息

• 9-Amino Acridines Undergo Reversible Amine Exchange Reactions in Water: Implications on Their Mechanism of Action in Vivo
  作者：Alexis Paul、Sylvain Ladame

  DOI：10.1021/ol9019925

  日期：2009.11.5

  9-Amino substituted acridines undergo a reversible amine exchange reaction in water under near-physiological conditions via an unstable hemiaminal intermediate. This thermodynamically controlled reaction may have implications in understanding the mode of action of 9-aminoacridines in vivo and in the future design of drugs based on this scaffold.

  9-氨基取代的cr啶在近乎生理条件下通过不稳定的半胱氨酸中间体在水中进行可逆的胺交换反应。这种热力学控制的反应可能对理解9-氨基ac啶在体内的作用方式以及未来基于该支架的药物设计有影响。
• Recognition and discrimination of DNA quadruplexes by acridine-peptide conjugates
  作者：James E. Redman、J. M. Granadino-Roldán、James A. Schouten、Sylvain Ladame、Anthony P. Reszka、Stephen Neidle、Shankar Balasubramanian

  DOI：10.1039/b814682a

  日期：——

  We have explored a series of trisubstituted acridine-peptide conjugates for their ability to recognize and discriminate between DNA quadruplexes derived from the human telomere, and the c-kit and N-ras proto-oncogenes. Quadruplex affinity was measured as the peptide sequences were varied, together with their substitution position on the acridine, and the identity of the C-terminus (acid or amide). Surface plasmon resonance measurements revealed that all compounds bound to the human telomeric quadruplex with sub-micromolar affinity. Docking calculations from molecular modelling studies were used to model the effects of substituent orientation and peptide sequence. Modelling and experiment were in agreement that placement of the peptide over the face of the acridine is detrimental to binding affinity. The highest degrees of selectivity were observed towards the N-ras quadruplex by compounds capable of forming simultaneous contacts with their acridine and peptide moieties. The ligands that bound best displayed quadruplex affinities in the 1–5 nM range and at least 10-fold discrimination between the quadruplexes studied.

  我们研究了一系列三取代吖啶肽共轭物，以了解它们识别和区分来自人类端粒、c-kit 和 N-ras 原癌基因的 DNA 四联体的能力。随着肽序列的变化、吖啶上的替代位置以及 C 端（酸或酰胺）的特性的变化，四链亲和力也随之变化。表面等离子共振测量显示，所有化合物与人类端粒四联体的结合亲和力都在亚微摩级以下。分子建模研究中的对接计算用于模拟取代基方向和肽序列的影响。建模和实验结果一致表明，将肽置于吖啶面上不利于结合亲和力。能够与吖啶和肽分子同时形成接触的化合物对 N-ras 四联体的选择性最高。结合效果最好的配体显示出 1-5 nM 范围内的四重亲和力，而且所研究的四重之间至少有 10 倍的区分度。