噬菌体辅助活性位点定向
配体进化 (PADLE) 是一项最近开发的技术,它使用琥珀密码子编码的非规范
氨基酸 (nc
AA) 作为锚点,将噬菌体展示的肽引导至靶标,以增强
配体识别过程。 2-Amino-8-oxodecanoic Acid (Aoda) 是大环肽
天然产物 apicidin 中的一种含酮 nc
AA 残基,是 Zn 2+依赖性组蛋白脱乙酰酶 (H
DAC) 的泛
抑制剂。它的酮作为锚定点来协调 H
DAC 中的催化
锌离子。使用先前进化的N 𝜀 -乙酰基-赖
氨酰-tRNA 合成酶与 tRNA Pyl组合,我们证明 Aoda 通过琥珀抑制有效地整合到大肠杆菌中的蛋白质中。通过在编码 Aoda的大肠杆菌中繁殖琥珀密码子专性噬菌粒文库,我们生成了包含 Aoda 的噬菌体展示肽文库。使用该文库针对 H
DAC8 进行 PADLE,揭示了 7 聚体肽 GH8P01F1,其 Aoda 侧翼
氨基酸残基与已识别的