Small molecule peptidomimetic trypsin inhibitors: validation of an EKO binding mode, but with a twist
作者:Rui-Liang Lyu、Shaon Joy、Charles Packianathan、Arthur Laganowsky、Kevin Burgess
DOI:10.1039/d1ob02127c
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of naturally-occurring trypsin inhibitor proteins, led to identification of a set of three residues (which we call the “interface triplet”) to be determinant of trypsin binding affinity, hence excellent templates for small molecule mimicry. Consequently, we attempted to use the Exploring Key Orientation (EKO) strategy developed in our lab to evaluate small molecules that mimic the interface triplet
对一系列天然存在的胰蛋白酶抑制剂蛋白的检查,鉴定出一组三个残基(我们称之为“界面三联体”),它们是胰蛋白酶结合亲和力的决定因素,因此是小分子模拟的极好模板。因此,我们尝试使用我们实验室开发的探索关键方向(EKO)策略来评估模拟天然胰蛋白酶抑制剂的界面三联体区域的小分子,因此可能结合并抑制胰蛋白酶的催化活性。双三唑支架(“TT-mer”)是计算机评估的最有前途的分子。合成了 12 种此类化合物并针对胰蛋白酶进行了检测,其中最好的化合物的Kd为 2.1 μM。 X 射线晶体学揭示了示例性 TT-mer 的实际结合模式与覆盖晶体结构中界面三重态的模拟物的结合模式之间的高度匹配。第三条侧链偏离 PPI 结构似乎是由于小分子实际结合构象中不利的偶极-偶极相互作用的减轻。