像Bcl-2家族蛋白一样,抗凋亡蛋白是重要的治疗癌症药物靶标。它们的活性通过促凋亡蛋白对应物的相互作用被中和来协调,导致癌细胞永生。因此,产生靶向这些蛋白质的化合物具有巨大的治疗重要性。本文中,进行了诱导拟合对接(IFD)和分子动力学(MD)模拟,以合理设计结合在Bcl-xL蛋白
BH3位点的
槲皮素类似物。IFD计算确定了它们的结合腔,而分子力学泊松玻尔兹曼表面积(MM-P
BSA)和分子力学广义生表面积(MM-G
BSA)计算提供了类似物结合焓的见解。合成
槲皮素类似物,并通过荧光光谱法验证其与Bcl-xL的结合。通过等温滴定量热法测定Bcl-xL与
槲皮素-谷
氨酸之间的结合亲和力和热力学参数。使用2D 1H-15N HSQC NMR
化学位移扰动图来绘制Bcl-xL中
槲皮素类似物的结合位点,该结合位点与通过IFD和MD计算生成的预测姿势重叠。此外,对四种针对前列腺DU-145和PC-3癌
细胞系的结