5-azido-shikimate | 135292-62-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: 5-azido-shikimate
• 英文别名: methyl (3R,4S,5R)-5-azido-3,4-dihydroxycyclohex-1-ene-1-carboxylate
• CAS: 135292-62-5
• 化学式: C₈H₁₁N₃O₄
• 分子量: 213.193
• InChiKey: PXMXOMRLXBUEEP-QYNIQEEDSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.11
• 重原子数：
  15.0
• 可旋转键数：
  2.0
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.62
• 拓扑面积：
  115.52
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  5.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-azido-shikimate 在 氢氧化钾 、 水 、 氢气 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙醇 为溶剂， 生成 5-deoxy-5-amino-shikimic acid
  参考文献：
  名称：

  两种新型EPSP合酶抑制剂的合成与评价

  摘要：

  EPSP合酶EPSPS（EC 2.5.1.19）催化烯醇丙酮酸部分从磷酸烯醇丙酮酸（，PEP）区域特异性地转移到sh草酸酯3-磷酸​​酯（，S3P）的5-OH形成5-烯醇-磷酸丙酮酰草酸酯3-磷酸酯（，EPSP）。制备了两种新的抑制剂（和）来探测S3P结合位点。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(00)78792-2
• 作为产物：
  描述：

  莽草酸 在 sodium azide 、 氯化铵 、 三苯基膦 、 偶氮二甲酸二乙酯 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 水 为溶剂， 生成 5-azido-shikimate
  参考文献：
  名称：

  两种新型EPSP合酶抑制剂的合成与评价

  摘要：

  EPSP合酶EPSPS（EC 2.5.1.19）催化烯醇丙酮酸部分从磷酸烯醇丙酮酸（，PEP）区域特异性地转移到sh草酸酯3-磷酸​​酯（，S3P）的5-OH形成5-烯醇-磷酸丙酮酰草酸酯3-磷酸酯（，EPSP）。制备了两种新的抑制剂（和）来探测S3P结合位点。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(00)78792-2

文献信息

• Freezing the Dynamic Gap for Selectivity: Motion-Based Design of Inhibitors of the Shikimate Kinase Enzyme
  作者：Verónica Prado、Emilio Lence、Paul Thompson、Alastair R. Hawkins、Concepción González-Bello

  DOI：10.1002/chem.201602923

  日期：2016.12.12

  explored for inhibition selectivity. The results of the biochemical and computational studies reveal that the incorporation of bulky groups at position C5 of 5‐aminoshikimic acid and the natural substrate enhances the selectivity for the H. pylori enzyme due to key motion differences in the shikimic acid binding domain (mainly helix α5). These studies show that the less‐exploited motion‐based design approach

  Shikimate激酶（SK）是芳香族氨基酸生物合成的第五种酶，是公认的抗生素药物开发目标。通过分子动力学模拟观察发现了独特的动态非极性间隙的潜力，该间隙将天然底物与溶剂环境隔离开来进行催化，并且通过分子动力学模拟观察到了结核分枝杆菌和幽门螺杆菌SK酶的运动。生化和计算研究的结果表明，在5-氨基amino草酸的C5位上掺入大体积基团和天然底物可增强对幽门螺杆菌的选择性。the草酸结合域（主要是螺旋α5）中的关键运动差异引起的酶。这些研究表明，利用较少的基于运动的设计方法不仅是开发竞争性抑制剂的替代策略，而且还可能是针对其同系物中的一种特定酶实现选择性的方法。
• Targeting the Motion of Shikimate Kinase: Development of Competitive Inhibitors that Stabilize an Inactive Open Conformation of the Enzyme
  作者：Verónica Prado、Emilio Lence、María Maneiro、Juan C. Vázquez-Ucha、Alejandro Beceiro、Paul Thompson、Alastair R. Hawkins、Concepción González-Bello

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.6b00483

  日期：2016.6.9

  The large conformational changes observed by Molecular Dynamics simulation studies on the product release in the LID and shikimic acid binding (SB) domains of the shikimate kinase (SK) enzyme have been exploited in the development of reversible competitive inhibitors against SK from Mycobacterium tuberculosis and Helicobacter pylori. This enzyme is a recognized target for antibiotic drug discovery. The reported C5-substituted shikimic acid analogues interact with the dynamic apolar pocket that surrounds the C4 and C5 hydroxyl groups of the natural substrate, cause the opening of the LID and SB domains, and capture the essential arginine far from the ATP binding site as required for catalysis. The 3-nitrobenzyl 3e and 5-benzothiophenyl derivatives 3i proved to be the most potent inhibitors. An ester prodrug of 3i was the most efficient derivative in achieving good in vitro activity against H. pylori, having a MIC value of 4 mu g/mL.