methyl 2-bromo-1-[(dimethylamino)sulfonyl]-6-nitro-1H-benzimidazole-5-carboxylate | 1001242-31-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: methyl 2-bromo-1-[(dimethylamino)sulfonyl]-6-nitro-1H-benzimidazole-5-carboxylate
• 英文别名: Methyl 2-bromo-1-(dimethylsulfamoyl)-6-nitrobenzimidazole-5-carboxylate
• CAS: 1001242-31-4
• 化学式: C₁₁H₁₁BrN₄O₆S
• 分子量: 407.202
• InChiKey: SPRKYDSCGKICJA-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.7
• 重原子数：
  23
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.27
• 拓扑面积：
  136
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  methyl 2-bromo-1-[(dimethylamino)sulfonyl]-6-nitro-1H-benzimidazole-5-carboxylate 在 溶剂黄146 、 锌 作用下， 以 水 、 乙酸乙酯 为溶剂， 生成 methyl 6-amino-1-(N,N-dimethylsulfamoyl)-2-[(2-phenylethyl)amino]-1H-benzimidazole-5-carboxylate
  参考文献：
  名称：

  从运动型发酵单胞菌tRNA-鸟嘌呤转糖基化酶的配体从林-苯鸟嘌呤到林-苯氧杂嘌呤：通过导入水团簇代替蛋白质-配体氢键

  摘要：

  食源性志贺菌病是由分泌高细胞毒性志贺毒素的志贺氏菌引起的，志贺菌毒素也由密切相关的肠出血性大肠杆菌（EHEC）形成。研究表明，tRNA-鸟嘌呤转糖基酶（TGT）对于弗氏志贺氏菌的致病性至关重要。这里，在一个鸟嘌呤结合口袋的分子识别性能运动发酵单胞TGT与一系列调查林-benzohypoxanthine-和林基于-benzoguanine-抑制剂带有取代基占据任一核糖-33或核糖-34的口袋。这三种抑制剂支架的不同之处在于C（6）处的取代基为H，NH2或NH烷基。这些差异导致抑制常数，p K a值和结合模式发生重大变化。相较于林-benzoguanines，用环外NH 2在C（6）中，林-benzohypoxanthines无环外NH 2基团具有亲和力较弱几个离子蛋白质-配体的氢键都将丢失。X射线共晶体结构分析表明，由于缺少NH 2基团和催化Asp102侧链的构象转移，新的水簇被引入到空缺

  DOI：

  10.1002/chem.201200809
• 作为产物：
  描述：

  methyl 1-[(dimethylamino)sulfonyl]-6-nitro-1H-benzimidazole-5-carboxylate 、 四溴化碳 在 lithium hexamethyldisilazane 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 1.0h， 以60%的产率得到methyl 2-bromo-1-[(dimethylamino)sulfonyl]-6-nitro-1H-benzimidazole-5-carboxylate
  参考文献：
  名称：

  tRNA-鸟嘌呤转糖基酶的强效抑制剂，一种与志贺氏菌的致病性有关的酶：电荷辅助氢键。

  摘要：

  DOI：

  10.1002/anie.200702961

文献信息

• Occupying a flat subpocket in a tRNA-modifying enzyme with ordered or disordered side chains: Favorable or unfavorable for binding?
  作者：Manuel Neeb、Christoph Hohn、Frederik Rainer Ehrmann、Adrian Härtsch、Andreas Heine、François Diederich、Gerhard Klebe

  DOI：10.1016/j.bmc.2016.07.053

  日期：2016.10

  series of congeneric ligands inhibiting the tRNA-modifying enzyme TGT. Attached to the parent lin-benzoguanine scaffold, substituents in position 2 accommodate in a flat solvent-exposed pocket and exhibit varying degree of residual mobility. This is indicated in the crystal structures by enhanced B-factors, reduced occupancies, or distributions over split conformers. MD simulations of the complexes suggest

  就其结合性能而言，通常认为具有部分无序或增强的残留迁移率的小分子配体是不利的。考虑到热力学，无序或残余迁移率在熵上是有利的，并有助于吉布斯结合能。在本研究中，我们分析了一系列抑制tRNA修饰酶TGT的同类配体。附在亲林-苯并鸟嘌呤支架，位置2的取代基容纳在暴露于溶剂的平坦袋中，并显示出不同程度的残留迁移率。这在晶体结构中通过增强的B因子，减少的占有率或在分裂构象异构体上的分布来表明。配合物的MD模拟表明，在几个构象族上的散射更大。末端酸性基团的引入通过盐桥将取代基固定至Arg残基。总的来说，所有取代的衍生物都显示出相同的亲和力，即顺序和无序性都不是结合亲和力的决定性因素。额外的盐桥保持强烈的溶剂接触，因此不会增加亲和力。医师建议这种接触是暂时性的。