2-amino-9-((2R,3R,4R,5R)-3,4-bis((trimethylsilyl)oxy)-5-(((trimethylsilyl)oxy)methyl)tetrahydrofuran-2-yl)-9H-purin-6-ol | 53274-35-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷
• 英文名称: 2-amino-9-((2R,3R,4R,5R)-3,4-bis((trimethylsilyl)oxy)-5-(((trimethylsilyl)oxy)methyl)tetrahydrofuran-2-yl)-9H-purin-6-ol
• CAS: 53274-35-4
• 化学式: C₁₉H₃₇N₅O₅Si₃
• 分子量: 499.79
• InChiKey: CYHIFAKEBYOZJD-SCFUHWHPSA-N

物化性质

• 密度：
  1.22±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.89
• 重原子数：
  32.0
• 可旋转键数：
  8.0
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.74
• 拓扑面积：
  126.51
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  9.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-amino-9-((2R,3R,4R,5R)-3,4-bis((trimethylsilyl)oxy)-5-(((trimethylsilyl)oxy)methyl)tetrahydrofuran-2-yl)-9H-purin-6-ol 、 甲氧基苯甲酰氯 在 吡啶 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 生成 N-(9-((2R,3R,4R,5R)-3,4-bis(trimethylsilyloxy)-5-((trimethylsilyloxy)methyl)tetrahydrofuran-2-yl)-6-hydroxy-9H-purin-2-yl)-2-methoxybenzamide
  参考文献：
  名称：

  MODULATION OF CHEMOSENSORY RECEPTORS AND LIGANDS ASSOCIATED THEREWITH

  摘要：

  本发明提供了筛选方法，用于识别化学感受受体及其配体的调节剂，例如，通过确定测试实体是否适合与化学感受受体的捕蝇草结构域内的一个或多个相互作用位点发生相互作用，以及能够调节化学感受受体及其配体的调节剂。

  公开号：

  US20080306076A1
• 作为产物：
  描述：

  三甲基氯硅烷 、 鸟苷 在 吡啶 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 4.0h， 生成 2-amino-9-((2R,3R,4R,5R)-3,4-bis((trimethylsilyl)oxy)-5-(((trimethylsilyl)oxy)methyl)tetrahydrofuran-2-yl)-9H-purin-6-ol
  参考文献：
  名称：

  MODULATION OF CHEMOSENSORY RECEPTORS AND LIGANDS ASSOCIATED THEREWITH

  摘要：

  本发明提供了筛选方法，用于识别化学感受受体及其配体的调节剂，例如，通过确定测试实体是否适合与化学感受受体的捕蝇草结构域内的一个或多个相互作用位点发生相互作用，以及能够调节化学感受受体及其配体的调节剂。

  公开号：

  US20080306076A1

文献信息

• The use of labile base protecting groups in oligoribonucleotide synthesis
  作者：Carole Chaix、Didier Molko、Robert Téoule

  DOI：10.1016/s0040-4039(01)80326-9

  日期：——

  The use of phenoxyacetyl group for the protection of the exocyclic amino function of purine bases and acetyl group for cytosine in oligonucleotide synthesis by the cyanoethylphosphoramidite approach is described. A side reaction - i.e. partial replacement of phenoxyacetyl group of protected guanines by acetyl group - was observed during the capping step. It can be avoided by the use of phenoxyacetic

  描述了在通过氰基乙基亚磷酰胺方法合成寡核苷酸中，苯氧基乙酰基用于保护嘌呤碱基的环外氨基官能团和乙酰基用于胞嘧啶。在加盖步骤中观察到了副反应，即被保护的鸟嘌呤的苯氧基乙酰基部分被乙酰基部分取代。可以通过使用苯氧乙酸酐代替乙酸酐来避免这种情况。
• Nucleotides, Part LXVII, The 2-Cyanoethyl and (2-Cyanoethoxy)carbonyl Group for Base Protection in Nucleoside and Nucleotide Chemistry
  作者：Claudia Merk、Tilman Reiner、Evgeny Kvasyuk、Wolfgang Pfleiderer

  DOI：10.1002/1522-2675(20001220)83:12<3198::aid-hlca3198>3.0.co;2-q

  日期：2000.12.20

  The amino functions of the common 2′-deoxyribo- and ribonucleosides were blocked by the (2-cyanoethoxy)carbonyl group on treatment with 2-cyanoethyl carbonochloridate (5) or 1-[(2-cyanoethoxy)carbonyl]-3-methyl-1H-imidazolium chloride (6) leading to 7, 18, 8, 19, 9, and 20. In 2′-deoxyguanosine, the amide group was additionally blocked at the O6 position by the 2-cyanoethyl (27) and 2-(4-nitrophenyl)ethyl

  在用 2-氰基乙基碳氯酸酯 (5) 或 1-[(2-氰基乙氧基)羰基]-3-甲基-处理时，常见的 2'-脱氧核糖和核糖核苷的氨基官能团被 (2-氰基乙氧基)羰基封闭。 1H-咪唑氯化物 (6) 产生 7, 18, 8, 19, 9 和 20。在 2'-脱氧鸟苷中，酰胺基团在 O6 位被 2-氰乙基 (27) 和 2-( 4-硝基苯基)乙基(31, 32)。关于通过 β-消除裂解 ce/ceoc 和 npe/npeoc 基团的比较动力学研究揭示了有关核碱基不同位点的各种封闭基团的容易性和顺序脱保护的有价值的信息。
• Membrane-Permeable Octanoyloxybenzyl-Masked cNMPs As Novel Tools for Non-Invasive Cell Assays
  作者：Alexandra Ruthenbeck、Elisa Marangoni、Björn-Ph. Diercks、Aileen Krüger、Alexander Froese、Nadja Bork、Viacheslav Nikolaev、Andreas Guse、Chris Meier

  DOI：10.3390/molecules23112960

  日期：——

  Adenine nucleotide (AN) 2nd messengers, such as 3′,5′-cyclic adenosine monophosphate (cAMP), are central elements of intracellular signaling, but many details of their underlying processes remain elusive. Like all nucleotides, cyclic nucleotide monophosphates (cNMPs) are net-negatively charged at physiologic pH which limits their applicability in cell-based settings. Thus, many cellular assays rely on sophisticated techniques like microinjection or electroporation. This setup is not feasible for medium- to high-throughput formats, and the mechanic stress that cells are exposed to raises the probability of interfering artefacts or false-positives. Here, we present a short and flexible chemical route yielding membrane-permeable, bio-reversibly masked cNMPs for which we employed the octanoyloxybenzyl (OB) group. We further show hydrolysis studies on chemical stability and enzymatic activation, and present results of real-time assays, where we used cAMP and Ca2+ live cell imaging to demonstrate high permeability and prompt intracellular conversion of some selected masked cNMPs. Based on these results, our novel OB-masked cNMPs constitute valuable precursor-tools for non-invasive studies on intracellular signaling.

  腺嘌呤核苷酸（AN）第二信使，如3′,5′-环腺苷单磷酸（cAMP），是细胞内信号传导的中心元素，但其潜在过程的许多细节仍然不明确。像所有核苷酸一样，环核苷酸单磷酸（cNMPs）在生理pH下是净负电荷，这限制了它们在基于细胞的设置中的适用性。因此，许多细胞分析依赖于微注射或电穿孔等复杂技术。这种设置对于中高通量格式来说是不可行的，而细胞所受的机械应力增加了干扰性伪迹或假阳性的可能性。在这里，我们提出了一种简短灵活的化学途径，产生了可渗透膜、可生物逆转掩蔽的cNMPs，我们采用了辛酰氧基苯基（OB）基团。我们进一步展示了化学稳定性和酶促活化的水解研究，并呈现了实时分析结果，我们使用cAMP和Ca2+活细胞成像来展示一些选定掩蔽cNMPs的高渗透性和迅速的细胞内转化。基于这些结果，我们的新型OB掩蔽cNMPs构成了用于细胞内信号研究的有价值的前体工具。
• A Regioselective Synthesis of Alkyl 2-(Guanin-9-yl)acetates as PNA Building Blocks from 7-(4-Nitrobenzyl)guanine Derivatives
  作者：Györgyi Ferenc、Péter Forgó、Zoltán Kele、Lajos Kovács

  DOI：10.1135/cccc20050085

  日期：——

  Guanine derivatives substituted at N⁷ with 4-R-benzyl groups (R = H, MeO, NO₂) have been evaluated in the regioselective N⁹-alkylation of guanine. Given the capricious removal of (substituted) benzyl groups from guanine derivatives and pent-4-enoylation of guaninium hydrochloride, an improved alternative approach has been elaborated consisting in the pent-4-enoylation and per-O-acetylation of guanosine (8), 4-nitrobenzylation at N⁷ followed by N-glycoside hydrolysis (10), N⁹-alkylation (13) and deprotection with sodium dithionite to afford the peptide nucleic acid building block tert-butyl [N²-(pent-4-enoyl)guanin-9-yl]- acetate (15) in 36% overall yield. This avoids N⁷ regioisomer formation, solubility problems and any chromatographic purification. A remarkable influence of the O- and/or N²-acyl groups on the stability of N-glycosidic bond and reactivity of 2-amino group was observed. The structure of a pyrimidine by-product 12 arising from the imidazole ring-opening of guaninium salt 4d in alkaline medium has been elucidated by 2D NMR.

  鸟嘌呤衍生物在N7位置被4-R-苄基基团（R = H，MeO，NO2）取代，已在鸟嘌呤的N9-烷基化中进行评估。鉴于从鸟嘌呤衍生物中（取代的）苄基基团的善变去除和鸟嘌呤盐酸盐的pent-4-烯酰化，已制定了一种改进的替代方法，包括pent-4-烯酰化和guanosine的per-O-乙酰化（8），N7位置的4-硝基苄基化，后接N-糖苷水解（10），N9-烷基化（13）和用亚硫酸钠去保护以得到肽核酸构建块tert-丁基[N2-(pent-4-烯酰)鸟嘌呤-9-基]-乙酸酯（15），总收率为36%。这避免了N7位置异构体的形成，溶解度问题和任何色谱纯化。观察到O-和/或N2-酰基对N-糖苷键的稳定性和2-氨基基团的反应性具有显著影响。通过2D NMR阐明了在碱性介质中由鸟嘌呤盐4d的咪唑环开环产生的嘧啶副产物12的结构。
• Exploring specificity of glycosyltransferases: synthesis of new sugar nucleotide related molecules as putative donor substrates
  作者：Amira Khaled、Olga Piotrowska、Katarzyna Dominiak、Claudine Augé

  DOI：10.1016/j.carres.2007.11.009

  日期：2008.2

  with an IC50 value of 7 mM. In the second approach, we prepared sugar nucleotide mimics having the diphosphate bridge replaced by the oxycarbonylaminosulfonyl linker. The surrogate of GDP-Fuc was synthesized as a 9:1 alpha/beta anomeric mixture, in 40% yield, starting from chlorosulfonyl isocyanate, perbenzylated l-fucopyranose, and a guanosine derivative, protected on the exocyclic amine and secondary

  我们研究了糖基转移酶在两个互补方向上对供体底物的特异性。首先，我们准备了简单的N-乙酰基-α-D-氨基葡萄糖1-二磷酸酯：甲基-（2-乙酰氨基-2-脱氧-α-D-吡喃葡萄糖基）-二磷酸酯，苄基-（2-乙酰氨基-2-脱氧-α-磷酸酯D-吡喃葡萄糖基）-二磷酸酯，4-苯基丁基-（2-乙酰氨基-2-脱氧-α-D-吡喃葡萄糖基）-二磷酸酯，通过将相应的活化烷基磷酸酯与N-乙酰基-α-D-葡糖胺1-偶联磷酸盐。在脑膜炎奈瑟氏菌N-乙酰氨基葡萄糖氨基转移酶（LgtA）催化的反应中，作为N-乙酰氨基葡萄糖的供体，测试了这些二磷酸以及2-乙酰氨基-2-脱氧-α-D-吡喃葡萄糖1-二磷酸的活性。评估为抑制剂，只有2-乙酰氨基-2-脱氧-α-D-吡喃葡萄糖1-二磷酸酯显示出一定的抑制活性，IC50值为7 mM。在第二种方法中，我们准备了糖核苷酸模拟物，其二磷酸桥被氧羰基氨基磺酰基接头取代。GDP-Fuc的替代