1-(3-O-tert-butyldimethylsilyl-2,5-dideoxy-β-D-glycero-pent-4-enofuranosyl)thymine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 1-(3-O-tert-butyldimethylsilyl-2,5-dideoxy-β-D-glycero-pent-4-enofuranosyl)thymine
• 英文别名: 1-[(2R,4S)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-methylideneoxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• 化学式: C₁₆H₂₆N₂O₄Si
• 分子量: 338.479
• InChiKey: ZIESHTXGCMQNHU-QWHCGFSZSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.67
• 重原子数：
  23
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.62
• 拓扑面积：
  67.9
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-(3-O-tert-butyldimethylsilyl-2,5-dideoxy-β-D-glycero-pent-4-enofuranosyl)thymine 在 N-碘代丁二酰亚胺 、 sodium azide 作用下， 以 二氯甲烷 、 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 72.0h， 生成 methyl (3-O-tert-butyldimethylsilyl-5-iodo-1-thymin-1-yl-1,2,5-trideoxy-β-D-erythro-pentofuranos-4-yloxy)methylphosphonate
  参考文献：
  名称：

  亲电试剂促进羟甲基膦酸酯加成到4'，5'-didehydronucleosides：一种新的5'-核苷酸的等构类似物的方法

  摘要：

  亲电子促进的将二烷基羟甲基膦酸酯加到受保护的4'，5'-didehydronucleosides上，生成2'，5'-dideoxynucleosides的4'-di烷基膦酰基甲氧基衍生物的差向异构体混合物，这是2'-deoxynucleoside 5'-monophosphates的新类似物。在与4'，5'-二氢胸苷的加成反应中评估了几种类型的亲电试剂（甲苯磺酸吡啶鎓，NIS，NBS，MCPBA等）。从中发现，甲苯磺酸吡啶鎓在这些转化中具有实际用途。它的使用导致了一系列常见2'-脱氧核苷的4'-膦酰基甲氧基衍生物的制备。在生物学筛选中，这些游离膦酸没有发挥明显的细胞抑制或抗病毒活性。

  DOI：

  10.1016/j.tet.2007.03.059
• 作为产物：
  描述：

  beta-胸苷 在 吡啶 、 咪唑 、 碘 、 sodium methylate 、 三苯基膦 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 甲醇 为溶剂， 反应 23.0h， 生成 1-(3-O-tert-butyldimethylsilyl-2,5-dideoxy-β-D-glycero-pent-4-enofuranosyl)thymine
  参考文献：
  名称：

  4′-Alkoxy oligodeoxynucleotides: a novel class of RNA mimics

  摘要：

  为了研究 C4²-烷氧基对杂化的影响，我们制备了 4â²-烷氧基寡胸苷酸酯作为模型化合物。研究发现，与天然寡胸苷酸酯相比，含有 4â²-甲氧基或 4â²-（2-甲氧基乙氧基）基团的磷酸二酯均寡聚体（15 个单位长）与 dA15 和 rA15 互补对应物的杂交作用增强。此外，我们还发现它们的杂交行为与 2â²-O-甲基-低聚胸苷酸的 Regioisomeric 相似。我们使用紫外光谱和聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）对形成的复合物（双链和三链）进行了研究。使用 NMR 和 MDS 对杂交行为的结构背景进行了研究。4'²-烷氧基醇基胸苷酸酯良好的杂交特性表明，4'²-烷氧基修饰的核苷酸是组装具有可调特性的嵌合寡核苷酸的理想化合物。

  DOI：

  10.1039/c1ob06148h

文献信息

• Anti-viral nucleoside analogs and methods for treating viral infections, especially HIV infections
  申请人：Cheng Yung-chi

  公开号：US09126971B2

  公开（公告）日：2015-09-08

  The present invention relates to novel compounds according to the general formulas I, II, III, IV or V: wherein B is nucleoside base according to the structure: and the remaining variables as defined in the specification, and pharmaceutical compositions comprising the compounds. The compounds are useful interalia as anti-viral agents in viral therapy.

  本发明涉及根据一般式I、II、III、IV或V的新化合物： 其中B是根据以下结构的核苷酸碱基： 以及规范中定义的其余变量，以及包含这些化合物的药物组合物。这些化合物可用作抗病毒剂，用于病毒治疗。
• Ring Opening of 4‘,5‘-Epoxynucleosides:  A Novel Stereoselective Entry to 4‘-<i>C</i>-Branched Nucleosides
  作者：Kazuhiro Haraguchi、Shingo Takeda、Hiromichi Tanaka

  DOI：10.1021/ol020259h

  日期：2003.5.1

  Stereoselective synthesis of 4'-alpha-carbon-substituted nucleosides has been accomplished through epoxidation of 4',5'-unsaturated nucleosides with dimethyldioxirane (DMDO) and successive SnCl(4)-promoted ring opening of the resulting 4',5'-epoxynucleosides with organosilicon reagents. [reaction: see text]

  立体选择性合成4'-α-碳取代的核苷已通过4'，5'-不饱和核苷与二甲基二环氧乙烷（DMDO）的环氧化和连续的SnCl（4）促进所得4'，5'-的开环而完成环氧核苷与有机硅试剂。[反应：看文字]
• 4′‐ <i>C</i> ‐Aminoethoxy‐Modified DNAs Exhibit Increased Nuclease Resistance, Sustained RNase H Activity, and Inhibition of <i>KRAS</i> Gene Expression
  作者：Yuki Katsuzaki、Ryo Tsukimura、Akash Chandela、Tokuhiro Chano、Yoshihito Ueno

  DOI：10.1002/cbdv.202200125

  日期：2022.8

  (4′-AET) modified heteroduplexes. The serum stability of AEoT-modified DNA was notably increased by several-folds compared to that of unmodified DNA. Furthermore, RNase H-dependent cleavage of the modified-DNA/RNA hybrids was found to be sustained. In addition, the modified antisense and unmodified oligonucleotides also displayed relatively comparable inhibition of the KRAS gene in human lung cancer cells

  4'- C-氨基乙氧基胸苷（AEoT）核苷亚磷酰胺的线性合成是使用脱氧胸苷作为起始材料完成的。将该类似物掺入几种寡核苷酸中，然后评估其作为反义寡核苷酸 (ASO) 的适用性。与未修饰的和 4'- C-氨基乙基胸苷 (4'-AET) 修饰的异源双链体相比，AEoT 修饰的 DNA/RNA 双链体表现出更高的热稳定性。与未修饰的 DNA 相比，AEoT 修饰的 DNA 的血清稳定性显着提高了数倍。此外，发现修饰的 DNA/RNA 杂合体的 RNase H 依赖性切割是持续的。此外，修饰的反义和未修饰的寡核苷酸也表现出相对可比的抑制人肺癌细胞中的KRAS基因。这项研究加强了我们对4'- C-氨基乙氧基修饰核苷酸作为 ASO 治疗剂的潜在应用的理解。
• Ozonolysis of 6-N-benzoyl-9-(5-deoxy-2,3-O-isopropylidene-β-D-erythro-pent-4-enofuranosyl)adenine and related compounds
  作者：Bhalchandra V. Joshi、Colin B. Reese

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)73866-4

  日期：1993.9

  The nucleoside 4',5'-olefins 3, 5, 7 and 9 are readily converted into the corresponding lactones 4, 6, 8 and 10, respectively, by ozonolysis in dichloromethane solution at -78-degrees-C.
• Photochemical Generation of C4‘-Oxidized Abasic Site Containing Oligodeoxynucleotide and Its Efficient Amine Modification
  作者：Mariko Aso、Kazuteru Usui、Mitsuhiro Fukuda、Yoshie Kakihara、Tsuyoshi Goromaru、Hiroshi Suemune

  DOI：10.1021/ol060987v

  日期：2006.7.1

  We synthesized oligodeoxynucleotide (ODN, 3), which contains 4'-o-nitrobenzyloxythymidine (4) as a caged precursor of C4'-oxidized abasic site (1). Photoirradiation of 3 at 365 nm followed by amine treatment under neutral conditions afforded the lactam (2) efficiently. Duplexed ODN 3 was converted to 1 faster and more efficiently than single stranded 3, whereas amine treatment of 1 formed from single stranded 3 resulted in slightly faster lactam formation than with the duplex.