methyl thymin-1-ylacetate | 134456-94-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: methyl thymin-1-ylacetate
• 英文别名: methyl 2-(thymin-1-yl)acetate；Methyl 2-(5-Methyl-2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidin-1-yl)acetate；methyl 2-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)acetate
• CAS: 134456-94-3
• 化学式: C₈H₁₀N₂O₄
• 分子量: 198.178
• InChiKey: FACYKZIDLVIVDV-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 熔点：
  189-190 °C
• 密度：
  1.275±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.5
• 重原子数：
  14
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  75.7
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

安全信息

• 海关编码：
  2933599090

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  methyl thymin-1-ylacetate 在 sodium hydroxide 、 tetraphosphorus decasulfide 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 6.0h， 生成 (5-Methyl-2-oxo-4-thioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-acetic acid pentafluorophenyl ester
  参考文献：
  名称：

  含有 4-Thiothymine 的肽核酸二聚体和类似物的合成和光化学行为：前所未有的 (5−4) 光加合物逆转

  摘要：

  制备了含有 4-硫胸腺嘧啶或 N3-甲基-4-硫胸腺嘧啶的 PNA 二聚体 1-5，并确定了化合物 3 的晶体结构。关于它们的光化学，这些 PNA 类似物都不能完全模拟在二核苷酸系列中观察到的光化学行为。虽然 1 和 2 显示出序列依赖的光化学，主要产生 4-(α-胸腺嘧啶) 加合物，但它们的重排异构体 3 和 4 主要产生 (5-4) 光加合物。来自 3 和 4 的光产物显示出在酸性条件下会发生自发逆转为其二胸腺嘧啶母体衍生物。此外，作为该光化学研究的结果，可以表明在溶液中，即使在二聚体阶段，PNA 采用的构象让人联想到 A 型 DNA。

  DOI：

  10.1021/ja971983b
• 作为产物：
  描述：

  溴乙酸甲酯 、 胸腺嘧啶 在 potassium carbonate 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 16.0h， 生成 methyl thymin-1-ylacetate
  参考文献：
  名称：

  与Fmoc正交的Dde保护的PNA单体，用于合成PNA-肽共轭物

  摘要：

  可以说，肽核酸已成为最有趣的DNA模拟物之一。本文报道了四种新型的1-（4,4-二甲基-2,6-二氧杂环己基）乙基/ 4-甲氧基三苯甲基（Dde / Mmt）保护的PNA单体的有效溶液相合成，然后将其用于通过温和的Dde脱保护策略，与Fmoc化学完全正交，可随意合成Fmoc肽和Dde-PNA。

  DOI：

  10.1016/j.tet.2005.06.003

文献信息

• Solution-Phase Parallel Synthesis of Acyclic Nucleoside Libraries of Purine, Pyrimidine, and Triazole Acetamides
  作者：Ashish K. Pathak、Vibha Pathak、Robert C. Reynolds

  DOI：10.1021/co500067c

  日期：2014.9.8

  produced and report herein a diverse library of 181 purine, pyrimidine, and 1,2,4-triazole-N-acetamide analogues which were prepared in a parallel high throughput solution-phase reaction format. A set of assorted amines were reacted with several nucleic acid N-acetic acids utilizing HATU as the coupling reagent to produce diverse acyclic nucleoside N-acetamide analogues. These reactions were performed

  使用高通量筛选技术，分子多样性在针对表型或基于酶的靶标的现代药物发现中起着关键作用。在美国国立卫生研究院路线图计划的试点图书馆计划的主持下，我们生产并报告了181种嘌呤，嘧啶和1,2,4-三唑-N-乙酰胺类似物的多样化文库，它们以平行的高通量制备溶液相反应形式。利用HATU作为偶联剂，将一组各种胺与几种核酸N-乙酸反应，以产生多种无环核苷N-乙酰胺类似物。这些反应是在惰性气氛下使用24孔反应块和自动试剂分配平台进行的。使用自动装载固体样品的预装柱和预装硅胶柱，在自动纯化系统上纯化目标化合物。所有化合物均通过NMR和HRMS进行表征，并通过HPLC分析纯度，然后提交至NIH的分子库小分子储存库（MLSMR）。通过分子图书馆探针生产中心网络（MLPCN）程序进行的初步筛选表明，几种类似物均表现出多样而有趣的生物学活性。
• The interplay between hydrogen bonding and π-π stacking interactions in the crystal packing of N1-thyminyl derivatives, and implications for the photo-chemical [2π + 2π]-cycloaddition of thyminyl compounds
  作者：Priscilla Johnston、Ekaterina I. Izgorodina、Kei Saito

  DOI：10.1039/c2pp25228g

  日期：2012.12

  The solid-state photo-chemical dimerisation of thyminyl derivatives occurs when two thyminyl units are aligned in such a way that the olefinic moieties are separated by a distance of less than 4.2 Å. When irradiated with >270 nm UV, the thyminyl olefinic groups undergo [2π + 2π]-cycloaddition to form a dimeric cyclobutane derivative. However, the design and execution of [2π + 2π]-cycloaddition reactions can be challenging due to the requirement to produce molecular crystals with the necessary olefinic alignment. In this investigation, the crystallographic and solid-state photo-chemical reactions of six N1-thyminyl derivatives are studied. Only one derivative, thyminyl propanamide (7), was found to undergo [2π + 2π]-cycloaddition in the crystalline state. As such, quantum chemical methods were employed to study the photo-chemical transition states of the derivatives, as well as the strengths of typical intermolecular interactions that were observed in their crystal structures (such as π–π stacking between the thyminyl rings, Watson and Crick style hydrogen bonding and hydrogen bonding between functional groups of N1 substituents). These results were used to rationalise the solid-state photo-reactivity of more complex bis-thyminyl monomers.

  固态光化学二聚反应发生在两个胸苷单元以特定方式排列，使得它们的不饱和键之间的距离小于4.2 Å时。当用波长大于270 nm的紫外线照射时，胸苷的不饱和基团会经历[2π + 2π]环加成反应，形成二聚的环丁烷衍生物。然而，设计和执行[2π + 2π]环加成反应可能具有挑战性，因为需要制备具有必要不饱和键排列的分子晶体。在本研究中，研究了六种N1-胸苷衍生物的晶体学和固态光化学反应。仅发现胸苷丙酰胺（7）在晶体状态下经历[2π + 2π]环加成反应。因此，采用了量子化学方法研究了这些衍生物的光化学过渡态，以及在它们的晶体结构中观察到的典型分子间相互作用的强度（例如胸苷环之间的π–π堆积、沃森-克里克式氢键以及N1取代基功能团之间的氢键）。这些结果被用来合理化更复杂的二胸苷单体的固态光化学反应活性。
• Microwave-promoted Facile and Efficient Preparation of N-(alkoxycarbonylmethyl) Nucleobases − Building Blocks for Peptide Nucleic Acids
  作者：Guirong Qu、Zhiguang Zhang、Haiming Guo、Mingwei Geng、Ran Xia

  DOI：10.3390/12030543

  日期：——

  A simple, rapid, and regioselective approach for the synthesis of N-(methoxy-carbonylmethyl)- and N-(n-propoxycarbonylmethyl) nucleobases was developed. By using DMF as the solvent and in the presence of K2CO3 as the base, all the desired products were obtained in moderate yields within 8 min under microwave irradiation.

  开发了一种简单，快速和区域选择性的方法，用于合成N-（甲氧基-羰基甲基）-和N-（正丙氧基羰基甲基）核碱基。通过使用DMF作为溶剂并在K2CO3作为碱的存在下，在微波辐射下，在8分钟内以中等收率获得了所有所需产物。
• The first example of a new type of acyclic, achiral nucleoside analogue: 1-[3-hydroxy-2-(hydroxymethyl)prop-1-enyl]thymine
  作者：Daniel Sejer Pedersen、Thomas Boesen、Anne B. Eldrup、Benedikte Kiær、Christian Madsen、Ulla Henriksen、Otto Dahl

  DOI：10.1039/b101759o

  日期：——

  Various preparative routes to 1-(dihydroxyalk-1-enyl)thymines, which are acyclic, achiral nucleoside analogues, have been examined, and a successful synthesis of 1-[3-hydroxy-2-(hydroxymethyl)prop-1-enyl]thymine (1, B = T) has been devised.

  已研究多种合成路线以制备1-(二羟基烯-1-基)胸苷，这是无环的、非手性的核苷类似物，并成功合成了1-[3-羟基-2-(羟甲基)丙-1-烯基]胸苷（1，B=T）。
• Synthesis of 4-Thiothymine Based Photolabels as New Tools for Nucleic Acids Structural Studies in Solution: Formation of Long-Range Photo-Cross-Links within a Hammerhead Ribozyme Domain
  作者：Carole Saintomé、Pascale Clivio、Jean-Louis Fourrey、Anne Woisard、Philippe Laugâa、Alain Favre

  DOI：10.1016/s0040-4020(00)00024-7

  日期：2000.2

  The nucleosidic photolabels 2–5, able to form long-range photo-cross-links, have been used to further investigate the tertiary folding of a hammerhead ribozyme domain. These photolabels derive from 2′-deoxyuridine which is substituted at its C-5 position with a photoactivable 4-thiothymine unit linked by a chain of various length and rigidity. Derivatives 2–5 were inserted at strategic positions of

  所述核苷photolabels 2 - 5，能够形成远距离光交联，已经使用以进一步调查锤头状核酶结构域的三级折叠。这些光标记物衍生自2'-脱氧尿苷，其在其C-5位置被可光活化的4-硫代胸腺嘧啶单元取代，该单元通过各种长度和刚性的链连接。衍生物2 - 5分别以deoxysubstrate类似物（的战略位置插入德尚锤头状核酶（的）RZ）。共价交联是通过在裂解条件下组装的Rz - dS络合物的366 nm辐照产生的。该保证金不映射涉及这些交联的残基以给出新的邻近数据集，扩展了先前通过使用2'-deoxy-4-thiouridine 1进行固有光标记获得的那些。因此，与零长交联剂1，photolabels 2 - 5显示出其严重依赖于接头的长度和柔性和其掺入的位点较高的勘探容量。有趣的是，与1相反，这些光标记物能够交联涉及双G的残基：错配以及相邻碱基对的残基。这些发现表明错配结构域在溶液中表现出意想不到的构象灵活性。