5-(2-脱氧-BETA-D-赤式-呋喃戊糖基)-1-甲基-2,4(1H,3H)-嘧啶二酮 | 65358-15-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 核苷和核苷酸类似物
• 中文名称: 5-(2-脱氧-BETA-D-赤式-呋喃戊糖基)-1-甲基-2,4(1H,3H)-嘧啶二酮
• 英文名称: Pseudothymidine
• 英文别名: N1-methyl-2'-deoxy-ψ-uridine；2'-Deoxy-1-methyl-ψ-uridine；1-methyl-2'-deoxypseudouridine；2'-deoxy-1-methylpseudouridine；5-methyl-2'-deoxypseudouridine；5-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-1-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 65358-15-8
• 化学式: C₁₀H₁₄N₂O₅
• 分子量: 242.232
• InChiKey: AMDJRICBYOAHBZ-XLPZGREQSA-N

物化性质

• 密度：
  1.452±0.06 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  二甲基亚砜：≥ 61.17 mg/mL（252.53 mM）

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.6
• 重原子数：
  17
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  99.1
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

制备方法与用途

生物活性

Pseudothymidine 是胸苷的 C-核苷类似物。

体外研究

Pseudothymidine 是胸苷的 C-核苷类似物。计算得到的 ΔΔG°/mod 为 -0.5 kcal/mol，Tm/mod 为 0.82°C。对于包含九个 dA-T/ψT 对的双链结构，Tm/mod 为 -0.9°C，ΔΔG°/mod 为 +1.1 kcal/mol。含有 12 个连续 dA-T/ψT 碱基对的双链结构，其 Tm/mod 和 ΔΔG°/mod 分别为 -0.9°C 和 +1.2 kcal/mol。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-(2-脱氧-BETA-D-赤式-呋喃戊糖基)-1-甲基-2,4(1H,3H)-嘧啶二酮 在 咪唑 、 4-二甲氨基吡啶 、 2,4,6-三异丙基苯磺酰氯 、 三乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 31.0h， 生成 2'-deoxy-3',5'-di-O-tert-butyldimethylsilyl-1-methylpseudocytidine
  参考文献：
  名称：

  使用 Pseudo-dC 衍生物选择性非天然碱基配对和识别 DNA 中的 2-Hydroxy-2'-deoxyadenosine

  摘要：

  在双链 DNA 中形成非天然碱基对将促进 DNA 纳米技术和生物技术。Iso-2'-deoxyguanosine (iso-dG) 与 iso-2'-deoxycytidine 形成碱基对，并研究了其作为非天然碱基对的用途。Iso-dG是2-羟基-2'-脱氧腺苷（2-OH-dA）的互变异构体之一，被称为氧化损伤的核碱基，其在DNA中的选择性识别在疾病的诊断和发病机制中起重要作用。因此，我们专注于拟 dC (ψdC) 作为识别 DNA 中 2-OH-dA 的合适分子。由于 2-OH-dA 在 DNA 中显示出互变异构结构，我们设计并使用了同样具有互变异构结构的 ψdC。我们成功合成了用于合成寡核苷酸 (ODN) 及其三磷酸衍生物 (ψdCTP) 的 ψdC 亚磷酰胺化合物。吨m测量表明，包括 ψdC 在内的 ODN 与具有 2-OH-dA 的 ODN 显示出稳定的碱基对形成。相反，对于其他碱基（dG、dA、dC

  DOI：

  10.1021/jacs.2c07000
• 作为产物：
  描述：

  假尿苷 生成 5-(2-脱氧-BETA-D-赤式-呋喃戊糖基)-1-甲基-2,4(1H,3H)-嘧啶二酮
  参考文献：
  名称：

  Chu,C.K. et al., Journal of Heterocyclic Chemistry, 1977, vol. 14, p. 1119 - 1121

  摘要：

  DOI：

文献信息

• Aminopyridinyl-Pseudodeoxycytidine Derivatives Selectively Stabilize Antiparallel Triplex DNA with Multiple CG Inversion Sites
  作者：Hidenori Okamura、Yosuke Taniguchi、Shigeki Sasaki

  DOI：10.1002/anie.201606136

  日期：2016.9.26

  The sequence‐specific formation of triplex DNA offers a potential basis for genome‐targeting technologies. In an antiparallel triplex DNA, the sequence‐specificity is established by the formation of specific base triplets (G−GC, A−AT, and T−AT) between a triplex‐forming oligonucleotide (TFO) and a duplex DNA. However, there are no natural nucleosides that can selectively recognize the inverted CG and

  三链体DNA的序列特异性形成为基因组靶向技术提供了潜在的基础。在反平行三链体DNA中，通过在三链体形成寡核苷酸（TFO）和双链体DNA之间形成特定的碱基三联体（G-GC，A-AT和T-AT）来建立序列特异性。但是，没有天然的核苷可以选择性识别反向的CG和TA碱基对。因此，识别CG和TA反转位点以形成稳定的三链DNA一直是三链形成技术的长期目标。现在，我们描述伪脱氧胞苷（ΨdC）衍生物的设计和合成，以选择性识别CG碱基对以扩大三链体形成序列。带有氨基吡啶的ΨdC衍生物在所有相邻碱基环境中均表现出对CG碱基对的高选择性和亲和力。值得注意的是，3-甲基-2-氨基吡啶基-pydC（我AP-ΨdC）形成有包含四个CG反转位点hTERT基因基因的启动子序列的稳定三重，并且有效地抑制其转录在人癌细胞中。因此，我AP-ΨdC有望作为形成三链体的寡核苷酸用于各种基因组靶向应用的新起点。
• Ring expanded nucleosides and nucleotides
  申请人：——

  公开号：US20040077564A1

  公开（公告）日：2004-04-22

  The present invention relates to compositions comprising analogues of purine nucleosides containing a ring-expanded (“fat”) heterocyclic ring, in place of purine, and an unmodified or modified sugar residue, pharmaceutically acceptable derivatives of such compositions, as well as methods of use thereof. In particular, these compositions may be utilized in the treatment of certain cancers, bacterial, fungal, parasitic, and viral infections, including, but not limited to, Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS), hepatitis, Epstein-Barr and cytomegalovirus.

  本发明涉及含有环扩张（“肥胖”）杂环环代替嘌呤的嘌呤核苷类似物和未经改性或改性的糖残基的组合物，以及这些组合物的药学上可接受的衍生物，以及其使用方法。特别地，这些组合物可用于治疗某些癌症、细菌、真菌、寄生虫和病毒感染，包括但不限于获得性免疫缺陷综合症（AIDS）、肝炎、EB病毒和巨细胞病毒。
• Ring-expanded nucleosides and nucleotides
  申请人：Hosmane S. Ramachandra

  公开号：US20060241065A1

  公开（公告）日：2006-10-26

  The present invention relates to compositions comprising analogues of purine nucleosides containing a ring-expanded (“fat”) heterocyclic ring, in place of purine, and an unmodified or modified sugar residue, pharmaceutically acceptable derivatives of such compositions, as well as methods of use thereof. In particular, these compositions may be utilized in the treatment of certain cancers, bacterial, fungal, parasitic, and viral infections, including, but not limited to, Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS), hepatitis, Epstein-Barr and cytomegalovirus.

  本发明涉及一种组成物，其包含嘌呤核苷类似物，其中嘌呤被扩展环（“fat”）杂环替代，并且含有未经修饰或修饰的糖残基，以及这种组成物的药学上可接受的衍生物，以及其使用方法。特别地，这些组成物可以用于治疗某些癌症、细菌、真菌、寄生虫和病毒感染，包括但不限于获得性免疫缺陷综合症（艾滋病）、肝炎、埃普斯坦-巴尔病毒和巨细胞病毒感染。
• Nucleosides. 121. Improved and general synthesis of 2'-deoxy-C-nucleosides. Synthesis of 5-(2-deoxy-.beta.-D-erythro-pentofuranosyl)uracil, -1-methyluracil, -1,3-dimethyluracil, and -isocytosine
  作者：Krzysztof Pankiewicz、Akira Matsuda、Kyoichi A. Watanabe

  DOI：10.1021/jo00342a022

  日期：1982.1
• A Practical Synthesis of<i>N</i>1-Methyl-2′-deoxy-ψ-uridine (ψ-Thymidine) and Its Incorporation into G-Rich Triple Helix Forming Oligonucleotides
  作者：Birendra K. Bhattacharya、Rodrigo V. Devivar、Ganapathi R. Revankar

  DOI：10.1080/15257779508010690

  日期：1995.8

  A convenient synthesis of N1-methyl-2'-deoxy-psi-uridine (psi-thymidine, psi T, 7a) has been accomplished in good yield. The structural conformation of 7a was derived by 2D NMR and 1D NOE experiments. The nucleoside 7a has been incorporated into G-rich tripler forming oligonucleotides (TFOs) by solid-support, phosphoramidite method. The tripler forming capabilities of the modified TFOs (S4, S5 and S6) containing psi T has been evaluated in antiparallel motif with a target duplex (duplex-31) 5'd(CTGAGACCGGGAAGGAGGAAGGGCCAGTGAC)3'-5d(GACTCTGGCCCTTCCTCCTTCCCGGTCACTG)3' (D1) at pH 7.6. The tripler formation of modified homopyrimidine-oligomers (S1, S2 and S3) has also been studied in parallel motif with a duplex-10 (A(10):T-10) at pH 7.0.