Setup and Validation of a Reliable Docking Protocol for the Development of Neuroprotective Agents by Targeting the Sigma-1 Receptor (S1R)
作者:Giacomo Rossino、Marta Rui、Luca Pozzetti、Dirk Schepmann、Bernhard Wünsch、Daniele Zampieri、Giorgia Pellavio、Umberto Laforenza、Silvia Rinaldi、Giorgio Colombo、Laura Morelli、Pasquale Linciano、Daniela Rossi、Simona Collina
DOI:10.3390/ijms21207708
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values of a test set of new aryl-aminoalkyl-ketone with experimental determined binding affinity. The druggability profile of the new compounds, with particular reference to the ability to cross the blood–brain barrier (BBB) was further predicted in silico. Moreover, the selectivity over Sigma-2 receptor (S2R) and N-methyl-d-aspartate (NMDA) receptor, another protein involved in neurodegeneration, was
Sigma-1 受体 (S1R) 是开发针对神经退行性疾病的新型有效疗法的有前途的分子靶标。为了加速新 S1R 调节剂的发现,我们在此报告了一种可靠的计算机实验方案的开发,该方案适合预测小分子对 S1R 的亲和力。通过将新芳基氨基烷基酮测试集的计算 Ki 值与实验确定的结合亲和力进行比较,验证了对接方法。通过计算机进一步预测了新化合物的成药性,特别是穿越血脑屏障(BBB)的能力。此外,还评估了对 Sigma-2 受体 (S2R) 和 N-甲基-d-天冬氨酸 (NMDA) 受体(另一种参与神经变性的蛋白质)的选择性。 1-([1,1'-联苯]-4-基)-4-(哌啶-1-基)丁-1-酮 (12) 是最佳化合物,并进一步研究其乙酰胆碱酯酶 (AchE) 抑制剂活性以及水通道蛋白(AQP)介导的抗氧化活性的测定。 12 对 S1R 和 NMDA 受体具有良好的亲和力,对 S2R 具有良好的选择性,具有良好的