VQIVYK | 329897-62-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: VQIVYK
• 英文别名: L-Valyl-L-glutaminyl-L-isoleucyl-L-valyl-L-tyrosyl-L-lysine；(2S)-6-amino-2-[[(2S)-2-[[(2S)-2-[[(2S,3S)-2-[[(2S)-5-amino-2-[[(2S)-2-amino-3-methylbutanoyl]amino]-5-oxopentanoyl]amino]-3-methylpentanoyl]amino]-3-methylbutanoyl]amino]-3-(4-hydroxyphenyl)propanoyl]amino]hexanoic acid
• CAS: 329897-62-3
• 化学式: C₃₆H₆₀N₈O₉
• 分子量: 748.921
• InChiKey: ZNMIMDOXMDWDPH-JODTYCEVSA-N

物化性质

• 沸点：
  1153.9±65.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.210±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -3.4
• 重原子数：
  53
• 可旋转键数：
  24
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.64
• 拓扑面积：
  298
• 氢给体数：
  10
• 氢受体数：
  11

制备方法与用途

PHF6(VQIVYK)是一种能够在 tau 蛋白第三微管结合重复区自组装，进而启动全长 tau 蛋白聚集的序列，并已被定位到该区域[1]。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  potassium cyanate 、 VQIVYK 以 aq. buffer 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 Cb-VQIVYK(Cb)
  参考文献：
  名称：

  氨基甲酰化促进淀粉样蛋白生成并诱导Tau核心六肽原纤维的结构变化。

  摘要：

  背景技术氨基甲酸酯化是非酶翻译后修饰（PTM），其涉及Lys的蛋白质或ε-氨基的N端的共价修饰。氨基甲酸酯化在几种与年龄有关的疾病中的作用已得到充分证明，但是，氨基甲酸酯化与包括阿尔茨海默氏病在内的神经退行性疾病之间的关系仍然未知。方法在本研究中，使用易于聚集的tau-core六肽片段306VQIVYK311（PHF6）和275VQIINK280（PHF6 *）作为模型，我们阐明了氨甲酰化对聚集动力学的影响以及原纤维3维结构中发生的变化使用生物物理分析和分子动力学模拟。结果我们发现氨基甲酸酯化有助于淀粉样蛋白的形成，并且可以将非结构化的非通路聚集体转化为对细胞有毒的健壮的淀粉样蛋白。PHF6原纤维的电子显微镜图像和分子动力学模拟表明，氨基甲酸酯化的肽可以形成过量的氢键，并调节肽原纤维的基音长度和扭曲。我们还比较了N端氨基甲酸酯化与乙酰化，并将我们的发现扩展到全长tau，即使在没有任何外部诱

  DOI：

  10.1016/j.bbagen.2018.07.030
• 作为产物：
  描述：

  Fmoc-L-缬氨酸 、 Fmoc-L-异亮氨酸 、 Fmoc-O-叔丁基-L-酪氨酸 、 N-alpha-芴甲氧羰基-N-epsilon-叔丁氧羰基-L-赖氨酸 、 Fmoc-N-三苯甲基-L-谷氨酰胺 在 17-(乙酰氧基)-3-甲氧基-20-氧代-孕甾-3,5-二烯-6-甲醛 、 N,N'-二异丙基碳二亚胺 、 哌嗪 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 0.58h， 以80%的产率得到VQIVYK
  参考文献：
  名称：

  Piperazine and DBU: a safer alternative for rapid and efficient Fmoc deprotection in solid phase peptide synthesis

  摘要：

  我们使用5%哌嗪+2% DBU展示了PolyAla合成，这显著减少了由于Fmoc去保护不完全而产生的缺失产物，并可用于无缺失组装易聚集的难合成肽。

  DOI：

  10.1039/c5ra23441g

文献信息

• Lysine ε-aminolysis and incorporation of sulfhydryl groups into human brain tau 4R/1N and 306VQIVYK311 enhances the formation of beta structures and toxicity
  作者：Farzaneh Salmani、Marjan Mohammadi、Roozbeh Seif、Seyyed Hossein Khatami、Shokoofeh Noori、Hessam Sepasi Tehrani、Gholamhossein Riazi、Saeed Balalaie、Ali Akbar Moosavi-Movahedi、Atousa Moghadam Fard、Karim Mahnam、Aliasghar Keramatinia、Abbas Tafakhori、Vajiheh Aghamollaii、Alireza Haghbin Toutounchi、Mohammad Reza Shahmohammadi、Saeed Karima

  DOI：10.1016/j.ijbiomac.2024.130223

  日期：2024.4

  unequivocally confirmed that under reducing conditions and in the presence of heparin, the modified constructs exhibited a greater propensity for aggregation. This enhanced aggregative behavior can be attributed to the disruption of lysine positive charges and the subsequent influence of hydrophobic and p-stacking intermolecular forces. Notably, the modified oligomeric species induced apoptosis in the

  在本研究中，我们研究了 N-同型半胱氨酸硫内酯 (tHcy) 修饰对表达和纯化的 tau 蛋白以及合成的 VQIVYK 靶肽的影响。使用包括质谱在内的各种方法对修改后的构建体进行了全面验证。随后，在还原和非还原条件下以及存在和不存在肝素作为辅因子的情况下进行体内、体外和计算机表征。我们的结果明确证实，在还原条件下和肝素存在下，修饰的构建体表现出更大的聚集倾向。这种增强的聚集行为可归因于赖氨酸正电荷的破坏以及疏水性和p-堆积分子间力的后续影响。值得注意的是，修饰的寡聚物种类诱导了 SH-SY5Y 细胞系的细胞凋亡，并且随着孵育时间的延长和修饰剂浓度的升高，这种效应进一步加剧。这些观察结果表明了涉及活性氧（ROS）的潜在机制。为了更深入地了解神经毒性作用的分子机制，有必要进行进一步的研究。阐明这些机制将有助于制定更有效的策略来对抗聚集和减轻神经退行性变。
• Piperazine and DBU: a safer alternative for rapid and efficient Fmoc deprotection in solid phase peptide synthesis
  作者：Krittika Ralhan、V. Guru KrishnaKumar、Sharad Gupta

  DOI：10.1039/c5ra23441g

  日期：——

  We demonstrate PolyAla synthesis using 5% piperazine + 2% DBU, which significantly reduces deletion products arising due to incomplete Fmoc-deprotection and can be used for deletion-free assembly of aggregation prone difficult peptides.

  我们使用5%哌嗪+2% DBU展示了PolyAla合成，这显著减少了由于Fmoc去保护不完全而产生的缺失产物，并可用于无缺失组装易聚集的难合成肽。
• Carbamylation promotes amyloidogenesis and induces structural changes in Tau-core hexapeptide fibrils
  作者：V. Guru KrishnaKumar、Lokesh Baweja、Krittika Ralhan、Sharad Gupta

  DOI：10.1016/j.bbagen.2018.07.030

  日期：2018.12

  is a non-enzymatic post-translational modification (PTM), which involves the covalent modification of N-terminus of protein or ε-amino group of Lys. The role of carbamylation in several age-related disorders is well documented, however, the relationship between carbamylation and neurodegenerative disorders including Alzheimer's disease remains uncharted. METHODS In the present study, using aggregation-prone

  背景技术氨基甲酸酯化是非酶翻译后修饰（PTM），其涉及Lys的蛋白质或ε-氨基的N端的共价修饰。氨基甲酸酯化在几种与年龄有关的疾病中的作用已得到充分证明，但是，氨基甲酸酯化与包括阿尔茨海默氏病在内的神经退行性疾病之间的关系仍然未知。方法在本研究中，使用易于聚集的tau-core六肽片段306VQIVYK311（PHF6）和275VQIINK280（PHF6 *）作为模型，我们阐明了氨甲酰化对聚集动力学的影响以及原纤维3维结构中发生的变化使用生物物理分析和分子动力学模拟。结果我们发现氨基甲酸酯化有助于淀粉样蛋白的形成，并且可以将非结构化的非通路聚集体转化为对细胞有毒的健壮的淀粉样蛋白。PHF6原纤维的电子显微镜图像和分子动力学模拟表明，氨基甲酸酯化的肽可以形成过量的氢键，并调节肽原纤维的基音长度和扭曲。我们还比较了N端氨基甲酸酯化与乙酰化，并将我们的发现扩展到全长tau，即使在没有任何外部诱