(S)-2-((S)-2-(((benzyloxy)carbonyl)amino)-3-methylbutanamido)-3-cyclohexylpropanoic acid | 264887-81-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: (S)-2-((S)-2-(((benzyloxy)carbonyl)amino)-3-methylbutanamido)-3-cyclohexylpropanoic acid
• 英文别名: (2S)-3-cyclohexyl-2-[[(2S)-3-methyl-2-(phenylmethoxycarbonylamino)butanoyl]amino]propanoic acid
• CAS: 264887-81-2
• 化学式: C₂₂H₃₂N₂O₅
• 分子量: 404.506
• InChiKey: BTHSQROJHIRUDX-OALUTQOASA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.9
• 重原子数：
  29
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.59
• 拓扑面积：
  105
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (S)-2-((S)-2-(((benzyloxy)carbonyl)amino)-3-methylbutanamido)-3-cyclohexylpropanoic acid 在 锂硼氢 、 N,N-二异丙基乙胺 、 N-[(dimethylamino)-3-oxo-1H-1,2,3-triazolo[4,5-b]pyridin-1-yl-methylene]-N-methylmethanaminium hexafluorophosphate 作用下， 以 四氢呋喃 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 8.0h， 生成 benzyl ((S)-1-(((S)-3-cyclohexyl-1-(((S)-1-hydroxy-3-((S)-2-oxopyrrolidin-3-yl)propan-2-yl)amino)-1-oxopropan-2-yl)amino)-3-methyl-1-oxobutan-2-yl)carbamate
  参考文献：
  名称：

  多种高效 SARS-CoV-2 主要蛋白酶抑制剂的快速途径**

  摘要：

  COVID-19 病原体 SARS-CoV-2 需要其主要蛋白酶 (SC2M Pro ) 消化其两个翻译的长多肽，以形成许多对病毒复制和发病机制至关重要的成熟蛋白质。抑制这一重要的蛋白水解过程可有效防止病毒在受感染的细胞中复制，因此提供了一种潜在的 COVID-19 治疗选择。以以往关于SARS-CoV-1主要蛋白酶（SC1M Pro）的药物化学研究为指导，我们设计并合成了一系列含有β-（S-2-oxopyrrolidin-3-yl）-丙氨酸（Opal）的SC2M Pro抑制剂用于与 SC2M Pro活性位点半胱氨酸 C145形成可逆共价键。所有抑制剂都显示出高效力K i值等于或低于 100 nM。最有效的化合物 MPI3 的K i值为 8.3 nM。SC2M Pro的晶体学分析与七种抑制剂结合表明与C145形成共价键和脱辅基酶的结构重排以适应抑制剂。病毒抑制试验表明，几种抑制剂在抑制 Vero

  DOI：

  10.1002/cmdc.202000924
• 作为产物：
  描述：

  L-环己基丙氨酸甲酯盐酸盐 在 lithium hydroxide monohydrate 、 N,N-二异丙基乙胺 、 N-[(dimethylamino)-3-oxo-1H-1,2,3-triazolo[4,5-b]pyridin-1-yl-methylene]-N-methylmethanaminium hexafluorophosphate 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 8.0h， 生成 (S)-2-((S)-2-(((benzyloxy)carbonyl)amino)-3-methylbutanamido)-3-cyclohexylpropanoic acid
  参考文献：
  名称：

  多种高效 SARS-CoV-2 主要蛋白酶抑制剂的快速途径**

  摘要：

  COVID-19 病原体 SARS-CoV-2 需要其主要蛋白酶 (SC2M Pro ) 消化其两个翻译的长多肽，以形成许多对病毒复制和发病机制至关重要的成熟蛋白质。抑制这一重要的蛋白水解过程可有效防止病毒在受感染的细胞中复制，因此提供了一种潜在的 COVID-19 治疗选择。以以往关于SARS-CoV-1主要蛋白酶（SC1M Pro）的药物化学研究为指导，我们设计并合成了一系列含有β-（S-2-oxopyrrolidin-3-yl）-丙氨酸（Opal）的SC2M Pro抑制剂用于与 SC2M Pro活性位点半胱氨酸 C145形成可逆共价键。所有抑制剂都显示出高效力K i值等于或低于 100 nM。最有效的化合物 MPI3 的K i值为 8.3 nM。SC2M Pro的晶体学分析与七种抑制剂结合表明与C145形成共价键和脱辅基酶的结构重排以适应抑制剂。病毒抑制试验表明，几种抑制剂在抑制 Vero

  DOI：

  10.1002/cmdc.202000924

文献信息

• Design and synthesis of new tripeptide-type SARS-CoV 3CL protease inhibitors containing an electrophilic arylketone moiety
  作者：Sho Konno、Pillaiyar Thanigaimalai、Takehito Yamamoto、Kiyohiko Nakada、Rie Kakiuchi、Kentaro Takayama、Yuri Yamazaki、Fumika Yakushiji、Kenichi Akaji、Yoshiaki Kiso、Yuko Kawasaki、Shen-En Chen、Ernesto Freire、Yoshio Hayashi

  DOI：10.1016/j.bmc.2012.11.017

  日期：2013.1

  We describe here the design, synthesis and biological evaluation of a series of molecules toward the development of novel peptidomimetic inhibitors of SARS-CoV 3CLpro. A docking study involving binding between the initial lead compound 1 and the SARS-CoV 3CLpro motivated the replacement of a thiazole with a benzothiazole unit as a warhead moiety at the P1′ site. This modification led to the identification

  我们在此描述了一系列分子的设计、合成和生物学评估，以开发新型 SARS-CoV 3CL pro的拟肽抑制剂。一项涉及初始先导化合物1与 SARS-CoV 3CL pro之间结合的对接研究促使用苯并噻唑单元取代噻唑作为 P1' 位点的弹头部分。这种修饰导致鉴定出更有效的衍生物，包括2i、2k、2m、2o和2p，其 IC 50或K i值在亚微摩尔至纳摩尔范围内。特别是，化合物2i和2p表现出最有效的抑制活性，K i值分别为 4.1 和 3.1 nM。通过这一过程鉴定出的拟肽化合物对于开发针对 SARS 的潜在治疗剂来说是有吸引力的线索。对SARS-CoV 3CL pro具有强效抑制活性的拟肽的结构要求可概括如下：（i）S1'位存在苯并噻唑弹头；(ii) S1位点环状内酰胺的氢键结合能力；(iii) S2 位点的适当立体化学和疏水部分大小，以及 (iv) S4 位点的苯氧基乙酰基部分呈现的独特折叠构象。
• Inhibitors of Tripeptidyl Peptidase II. 2. Generation of the First Novel Lead Inhibitor of Cholecystokinin-8-Inactivating Peptidase:  A Strategy for the Design of Peptidase Inhibitors
  作者：C. Robin Ganellin、Paul B. Bishop、Ramesh B. Bambal、Suzanne M. T. Chan、James K. Law、Benoit Marabout、Pratibha Mehta Luthra、Andrew N. J. Moore、Olivier Peschard、Pierre Bourgeat、Christiane Rose、Froylan Vargas、Jean-Charles Schwartz

  DOI：10.1021/jm990226g

  日期：2000.2.1

  fluorimetric assay based on the hydrolysis of the artificial substrate Ala-Ala-Phe-amidomethylcoumarin. A series of di- and tripeptides having various alkyl or aryl side chains was studied to determine the accessible volume for binding and to probe the potential for hydrophobic interactions. From this initial study the tripeptides Ile-Pro-Ile-OH (K(i) = 1 microM) and Ala-Pro-Ala-OH (K(i) = 3 microM) and dipeptide

  失活胆囊收缩素8（CCK-8）的肽酶是一种丝氨酸肽酶，已证明是三肽基肽酶II的膜结合同工型（EC 3.4.14.10）。它在Met-Gly键处裂解神经递质CCK-8硫酸盐，得到Asp-Tyr（SO（3）H）-Met-OH + Gly-Trp-Met-Asp-Phe-NH（2）。为了寻找该肽酶的可逆抑制剂，使用基于人工底物Ala-Ala-Phe-酰胺基甲基香豆素水解的荧光分析法来表征酶促结合亚位点。对具有各种烷基或芳基侧链的一系列二肽和三肽进行了研究，以确定可结合的体积并探讨疏水相互作用的可能性。根据这项初步研究，三肽Ile-Pro-Ile-OH（K（i）= 1 microM）和Ala-Pro-Ala-OH（K（i）= 3 microM）和二肽酰胺Val-Nvl-NHBu（K（ i）= 3 microM）作为线索出现。这些结构的比较导致Val-Pro-NHBu（K（i）= 0.57 micr
• [EN] SARS-COV-2 MAIN PROTEASE INHIBITORS<br/>[FR] INHIBITEURS DE PROTÉASE PRINCIPALE DE SARS-COV-2
  申请人：TEXAS A & M UNIV SYS

  公开号：WO2022020711A1

  公开（公告）日：2022-01-27

  The present disclosure relates to certain molecules, pharmaceutical compositions containing them, and methods of using them to treat viral infections.

  本公开涉及特定分子、含有这些分子的药物组合物以及使用它们来治疗病毒感染的方法。
• Self-Masked Aldehyde Inhibitors: A Novel Strategy for Inhibiting Cysteine Proteases
  作者：Linfeng Li、Bala C. Chenna、Kai S. Yang、Taylor R. Cole、Zachary T. Goodall、Miriam Giardini、Zahra Moghadamchargari、Elizabeth A. Hernandez、Jana Gomez、Claudia M. Calvet、Jean A. Bernatchez、Drake M. Mellott、Jiyun Zhu、Andrew Rademacher、Diane Thomas、Lauren R. Blankenship、Aleksandra Drelich、Arthur Laganowsky、Chien-Te K. Tseng、Wenshe R. Liu、A. Joshua Wand、Jorge Cruz-Reyes、Jair L. Siqueira-Neto、Thomas D. Meek

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.1c00628

  日期：2021.8.12

  Cysteine proteases comprise an important class of drug targets, especially for infectious diseases such as Chagas disease (cruzain) and COVID-19 (3CL protease, cathepsin L). Peptide aldehydes have proven to be potent inhibitors for all of these proteases. However, the intrinsic, high electrophilicity of the aldehyde group is associated with safety concerns and metabolic instability, limiting the use

  半胱氨酸蛋白酶是一类重要的药物靶点，特别是针对恰加斯病 (cruzain) 和 COVID-19（3CL 蛋白酶、组织蛋白酶 L）等传染病。肽醛已被证明是所有这些蛋白酶的有效抑制剂。然而，醛基固有的高亲电性与安全问题和代谢不稳定相关，限制了醛抑制剂作为药物的使用。我们针对 cruzain 开发了一类新型自掩醛抑制剂 (SMAIs)，cruzain 是恰加斯病病原体克氏锥虫的主要半胱氨酸蛋白酶。这些 SMAI 对 cruzain 发挥有效、可逆的抑制作用（K i * = 18–350 nM），同时在细胞检测中明显保护游离醛。我们合成了 SMAI 的前药，有可能改善其药代动力学特性。我们还阐明了 SMAI 的动力学和化学机制，并将该策略应用于抗 SARS-CoV-2 抑制剂的设计。