1-(2-deoxy-beta-D-ribofuranosyl)-4-[5-trifluoroacetamido-1-pentynyl]-2-nitropyrrole

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机1,3-偶极化合物 - 烯丙基型1,3-偶极有机化合物
• 英文名称: 1-(2-deoxy-beta-D-ribofuranosyl)-4-[5-trifluoroacetamido-1-pentynyl]-2-nitropyrrole
• 英文别名: 2,2,2-trifluoro-N-[5-[1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-nitropyrrol-3-yl]pent-4-ynyl]acetamide
• 化学式: C16H18F3N3O6
• 分子量: 405.33
• InChiKey: SSFYORWDYPOTKA-OUCADQQQSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.6
• 重原子数：
  28
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  130
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  1-(2-deoxy-β-D-ribofuranosyl)-4-iodo-2-nitropyrrole 、 三乙胺 、 2,2,2-trifluoro-N-(pent-4-ynyl)acetamide 在 碘化亚铜 、 四(三苯基膦)钯 氩 、 crude product 、 silica gel 、 二氯甲烷 、 甲醇 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 19.0h， 以C18-HPLC to obtain the compound of interest (355 mg, yield: 83%)的产率得到1-(2-deoxy-beta-D-ribofuranosyl)-4-[5-trifluoroacetamido-1-pentynyl]-2-nitropyrrole
  参考文献：
  名称：

  NUCLEIC ACID FRAGMENT BINDING TO TARGET PROTEIN

  摘要：

  本发明的目的是开发并提供一种有效生产核酸适配体的方法，特别是DNA适配体，其对目标物质具有比传统方法获得的核酸适配体更高的特异性和结合活性。本发明提供了一种可转录或可复制的核酸适配体，其包含一种自然核苷酸和一种非自然核苷酸，后者具有人工可配对人造碱基。本发明还提供了一种从单链核酸库中选择的含有非自然核苷酸的单链核酸分子的测序方法。

  公开号：

  US20150119254A1

文献信息

• US9540650B2
  申请人：——

  公开号：US9540650B2

  公开（公告）日：2017-01-10
• US9873879B2
  申请人：——

  公开号：US9873879B2

  公开（公告）日：2018-01-23
• NUCLEIC ACID FRAGMENT BINDING TO TARGET PROTEIN
  申请人：RIKEN

  公开号：US20150119254A1

  公开（公告）日：2015-04-30

  An object of the present invention is to develop and provide a method for efficiently producing a nucleic acid aptamer, particularly, a DNA aptamer, having higher specificity and binding activity against a target substance than those of nucleic acid aptamers obtained by conventional methods. The present invention provides a transcribable or replicable nucleic acid aptamer comprising a natural nucleotide and a non-natural nucleotide having an artificial base-pairable artificial base. The present invention also provides a method for sequencing a non-natural nucleotide-containing single-stranded nucleic acid molecule selected from a single-stranded nucleic acid library.

  本发明的目的是开发并提供一种有效生产核酸适配体的方法，特别是DNA适配体，其对目标物质具有比传统方法获得的核酸适配体更高的特异性和结合活性。本发明提供了一种可转录或可复制的核酸适配体，其包含一种自然核苷酸和一种非自然核苷酸，后者具有人工可配对人造碱基。本发明还提供了一种从单链核酸库中选择的含有非自然核苷酸的单链核酸分子的测序方法。