5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-N4-乙酰基-2’-脱氧胞苷 | 121058-82-0

• 物质功能分类: 生物化工 - 核苷类药物
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 中文名称: 5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-N4-乙酰基-2’-脱氧胞苷
• 中文别名: 5`-O-(4,4`-二甲氧基三苯甲基)-N4-乙酰基-2`-脱氧胞苷；5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-N4-乙酰基-2'-脱氧胞苷；DMT-N4-乙酰基-2'-脱氧胞苷；N-乙酰基-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-2'-脱氧胞苷
• 英文名称: N⁴-acetyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)cytidine
• 英文别名: N4-acetyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)cytidine；Cytidine, N-acetyl-5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-；N-[1-[(2R,3R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]acetamide
• CAS: 121058-82-0
• 化学式: C₃₂H₃₃N₃O₈
• 分子量: 587.629
• InChiKey: AFQGZOMSSIQDMD-PYYPWFDZSA-N

物化性质

• 密度：
  1.32±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.2
• 重原子数：
  43
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.28
• 拓扑面积：
  139
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  8

安全信息

• 储存条件：
  室温

制备方法与用途

N4-乙酰基-5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯基)-2'-脱氧胞苷是一种嘌呤核苷类似物，具有广泛的抗肿瘤活性，尤其针对惰性淋巴系统恶性肿瘤。其抗癌机制主要依赖于抑制DNA合成和诱导细胞凋亡等过程。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-N4-乙酰基-2’-脱氧胞苷 在 吡啶 、 silver nitrate 、 三乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 为溶剂， 生成 N-(1-((2r,3r,4r,5r)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-3-((叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基)-4-羟基四氢呋喃-2-基)-2-氧代-1,2-二氢嘧啶-4-基)乙酰胺
  参考文献：
  名称：

  The synthesis of allyl- and allyloxycarbonyl-protected RNA phosphoramidites. Useful reagents for solid-phase synthesis of RNAs with base-labile modifications

  摘要：

  The synthesis of allyl-and allyloxycarbonyl (AOC)-protected RNA phosphoramidites is reported. The use of allyl and AOC groups allows the chemistry of solid-phase RNA synthesis to be expanded to include base-labile modified nucleosides, such as acetylcytidine. The allyl-and AOC-protective chemistry can be further expanded for the construction of RNAs on solid supports and affinity columns. (C) 1998 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(98)00157-9
• 作为产物：
  描述：

  胞苷 在 1-羟基苯并三唑 作用下， 以 吡啶 、 乙腈 为溶剂， 反应 17.0h， 生成 5’-O-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-N4-乙酰基-2’-脱氧胞苷
  参考文献：
  名称：

  不稳定碱基保护基在寡核糖核苷酸合成中的应用

  摘要：

  描述了在通过氰基乙基亚磷酰胺方法合成寡核苷酸中，苯氧基乙酰基用于保护嘌呤碱基的环外氨基官能团和乙酰基用于胞嘧啶。在加盖步骤中观察到了副反应，即被保护的鸟嘌呤的苯氧基乙酰基部分被乙酰基部分取代。可以通过使用苯氧乙酸酐代替乙酸酐来避免这种情况。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(01)80326-9

文献信息

• Automated RNA-Synthesis with Photocleavable Sugar and Nucleobase Protecting Groups
  作者：Alfred Stutz、Stefan Pitsch

  DOI：10.1055/s-1999-3098

  日期：——

  A synthetic method for the N-alkyloxycarbonylation of adenine and guanine nucleosides was developed and used for the prepn. of RNA-phosphoramidites carrying photolabile sugar and nucleobase protecting groups. From these building blocks, a heptameric oligoribonucleotide was prepd. by automated synthesis, followed by detachment form the solid support and photolytic deprotection under mild conditions

  开发了一种腺嘌呤和鸟嘌呤核苷的 N-烷氧基羰基化合成方法，并将其用于制备。携带光不稳定糖和核碱基保护基团的 RNA 亚磷酰胺。从这些构件中，制备了七聚寡核糖核苷酸。通过自动合成，然后在温和条件下从固体支持物和光解脱保护。所提出的策略允许简单的准备。3'-O-氨基酰化的 RNA 序列。[在 SciFinder (R) 上]
• Reliable Chemical Synthesis of Oligoribonucleotides (RNA) with 2′-O-[(Triisopropylsilyl)oxy]methyl(2′-O-tom)-Protected Phosphoramidites
  作者：Stefan Pitsch、Patrick A. Weiss、Luzi Jenny、Alfred Stutz、Xiaolin Wu

  DOI：10.1002/1522-2675(20011219)84:12<3773::aid-hlca3773>3.0.co;2-e

  日期：2001.12.19

  A method for the introduction of the 2'-O-[(triisopropylsilyl)oxy]methyl (=tom) group into N-acetylated, 5'-O-dimethoxytritylated ribonucleosides is presented. The corresponding 2'-O-tom-protected phosphoramidite building blocks were obtained in pure form and were successfully employed for the routine synthesis of oligoribonucleotides on DNA synthesizers. Under DNA coupling conditions (2.5 min coupling

  介绍了一种将 2'-O-[(triisopropylsilyl)oxy]methyl (=tom) 基团引入 N-乙酰化、5'-O-二甲氧基三苯甲基化核糖核苷的方法。相应的 2'-O-tom 保护的亚磷酰胺结构单元以纯形式获得，并成功用于 DNA 合成仪上寡核糖核苷酸的常规合成。在 DNA 偶联条件下（1.5 mmol 合成规模的偶联时间为 2.5 分钟）并以 5-(苄硫基)-1H-四唑 (BTT) 作为活化剂。2'-O-tom 保护的亚磷酰胺表现出 av。耦合产率 >99.4%。N-乙酰基和 2'-O-tom 保护基团的组合实现了可靠和完整的两步脱保护，首先使用 EtOH/H2O 中的 MeNH2，然后使用 THF 中的 Bu4NF，而不会同时破坏产物 RNA 序列。[关于 SciFinder (R)]
• A New RNA Synthetic Method with a 2‘-<i>O</i>-(2-Cyanoethoxymethyl) Protecting Group
  作者：Tadaaki Ohgi、Yutaka Masutomi、Kouichi Ishiyama、Hidetoshi Kitagawa、Yoshinobu Shiba、Junichi Yano

  DOI：10.1021/ol051151f

  日期：2005.8.1

  A novel method for the synthesis of RNA oligomers with 2-cyanoethoxymethyl (CEM) as the 2'-hydroxyl protecting group has been developed. The new method allows the synthesis of oligoribonucleotides with an efficiency and final purity comparable to that obtained in DNA synthesis. [structure: see text]

  已开发出一种新的合成方法，该方法以2-氰基乙氧基甲基（CEM）为2'-羟基保护基的RNA低聚物的合成。这种新方法可以合成寡核糖核苷酸，其效率和最终纯度可与DNA合成获得的效率和最终纯度相媲美。[结构：见文字]
• Synthesis, Thermal Stability, Biophysical Properties, and Molecular Modeling of Oligonucleotides of RNA Containing 2′-<i>O</i>-2-Thiophenylmethyl Groups
  作者：Joseph C. Nguyen、Yannick Kokouvi Dzowo、Carly Wolfbrandt、Justin Townsend、Stanislav Kukatin、Haobin Wang、Marino J. E. Resendiz

  DOI：10.1021/acs.joc.6b01615

  日期：2016.10.7

  displayed a ca. ΔΔG° of +4 kcal/mol with respect to its canonical analogue. Interestingly, hybridization of two modified strands (13:17, containing a total of eight modifications) resulted in increased stability and a distinct secondary structure, reflected in its CD spectrum. Molecular modeling based on DFT calculations shed light on the nature of this stability, with induced changes in the torsional angle

  RNA [CUACGGAAUCAU]的十二聚体被官能化C2'- ö -2-噻吩基甲基团，得到的寡核苷酸10 - 14和17。通过固相合成将修饰的核苷酸掺入RNA链。这些ON的生物物理特性用于量化这种修饰对RNA：RNA和RNA：DNA双链体的影响。紫外可见光谱和圆二色性结合在一起用于确定所有链的热稳定性，这些链杂交成A型几何形状。根据连续修饰数测量双链RNA的失稳，反映为降低的热变性值（ΔT m，大约。2.5–11.5°C）。上含有一个变形例的双工范特霍夫图（10：15）中显示的约 ΔΔ ģ的4°千卡/摩尔相对于它的规范类似物。有趣的是，两种杂交改性链（13：17，总共包含八种修饰），增加了稳定性，并在CD光谱中反映出独特的二级结构。基于DFT计算的分子模型揭示了这种稳定性的本质，扭转角δ（C5'-C4'-C3'-O3）和磷酸盐-磷酸盐距离的诱导变化与压实结构一致。所描述的合成方法和结构信
• Template-Directed Nonenzymatic Primer Extension Using 2-Methylimidazole-Activated Morpholino Derivatives of Guanosine and Cytidine
  作者：Weicheng Zhang、Ayan Pal、Alonso Ricardo、Jack W. Szostak

  DOI：10.1021/jacs.9b06453

  日期：2019.7.31

  based on amino-sugar nucleotides have been studied, and as expected, the more-nucleophilic amine generally results in faster primer extension. Extending this logic, we have chosen to study morpholino nucleic acid (MoNA), because the secondary amine of the morpholino-nucleotides is expected to be highly nucleophilic. We describe the synthesis of 2-methylimidazole-activated MoNA monomers from their corresponding

  开发自我复制核酸的努力已经导致对生命起源的深入了解，并且还提出了设计基于非天然核酸的人工生命形式的潜在途径。由于引物 3'-羟基的亲核性相对较弱，活化核糖核苷酸单体的模板导向非酶聚合通常很慢。为了避免这个问题，已经研究了几种基于氨基糖核苷酸的核酸，正如预期的那样，亲核性更强的胺通常会导致引物延伸更快。扩展这个逻辑，我们选择研究吗啉核酸 (MoNA)，因为预期吗啉核苷酸的仲胺是高度亲核的。我们描述了从其相应的核糖核苷 5'-单磷酸合成 2-甲基咪唑活化的 MoNA 单体，以及具有末端 MoNA 核苷酸的 RNA 引物的合成。我们表明，活化的 G 和 C MoNA 单体能够在均聚和混合序列的 RNA 模板上快速有效地扩展吗啉基终止的引物。我们的研究结果表明，MoNA 是一种非天然的信息聚合物，作为候选的自我复制材料值得进一步研究。