N(3)-甲基-2'-脱氧胞苷 | 22882-02-6

• 物质功能分类: 医药中间体
• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 中文名称: N(3)-甲基-2'-脱氧胞苷
• 英文名称: 4-methylamino-1-(β-D-2-deoxyribofuranosyl)pyrimidin-2(1H)-one
• 英文别名: 2'-deoxy-N⁴-methyl-cytidine；N⁴-methyl-2'-deoxycytidine；2’-deoxy-4-methylcytidine；2'-deoxy-4-N-methylcytidine；N-methyl-2'-deoxycytidine；N⁴-methyl-2'-deoxy-cytidine；N(3)-Methyl-2'-deoxycytidine；1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-4-(methylamino)pyrimidin-2-one
• CAS: 22882-02-6
• 化学式: C₁₀H₁₅N₃O₄
• 分子量: 241.247
• InChiKey: DNYQNXJGNKQOQK-LKEWCRSYSA-N

物化性质

• 沸点：
  460.5±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.56±0.1 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  DMSO（少许）、甲醇（少许）、水（少许）

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.4
• 重原子数：
  17
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  94.4
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  4

安全信息

• 储存条件：
  2-8℃

制备方法与用途

2'-脱氧-N4-甲基胞苷是一种嘌呤核苷类似物，具有广泛的抗肿瘤活性，尤其针对惰性淋巴系统恶性肿瘤。其抗癌机制主要通过抑制DNA合成和诱导细胞凋亡来实现。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N(3)-甲基-2'-脱氧胞苷 在 manganese(IV) oxide 、 C₁₇H₂₀N₄O₉P^(1-)*Na⁽¹⁺⁾ 、 氧气 作用下， 以 水 、 乙腈 为溶剂， 20.0 ℃ 、101.33 kPa 条件下， 反应 7.0h， 以95%的产率得到2'-脱氧胞嘧啶核苷
  参考文献：
  名称：

  黄素单核苷酸作为细胞活性人工 N6-甲基腺苷 RNA 脱甲基酶的鉴定。

  摘要：

  N 6 ‐甲基腺苷 (m 6 A) 是真核 RNA 中一种常见且高度动态的修饰，可影响各种细胞通路。天然双加氧酶如 FTO 和 ALKBH5 是使mRNA 中的m 6 A 残基去甲基化的酶。在本文中，首次鉴定了一种具有人工 m 6 A 脱甲基酶功能的小分子调节剂。黄素单核苷酸 (FMN) 是核黄素激酶产生的代谢物，可介导活细胞中 RNA的 m 6 A 残基的大量光化学去甲基化。该研究为理解 m 6的去甲基化提供了新的视角mRNA 中的 A 残基，揭示了强大的小分子作为 RNA 脱甲基酶和用于 RNA 生物学的新探针的开发。

  DOI：

  10.1002/anie.201900901
• 作为产物：
  描述：

  2-脱氧尿苷 在 吡啶 、 咪唑 、 sodium hydride 、 氟化氢吡啶 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙酸乙酯 、 mineral oil 为溶剂， 反应 15.83h， 生成 N(3)-甲基-2'-脱氧胞苷
  参考文献：
  名称：

  定量LC-MS无法提供小鼠胚胎干细胞和组织基因组中m6 dA或m4 dC的证据。

  摘要：

  直到最近，人们相信，高等生物的基因组除了包含四个典型的DNA碱基外，还仅包含5-甲基-dC（m 5 dC）作为控制表观遗传过程的修饰碱基。近年来，随着在干细胞和脑组织的DNA中发现5-羟甲基-dC（hmdC），5-甲酰基-dC（fdC）和5-羧基-dC（cadC），这种观点发生了巨大变化。N 6-甲基脱氧腺苷（m 6 dA）是据报道存在于各种真核生物基因组中的最新碱基。该碱与N 4-甲基脱氧胞苷（m 4dC），首先被报道是细菌基因组的组成部分。在这项工作中，我们通过使用新型超灵敏UHPLC-MS方法研究了这些潜在表观遗传相关的DNA碱基的水平和分布。我们进一步报告了m 5 dC，hmdC，fdC和cadC的定量数据，但我们无法检测到从小鼠胚胎干细胞或脑和肝组织分离的DNA中的m 4 dC或m 6 dA。表观遗传相关性。

  DOI：

  10.1002/anie.201700424

文献信息

• Transformations of thiopyrimidine and thiopurine nucleosides following oxidation with dimethyldioxirane
  作者：Raffaele Saladino、Enrico Mincione、Claudia Crestini、Maurizio Mezzetti

  DOI：10.1016/0040-4020(96)00289-x

  日期：1996.5

  and convenient method for the synthesis of several pyrimidine and purine nucleosides by selective oxidation of thionucleosides with dimethyldioxirane is reported. Thioketo moieties in the C-4 position of the pyrimidine ring, and in the C-6, and C-8 positions of the purine ring are the domain of oxidative nucleophilic substitution. Thioketo moieties in the C-2 position of both purine and pyrimidine rings

  报道了通过用二甲基二环氧乙烷选择性氧化硫代核苷来合成几种嘧啶和嘌呤核苷的通用且方便的方法。嘧啶环的C-4位，嘌呤环的C-6和C-8位的Thioketo部分是氧化亲核取代的结构域。嘌呤和嘧啶环的C-2位的Thioketo部分是脱硫或二硫化物形成的区域。
• <i>N</i>-Alkylation of Cytosine and Its Nucleosides with Trialkyl Phosphates
  作者：Masahiro Hayashi、Kiyoshi Yamauchi、Masayoshi Kinoshita

  DOI：10.1246/bcsj.53.277

  日期：1980.1

  Cytosine has been readily alkylated with trialkyl phosphates to give the corresponding N-alkyl derivatives, trimethyl phosphate being especially useful for the N-methylation of the base moiety of cytosine nucleosides.

  胞嘧啶很容易用磷酸三烷基酯烷基化得到相应的 N-烷基衍生物，磷酸三甲酯特别适用于胞嘧啶核苷碱基部分的 N-甲基化。
• Engineering tethered DNA molecules by the convertible nucleoside approach
  作者：Andrew M Macmillan、Gregory L Verdine

  DOI：10.1016/s0040-4020(01)81793-2

  日期：1991.1

  Non-natural functional groups, tethered to DNA, provide a chemical handle for the site-specific attachment of reporter and effector elements. Herein we report a general strategy for the synthesis of oligodeoxynucleotides bearing tethered functionality (functionally tethered oligonucleotides, FTOs). In this approach, the convertible nucleoside 4-O-(2,4,6-trimethylphenyl)-2′-deoxyuridine (TMP-dU) is

  拴在DNA上的非天然官能团为报告基因和效应子元件的位点特异性连接提供了化学处理。在此，我们报告了一种合成的总体策略，该策略可合成带有束缚功能的寡聚脱氧核苷酸（功能性束缚的寡核苷酸，FTO）。在这种方法中，在自动合成过程中，将可转换的核苷4 - O-（2,4,6-三甲基苯基）-2'-脱氧尿苷（TMP-dU）特异地引入到DNA中。用胺水溶液处理后，TMP-dU部分经历亲核取代，生成N 4-烷基-dC核苷-DNA产物是由dC连接的FTO。由于系链结构仅取决于脱保护/转化反应中使用的胺的选择，因此可转换的核苷方法允许从单个前体合成各种各样的FTO。
• Novel Use
  申请人：Nuclera Nucleics Ltd.

  公开号：US20190144905A1

  公开（公告）日：2019-05-16

  The invention relates to the use of an amine masked moiety in a method of enzymatic nucleic acid synthesis. The invention also relates to said amine masked moieties per se and a process for preparing nucleotide triphosphates comprising said amine masked moieties.

  该发明涉及在酶催化核酸合成方法中使用胺掩蔽基团。该发明还涉及该胺掩蔽基团本身以及制备包含该胺掩蔽基团的核苷酸三磷酸盐的方法。
• Synthesis of oligodeoxynucleotides containing 6-N-([13C]methyl)adenine and 2-N-([13C]methyl)guanine
  作者：Mechtild Hofmann、Montse Acedo、Patricia Fagan、David Wemmer、Ramon Eritja、Antonio R. Díaz

  DOI：10.1039/a700366h

  日期：——

  Oligonucleotides containing 6-N-([13C]methyl)adenine and 2-N-([13C]methyl)guanine have been prepared for NMR studies using the deprotection step to introduce the [13C]methylamine group. For this purpose, the use of 2′-deoxy-6-O-(pentafluorophenyl)inosine 1 and 2′-deoxy-2-fluoro-6-O-[2-(4-nitrophenyl)ethyl]inosine 2 as precursors of the N-methylated nucleosides is described. Preliminary NMR characterization of the 13C-labelled oligonucleotides shows that the 13C chemical shift of the methyl group in N-methylguanine is sensitive to duplex formation, making it a useful local probe.

  含有 6-N-([13C]甲基)腺嘌呤和 2-N-([13C]甲基)鸟嘌呤的寡核苷酸是利用去保护步骤引入[13C]甲胺基团制备的，用于核磁共振研究。为此，介绍了使用 2′-脱氧-6-O-（五氟苯基）肌苷 1 和 2′-脱氧-2-氟-6-O-[2-（4-硝基苯基）乙基]肌苷 2 作为 N 甲基化核苷的前体。 13C 标记寡核苷酸的初步核磁共振表征显示，N-甲基鸟嘌呤中甲基的 13C 化学位移对双链的形成很敏感，使其成为一种有用的局部探针。