1-(5-O-4,4'-dimethoxytrityl-2-methylamino-2-N,4-C-methylene-β-D-ribofuranosyl)thymine | 219601-01-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 1-(5-O-4,4'-dimethoxytrityl-2-methylamino-2-N,4-C-methylene-β-D-ribofuranosyl)thymine
• 英文别名: (1R,3R,4R,7S)-1-(4,4'-dimethoxytrityloxymethyl)-7-hydroxy-5-methyl-3-(thymin-1-yl)-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]heptane；1-[(1R,3R,4R,7S)-1-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-7-hydroxy-5-methyl-2-oxa-5-azabicyclo[2.2.1]heptan-3-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 219601-01-1
• 化学式: C₃₃H₃₅N₃O₇
• 分子量: 585.657
• InChiKey: XFXZHDQFYUPWHK-NDYSUJMESA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3
• 重原子数：
  43
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.33
• 拓扑面积：
  110
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-(5-O-4,4'-dimethoxytrityl-2-methylamino-2-N,4-C-methylene-β-D-ribofuranosyl)thymine 在 吡啶 、 ammonium hydroxide 、 三乙胺 、 三氯氧磷 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 40.0h， 生成 (1R,3R,4R,7S)-1-(4,4'-dimethoxytrityloxymethyl)-7-hydroxy-5-N-methyl-3-(4-amino-5-methyl-cytosine-1-yl)-2-oxa-5-azabicyclo[2:2:1]heptane
  参考文献：
  名称：

  合成2'-氨基-LNA：一种新策略。

  摘要：

  在本文中，我们提出了经过修订和显着改进的合成途径，以合成2'-氨基LNA（锁定核酸）。最佳途径与通过普通中间体合成LNA单体（“ 2'-氧基-LNA”）收敛，该中间体是通过轻度脱乙酰作用而释放出2'-羟基而得到的化合物23，而没有伴随的闭环提供2'-氧-LNA骨架。在颠倒C2'处的立体化学并在2'-羟基处形成三氟甲磺酸酯后，获得了新的通用中间体16，该中间体可轻松进入一系列其他类似物，例如通过引入导致2'-硫基的硫亲核试剂-LNA结构。用叠氮化物取代三氟甲磺酸酯后，碱性还原得到所需的2'-氨基-LNA结构，即化合物18。

  DOI：

  10.1039/b208864a
• 作为产物：
  描述：

  1-(3-O-benzyl-5-O-methanesulfonyl-4-C-methanesulfonyloxymethyl-2-O-trifluoromethanesulfonyl-β-D-threo-pentofuranosyl)-thymine 在 palladium dihydroxide 吡啶 、 sodium hydroxide 、 sodium azide 、 15-冠醚-5 、 氢气 、 sodium methylate 、 三甲基膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲酸 、 溶剂黄146 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 35.0h， 生成 1-(5-O-4,4'-dimethoxytrityl-2-methylamino-2-N,4-C-methylene-β-D-ribofuranosyl)thymine
  参考文献：
  名称：

  合成2'-氨基-LNA：一种新策略。

  摘要：

  在本文中，我们提出了经过修订和显着改进的合成途径，以合成2'-氨基LNA（锁定核酸）。最佳途径与通过普通中间体合成LNA单体（“ 2'-氧基-LNA”）收敛，该中间体是通过轻度脱乙酰作用而释放出2'-羟基而得到的化合物23，而没有伴随的闭环提供2'-氧-LNA骨架。在颠倒C2'处的立体化学并在2'-羟基处形成三氟甲磺酸酯后，获得了新的通用中间体16，该中间体可轻松进入一系列其他类似物，例如通过引入导致2'-硫基的硫亲核试剂-LNA结构。用叠氮化物取代三氟甲磺酸酯后，碱性还原得到所需的2'-氨基-LNA结构，即化合物18。

  DOI：

  10.1039/b208864a

文献信息

• Preparation of LNA Phosphoramidites
  作者：Daniel Sejer Pedersen、Christoph Rosenbohm、Troels Koch

  DOI：10.1055/s-2002-25756

  日期：——

  A highly efficient method for the preparation of LNA (Locked Nucleic Acid) phosphoramidite monomers with 2-cyanoethyl-N,N,N′,N′-tetraisopropylphosphorodiamidite and 4,5-dicyanoimidazole has been devised. The quality of the phosphoramidites prepared in this manner is equal to HPLC purified phosphoramidites and can easily be used for oligonucleotide synthesis without further purification. In addition the possibility of using 4,5-dicyanoimidazole in catalytic amounts has been investigated and showed optimum results when 0.7 equivalent was used, and that reducing the amount further leads to undesired phosphitylation of the nucleobase.Furthermore it is demonstrated that LNA phosphoramidite monomers are exceedingly stable in acetonitrile solution thereby prolonging the effective lifetime of the reagent significantly.

  已设计出一种高效制备LNA（锁核酸）磷酰胺单体的方法，该方法使用2-氰乙基-N,N,N',N'-四异丙基磷酸二酰胺和4,5-二氰基咪唑。以此方式制备的磷酰胺质量与HPLC纯化的磷酰胺相当，无需进一步纯化即可轻松用于寡核苷酸合成。此外，研究了使用催化量的4,5-二氰基咪唑的可能性，并发现当使用0.7当量时获得最佳结果，而进一步减少用量会导致核苷碱基的不希望的磷酸化。此外，实验证明LNA磷酰胺单体在乙腈溶液中极为稳定，从而显著延长了试剂的有效使用寿命。
• [EN] SYNTHESIS OF LOCKED NUCLEIC ACID DERIVATIVES<br/>[FR] SYNTHÈSE DE DÉRIVÉS D'ACIDES NUCLÉIQUES LNA
  申请人：SANTARIS PHARMA AS

  公开号：WO2003095467A1

  公开（公告）日：2003-11-20

  The invention relates to a novel strategy for the synthesis of Locked Nucleic Acid derivatives, such as α-L-oxy-LNA, amino-LNA, α-L-amino-LNA, thio-LNA, α-L-thio-LNA, seleno-LNA and methylene LNA, which provides scalable high yielding reactions utilising intermediates that also can produce other LNA analogues such as oxy-LNA. Also, the compounds of the formula X are important intermediates that may be reacted with varieties of nucleophiles leading to a wide variety of LNA analogues. (Formula I)

  该发明涉及一种用于合成锁定核酸衍生物的新策略，例如α-L-氧基-LNA、氨基-LNA、α-L-氨基-LNA、硫基-LNA、α-L-硫基-LNA、硒基-LNA和亚甲基-LNA，该策略利用中间体进行可扩展高产率反应，这些中间体还可以产生其他LNA类似物，如氧基-LNA。此外，式X的化合物是重要的中间体，可以与多种亲核试剂发生反应，从而形成各种LNA类似物。
• Synthesis of locked nucleic acid derivatives
  申请人：——

  公开号：US20040014959A1

  公开（公告）日：2004-01-22

  The invention relates to a novel strategy for the synthesis of Locked Nucleic Acid derivatives, such as &agr;-L-oxy-LNA, amino-LNA, &agr;-L-amino-LNA, thio-LNA, &agr;-L-thio-LNA, seleno-LNA and methylene LNA, which provides scalable high yielding reactions utilising intermediates that also can produce other LNA analogues such as oxy-LNA. Also, the compounds of the formula X are important intermediates that may be reacted with varieties of nucleophiles leading to a wide variety of LNA analogues. 1

  该发明涉及一种用于合成锁定核酸衍生物的新策略，例如α-L-氧基-LNA、氨基-LNA、α-L-氨基-LNA、硫基-LNA、α-L-硫基-LNA、硒基-LNA和亚甲基-LNA，该策略利用中间体进行可扩展的高产率反应，这些中间体还可以产生其他LNA类似物，如氧基-LNA。另外，公式X的化合物是重要的中间体，可以与多种亲核试剂反应，生成各种LNA类似物。
• SYNTHESIS OF LOCKED NUCLEIC ACID DERIVATIVES
  申请人：Detlef Sorensen Mads

  公开号：US20100216983A1

  公开（公告）日：2010-08-26

  The invention relates to a novel strategy for the synthesis of Locked Nucleic Acid derivatives, such as α- L -oxy-LNA, amino-LNA, α- L -amino-LNA, thio-LNA, α- L -thio-LNA, seleno-LNA and methylene LNA, which provides scalable high yielding reactions utilising intermediates that also can produce other LNA analogues such as oxy-LNA. Also, the compounds of the formula X are important intermediates that may be reacted with varieties of nucleophiles leading to a wide variety of LNA analogues.

  本发明涉及一种新的合成锁定核酸衍生物的策略，例如α-L-氧基-LNA，氨基-LNA，α-L-氨基-LNA，硫基-LNA，α-L-硫基-LNA，硒基-LNA和亚甲基LNA，它提供可扩展的高产率反应，利用中间体还可以产生其他LNA类似物，例如氧基-LNA。此外，式X的化合物是重要的中间体，可与多种亲核试剂反应，导致各种LNA类似物的广泛产生。
• Parallel synthesis of oligonucleotides containing <i>N</i>-acyl amino-LNA and their therapeutic effects as anti-microRNAs
  作者：Tomo Takegawa-Araki、Kai Yasukawa、Norihiko Iwazaki、Hideto Maruyama、Hiroyuki Furukawa、Hiroaki Sawamoto、Satoshi Obika

  DOI：10.1039/d2ob01809h

  日期：——

  (ALNA), maintains excellent duplex stability, and the nitrogen at the 2′-position is an attractive scaffold for functionalization. Herein, a facile and efficient method for the synthesis of various 2′-N-acyl amino-LNA derivatives by direct acylation of the 2′-amino moiety contained in the synthesized oligonucleotides and its fundamental properties are described. The introduction of the acylated amino-LNA

  2'-氨基锁核酸 (ALNA)，保持出色的双链体稳定性，2'-位置的氮是功能化的有吸引力的支架。在此，描述了通过直接酰化合成的寡核苷酸中包含的 2'-氨基部分来合成各种 2' - N-酰基氨基-LNA 衍生物的简便有效的方法及其基本特性。酰化氨基-LNA 的引入增强了分子作为治疗性抗 microRNA 寡核苷酸的效力。