Synthesis and Conformational Analysis of Locked Carbocyclic Analogues of 1,3-Diazepinone Riboside, a High-Affinity Cytidine Deaminase Inhibitor
作者:Olaf R. Ludek、Gottfried K. Schroeder、Chenzhong Liao、Pamela L. Russ、Richard Wolfenden、Victor E. Marquez
DOI:10.1021/jo901127a
日期:2009.8.21
site. Nucleoside analogues where the leaving NH3 group is replaced by a proton and prevent conversion of the transition state to product are very potent inhibitors of the enzyme. However, stable carbocyclic versions of these analogues are less effective as the role of the ribose in facilitating formation of hydrated species is abolished. The discovery that a 1,3-diazepinone riboside (4) operated as a
胞苷脱氨酶 (CDA) 通过由锌结合水在活性位点的亲核攻击产生的水合过渡态中间体催化胞苷脱氨。离开的NH 3基团被质子取代并防止过渡态转化为产物的核苷类似物是非常有效的酶抑制剂。然而,这些类似物的稳定碳环形式不太有效,因为核糖在促进水合物种形成方面的作用被取消。发现 1,3-二氮杂酮核苷 ( 4) 作为 CDA 的紧密结合抑制剂,独立于水合作用,为研究构建为构象锁定的碳环 1,3-二氮杂酮核苷的新型抑制剂提供了机会,以确定酶对特定形式的糖褶的构象偏好。这项工作描述了两个目标双环 [3.1.0] 己烷核苷的合成,锁定为北 ( 5 ) 和南 ( 6 ) 构象异构体,以及一个灵活的类似物 ( 7) 由环戊烷环构成。所有三个目标中的七元 1,3-二氮杂环酮环是通过闭环复分解由相应的苯甲酰基保护的碳环双烯丙基脲构建的。结果表明 CDA 对南糖褶皱的结合偏好与结合在活性位点的其他 CDA 抑制剂的高分辨率晶体结构一致。