N,N,N-trimethylglycyl-CoA(3-)

• 分子结构分类: 有机化合物 - 脂质和类脂质分子 - 脂肪酰基
• 英文名称: N,N,N-trimethylglycyl-CoA(3-)
• 英文别名: [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-hydroxy-2-[[[[(3R)-3-hydroxy-2,2-dimethyl-4-oxo-4-[[3-oxo-3-[2-[2-(trimethylazaniumyl)acetyl]sulfanylethylamino]propyl]amino]butoxy]-oxidophosphoryl]oxy-oxidophosphoryl]oxymethyl]oxolan-3-yl] phosphate
• 化学式: C26H42N8O17P3S-3
• 分子量: 863.6
• InChiKey: YKDFVXJTYIVYPM-ZMHDXICWSA-K

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -5.9
• 重原子数：
  55
• 可旋转键数：
  21
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.69
• 拓扑面积：
  400
• 氢给体数：
  5
• 氢受体数：
  22

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  水 、 N,N,N-trimethylglycyl-CoA(3-) 生成 coenzyme A 、 甜菜碱 、 氢(+1)阳离子
  参考文献：
  名称：

  铜绿假单胞菌肉碱分解代谢所需基因的鉴定。

  摘要：

  肉碱是一种普遍存在于动物组织中的季胺化合物，是病原体感染过程中潜在的碳、氮和能量来源。铜绿假单胞菌细胞裂解物中的活性表征先前表明，肉碱转化为 3-脱氢肉碱 (3-dhc)，后者又代谢为甘氨酸甜菜碱 (GB)，这是肉碱分解代谢为甘氨酸的中间代谢物。然而，肉碱分解代谢所需的酶的身份尚不清楚。我们使用铜绿假单胞菌 PA14 转座子突变体库的遗传筛选来鉴定肉碱生长所需的基因。我们确定了肉碱分解代谢所需的两个基因组区域及其相邻的转录调节因子。PA5388-PA5384 区域包含预测的 P。铜绿肉碱脱氢酶同系物以及在肉碱上生长所需的其他基因。确定的第二个区域 PA1999-PA2000 编码预测的 3-酮酸 CoA 转移酶的 α 和β 亚基，该酶活性被假设为参与 3-dhc 脱乙酰化的第一步。此外，我们证实在肉碱上生长需要完整的 GB 分解代谢途径。PA5389 和 PA1998 转录因子是在肉碱上生长所必需的。PA5389

  DOI：

  10.1099/mic.0.028787-0
• 作为产物：
  描述：

  3-dehydrocarnityl CoA(3-) 、 coenzyme A 生成 (2R)-N-[3-(2-acetylsulfanylethylimino)-3-oxidopropyl]-4-[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-hydroxy-3-phosphonatooxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-hydroxyphosphoryl]oxy-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanimidate 、 N,N,N-trimethylglycyl-CoA(3-)
  参考文献：
  名称：

  铜绿假单胞菌肉碱分解代谢所需基因的鉴定。

  摘要：

  肉碱是一种普遍存在于动物组织中的季胺化合物，是病原体感染过程中潜在的碳、氮和能量来源。铜绿假单胞菌细胞裂解物中的活性表征先前表明，肉碱转化为 3-脱氢肉碱 (3-dhc)，后者又代谢为甘氨酸甜菜碱 (GB)，这是肉碱分解代谢为甘氨酸的中间代谢物。然而，肉碱分解代谢所需的酶的身份尚不清楚。我们使用铜绿假单胞菌 PA14 转座子突变体库的遗传筛选来鉴定肉碱生长所需的基因。我们确定了肉碱分解代谢所需的两个基因组区域及其相邻的转录调节因子。PA5388-PA5384 区域包含预测的 P。铜绿肉碱脱氢酶同系物以及在肉碱上生长所需的其他基因。确定的第二个区域 PA1999-PA2000 编码预测的 3-酮酸 CoA 转移酶的 α 和β 亚基，该酶活性被假设为参与 3-dhc 脱乙酰化的第一步。此外，我们证实在肉碱上生长需要完整的 GB 分解代谢途径。PA5389 和 PA1998 转录因子是在肉碱上生长所必需的。PA5389

  DOI：

  10.1099/mic.0.028787-0

文献信息

• Revealing the hidden functional diversity of an enzyme family
  作者：Karine Bastard、Adam Alexander Thil Smith、Carine Vergne-Vaxelaire、Alain Perret、Anne Zaparucha、Raquel De Melo-Minardi、Aline Mariage、Magali Boutard、Adrien Debard、Christophe Lechaplais、Christine Pelle、Virginie Pellouin、Nadia Perchat、Jean-Louis Petit、Annett Kreimeyer、Claudine Medigue、Jean Weissenbach、François Artiguenave、Véronique De Berardinis、David Vallenet、Marcel Salanoubat

  DOI：10.1038/nchembio.1387

  日期：2014.1

  Enzyme annotations often suffer from incomplete functional information for homologous sequences. Extrapolation from one characterized enzyme to multiple possible substrate-enzyme pairs, using bioinformatics and experimental approaches, leads to four distinct β-keto acid cleavage enzyme functional motifs and assignment of 14 new activities. Millions of protein database entries are not assigned reliable functions, preventing the full understanding of chemical diversity in living organisms. Here, we describe an integrated strategy for the discovery of various enzymatic activities catalyzed within protein families of unknown or little known function. This approach relies on the definition of a generic reaction conserved within the family, high-throughput enzymatic screening on representatives, structural and modeling investigations and analysis of genomic and metabolic context. As a proof of principle, we investigated the DUF849 Pfam family and unearthed 14 potential new enzymatic activities, leading to the designation of these proteins as β-keto acid cleavage enzymes. We propose an in vivo role for four enzymatic activities and suggest key residues for guiding further functional annotation. Our results show that the functional diversity within a family may be largely underestimated. The extension of this strategy to other families will improve our knowledge of the enzymatic landscape.

  酶注释通常会因同源序列的功能信息不完整而受到影响。利用生物信息学和实验方法，从一种已知的酶推断出多种可能的底物-酶对，从而发现了四种不同的β-酮酸裂解酶功能基序，并确定了14种新酶的活性。数百万条蛋白质数据库条目没有可靠的酶功能，这阻碍了对生物体化学多样性的全面理解。在此，我们描述了一种综合策略，用于发现未知或鲜为人知的蛋白质家族中催化各种酶活性的酶。该方法依赖于定义家族中保守的通用反应，对代表性酶进行高通量筛选，进行结构和建模研究，以及分析基因组和代谢背景。作为原理验证，我们研究了DUF849 Pfam家族，并发现了14种潜在的新酶活性，从而将这些蛋白质指定为β-酮酸裂解酶。我们提出了四种酶活性的体内作用，并提出了关键残基，以指导进一步的功能注释。我们的结果表明，一个家族内的功能多样性可能被大大低估了。将这一策略扩展到其他家族将提高我们对酶谱的认识。