6-iodo-2',3'-O-isopropylidene-5'-O-(triisopropylsilyl)uridine | 292637-07-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 6-iodo-2',3'-O-isopropylidene-5'-O-(triisopropylsilyl)uridine
• 英文别名: 1-[(3aR,4R,6R,6aR)-2,2-dimethyl-6-[tri(propan-2-yl)silyloxymethyl]-3a,4,6,6a-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3]dioxol-4-yl]-6-iodopyrimidine-2,4-dione
• CAS: 292637-07-1
• 化学式: C₂₁H₃₅IN₂O₆Si
• 分子量: 566.509
• InChiKey: CVYQEEVFXSTJID-UTRMSSBJSA-N

物化性质

• 密度：
  1.40±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.75
• 重原子数：
  31
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.81
• 拓扑面积：
  86.3
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  6-iodo-2',3'-O-isopropylidene-5'-O-(triisopropylsilyl)uridine 在 盐酸 、 tris-(dibenzylideneacetone)dipalladium(0) 、 copper(l) iodide 、 P(fur)3 、 氢氟酸 、 水 作用下， 以 三乙胺 、 甲苯 、 乙腈 为溶剂， 反应 28.0h， 生成 uridin-6-yl-(6->7'-C)-1-(6,7-dideoxy-β-D-allo-hept-6-ynofuranosyl)uracil
  参考文献：
  名称：

  具有包括核碱基的主链的寡核苷，第 1 部分，概念、力场计算以及尿苷衍生单体和二聚体的合成

  摘要：

  一种新型的寡核苷已被设计用于研究具有核碱基骨架的寡核苷形成同源和/或异源双链体的潜力（参见图 2）。它的特征在于尿苷的 C(5') 和 C(6) 之间以及腺苷的 C(5') 和 C(8) 之间的乙炔基连接。力场计算和 Maruzen 模型研究表明，这种寡核苷形成自主配对系统并与 RNA 杂交。我们描述了适合构建寡聚体和二聚体的尿苷衍生单体的合成。用三乙基甲硅烷基乙炔化物处理尿苷-5'-甲醛(2)得到非对映异构炔丙醇6和7(1:2, 80%;方案1)。基于 NOE 实验和 X 射线晶体结构分析确定了它们在 C(5') 处的构型。通过用二异丙基氨基锂 (LDA) 和 N-碘代琥珀酰亚胺 (NIS) 在 (R) 配置的醇 7 的 C(6) 处碘化，得到碘化物 17 (62%)，其在 O-C(5') 处被甲硅烷基化产生 18 (89%; 方案 2)。在 MeOH/H2O 中用 NaOH 对 7 进行

  DOI：

  10.1002/1522-2675(20000705)83:7<1311::aid-hlca1311>3.0.co;2-2
• 作为产物：
  描述：

  2’,3’邻异亚丙基尿苷 在 吡啶 、 N-碘代丁二酰亚胺 、 正丁基锂 、 二异丙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 正己烷 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 1.83h， 生成 6-iodo-2',3'-O-isopropylidene-5'-O-(triisopropylsilyl)uridine
  参考文献：
  名称：

  具有包括核碱基的主链的寡核苷，第 1 部分，概念、力场计算以及尿苷衍生单体和二聚体的合成

  摘要：

  一种新型的寡核苷已被设计用于研究具有核碱基骨架的寡核苷形成同源和/或异源双链体的潜力（参见图 2）。它的特征在于尿苷的 C(5') 和 C(6) 之间以及腺苷的 C(5') 和 C(8) 之间的乙炔基连接。力场计算和 Maruzen 模型研究表明，这种寡核苷形成自主配对系统并与 RNA 杂交。我们描述了适合构建寡聚体和二聚体的尿苷衍生单体的合成。用三乙基甲硅烷基乙炔化物处理尿苷-5'-甲醛(2)得到非对映异构炔丙醇6和7(1:2, 80%;方案1)。基于 NOE 实验和 X 射线晶体结构分析确定了它们在 C(5') 处的构型。通过用二异丙基氨基锂 (LDA) 和 N-碘代琥珀酰亚胺 (NIS) 在 (R) 配置的醇 7 的 C(6) 处碘化，得到碘化物 17 (62%)，其在 O-C(5') 处被甲硅烷基化产生 18 (89%; 方案 2)。在 MeOH/H2O 中用 NaOH 对 7 进行

  DOI：

  10.1002/1522-2675(20000705)83:7<1311::aid-hlca1311>3.0.co;2-2

文献信息

• Oligonucleotide Analogues with Integrated Bases and Backbone. Part 13
  作者：Xiaomin Zhang、Bruno Bernet、Andrea Vasella

  DOI：10.1002/hlca.200690259

  日期：2006.12

  The self-complementary UA and AU dinucleotide analogues 41–45, 47, 48, and 51–60 were prepared by Sonogashira coupling of 6-iodouridines with C(5′)-ethynylated adenosines and of 8-iodoadenosines with C(5′)-ethynylated uridines. The dinucleotide analogues associate in CDCl3 solution. The C(6/I)-unsubstituted AU dimers 51 and 54 prefer an anti-oriented uracilyl group and form stretched linear duplexes

  自身互补UA和AU二核苷酸类似物41 - 45，47，48，和51 - 60通过制备的Sonogashira与6- iodouridines耦合C（5'） -ethynylated腺苷和与8- iodoadenosines C（5'） -乙炔化尿苷。二核苷酸类似物在CDCl 3溶液中缔合。的C（6 / I） -未被取代的AU二聚体51和54更喜欢抗拉伸线性双链体取向uracilyl组和形式。UA炔丙醇41和43 – 45具有持久的分子内O（5'/ I）H⋅⋅⋅N（3 / I）H-键，因此，一个顺式取向的腺嘌呤基和GT -或TG取向乙炔基部分; 它们形成波纹状线性双工。所有其他的二聚体形成特征的循环复式顺式取向的核碱基。乙炔基部分的首选方向（C（4'），C（5'）扭转角）定义了gg和乙炔基超过O（4'/ I）的构象。所述UA二聚体42,47，和48形式的Watson-Crick氢键，该AU二聚体56和58
• Oligonucleosides with a Nucleobase-Including Backbone. Part 11
  作者：Simon Eppacher、Nathalie Solladié、Andrea Vasella

  DOI：10.1002/hlca.200490264

  日期：2004.11

  A linear and a convergent synthesis of uridine-derived backbone-base-dedifferentiated (backbone including) oligonucleotide analogues were compared. The Sonogashira cross-coupling of the alkyne 1 and the iodide 2 gave the dimer 4 that was C-desilylated and again coupled with 2 to give the trimer 6 (Scheme 1). Repeating this linear sequence led to the pentamer 10. Coupling yields were satisfactory up

  比较了尿苷衍生的骨架碱基去分化的（包括骨干）寡核苷酸类似物的线性和收敛的合成。炔烃1和碘化物2的Sonogashira交叉偶联得到C-去甲硅烷基化的二聚体4，并再次与2偶联以得到三聚体6（方案1）。重复该线性序列导致五聚体10。直到三聚体6的形成为止，偶联产率令人满意，但是对于与更高的低聚物偶联则降低。同样，炔烃5、7和9的偶联碘碘3的产率降低，分别得到三聚体12，四聚体13和五聚体14。通过将炔烃17与碘化物16偶联至二聚体18，随后在C（6 / I）至19进行碘化和O-甲硅烷基化来合成二聚碘尿嘧啶20（方案2）。碘化二聚体23是由碘化和制备ö -silylating已知二聚体21。20和23与二聚体5的偶联，三聚体7和四聚体9分别给出四聚体8和13，五聚体10和14以及六聚体15（方案3）。将直到五聚体14的低聚物脱保护以提供三聚体24，四聚体25和五聚体26（方案4）。没有证据表明五聚体26和rA
• Oligonucleotide Analogues with Integrated Bases and Backbone. Part 14
  作者：Xiaomin Zhang、Bruno Bernet、Andrea Vasella

  DOI：10.1002/hlca.200790081

  日期：2007.4

  self-complementary tetrameric propargyl triols 8, 14, 18, and 21 were synthesized to investigate the duplex formation of self-complementary, ethynylene-linked UUAA, AAUU, UAUA, and AUAU analogues with integrated bases and backbone (ONIBs). The linear synthesis is based on repetitive Sonogashira couplings and C-desilylations (34–72% yield), starting from the monomeric propargyl alcohols 9 and 15 and the iodinated

  自身互补的四聚体炔丙基三醇8，14，18，和21被合成到调查自身互补，亚乙炔基联UUAA，AAUU，UAUA和AUAU类似物与集成碱和主链（ONIBs）的双链体形成。线性合成是基于重复的Sonogashira偶联和Ç -desilylations（34-72％收率），从单体炔丙醇开始9和15和碘化核苷3，7，11，和13。从炔丙基OH基团到腺苷单元N（3）的强持久分子内H键防止了gg乙炔基在C（5'）的分子类型取向。这样，形成环状双链体需要定向，该H键防止形成由所有四个碱基对连接的双链体。然而，UAUA和AAUU类似物18和14的中央单元在CDCl 3 /（D 6）DMSO 10∶1中缔合以形成以反向Hoogsteen碱基配对为特征的环状双链体。UUAA四聚体8形成环状UU同型双链体，而AUAU四聚体21仅形成线性缔合体。O-甲硅烷基化的UUAA和AAUU四聚体的双链体形成不再被阻止。互补