di-tert-butyl (6-oxo-6-((4-((perfluoropyridin-4-yl)ethynyl)phenyl)amino)hexane-1,5-diyl)(S)-dicarbamate | 1224170-85-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: di-tert-butyl (6-oxo-6-((4-((perfluoropyridin-4-yl)ethynyl)phenyl)amino)hexane-1,5-diyl)(S)-dicarbamate
• CAS: 1224170-85-7
• 化学式: C₂₉H₃₄F₄N₄O₅
• 分子量: 594.606
• InChiKey: WTYXJPITTNICCG-FQEVSTJZSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.56
• 重原子数：
  42.0
• 可旋转键数：
  8.0
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.45
• 拓扑面积：
  118.65
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  6.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  di-tert-butyl (6-oxo-6-((4-((perfluoropyridin-4-yl)ethynyl)phenyl)amino)hexane-1,5-diyl)(S)-dicarbamate 在 盐酸 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 1.0h， 以40%的产率得到(S)-2,6-diaminohexanoic acid [4-(2,3,5,6-tetrafluoropyridin-4-ylethynyl)phenyl]amide dihydrochloride
  参考文献：
  名称：

  C-赖氨酸缀合物：pH 控制的光激活试剂，可有效切割双链 DNA，对癌症治疗有影响

  摘要：

  光激活赖氨酸缀合物的双链 DNA 裂解在适合选择性靶向癌细胞的微酸性 pH (<7) 下得到强烈增强。这种增强源于两个不同碱度的氨基的存在。第一个氨基通过增强 DNA 的溶解度和亲和力发挥辅助作用，而位于光激活 DNA 切割器旁边的第二个氨基在所需的 pH 阈值下发生质子化。这种质子化会产生两种协同效应，从而导致在较低 pH 值下 DNA 切割能力增强。首先，赖氨酸缀合物在较低 pH 下与 DNA 结合更紧密，这与两个带正电的铵基团与 DNA 带负电的磷酸盐主链之间预期的更高程度的相互作用一致。其次，一旦发色团旁边的供体氨基被质子化，通过分子内电子转移猝灭光切割器激发态的非生产性途径就会被消除。在存在自由基扩散陷阱的情况下进行的实验表明，活性氧在较低 pH 值下对 DNA 裂解机制没有显着贡献，这表明在这些条件下与 DNA 的结合更紧密。这一特征很有价值，不仅因为许多实体瘤都是缺氧的，而且

  DOI：

  10.1021/ja902140m
• 作为产物：
  描述：

  1-溴-4-硝基苯 在 吡啶 、 盐酸 、 bis-triphenylphosphine-palladium(II) chloride 、 copper(l) iodide 、 二异丙胺 、 cesium fluoride 、 tin(ll) chloride 、 三氯氧磷 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 30.5h， 生成 di-tert-butyl (6-oxo-6-((4-((perfluoropyridin-4-yl)ethynyl)phenyl)amino)hexane-1,5-diyl)(S)-dicarbamate
  参考文献：
  名称：

  C-赖氨酸缀合物：pH 控制的光激活试剂，可有效切割双链 DNA，对癌症治疗有影响

  摘要：

  光激活赖氨酸缀合物的双链 DNA 裂解在适合选择性靶向癌细胞的微酸性 pH (<7) 下得到强烈增强。这种增强源于两个不同碱度的氨基的存在。第一个氨基通过增强 DNA 的溶解度和亲和力发挥辅助作用，而位于光激活 DNA 切割器旁边的第二个氨基在所需的 pH 阈值下发生质子化。这种质子化会产生两种协同效应，从而导致在较低 pH 值下 DNA 切割能力增强。首先，赖氨酸缀合物在较低 pH 下与 DNA 结合更紧密，这与两个带正电的铵基团与 DNA 带负电的磷酸盐主链之间预期的更高程度的相互作用一致。其次，一旦发色团旁边的供体氨基被质子化，通过分子内电子转移猝灭光切割器激发态的非生产性途径就会被消除。在存在自由基扩散陷阱的情况下进行的实验表明，活性氧在较低 pH 值下对 DNA 裂解机制没有显着贡献，这表明在这些条件下与 DNA 的结合更紧密。这一特征很有价值，不仅因为许多实体瘤都是缺氧的，而且

  DOI：

  10.1021/ja902140m

文献信息

• Fine-tuning alkyne cycloadditions: Insights into photochemistry responsible for the double-strand DNA cleavage via structural perturbations in diaryl alkyne conjugates
  作者：Wang-Yong Yang、Samantha A Marrone、Nalisha Minors、Diego A R Zorio、Igor V Alabugin

  DOI：10.3762/bjoc.7.93

  日期：——

  Hybrid molecules combining photoactivated aryl acetylenes and a dicationic lysine moiety cause the most efficient double-strand (ds) DNA cleavage known to date for a small molecule. In order to test the connection between the alkylating ability and the DNA-damaging properties of these compounds, we investigated the photoreactivity of three isomeric aryl–tetrafluoropyridinyl (TFP) alkynes with amide substituents in different positions (o-, m-, and p-) toward a model π-system. Reactions with 1,4-cyclohexadiene (1,4-CHD) were used to probe the alkylating properties of the triplet excited states in these three isomers whilst Stern–Volmer quenching experiments were used to investigate the kinetics of photoinduced electron transfer (PET). The three analogous isomeric lysine conjugates cleaved DNA with different efficiencies (34, 15, and 0% of ds DNA cleavage for p-, m-, and o-substituted lysine conjugates, respectively) consistent with the alkylating ability of the respective acetamides. The significant protecting effect of the hydroxyl radical and singlet oxygen scavengers to DNA cleavage was shown only with m-lysine conjugate. All three isomeric lysine conjugates inhibited human melanoma cell growth under photoactivation: The p-conjugate had the lowest CC₅₀ (50% cell cytotoxicity) value of 1.49 × 10⁻⁷ M.

  将光活化芳基乙炔和双阳离子赖氨酸基团结合的混合分子，致使目前已知对小分子而言最高效的双链DNA切割。为了测试烷化能力与这些化合物的DNA损伤特性之间的关联，我们研究了三种异构芳基-四氟吡啶基(TFP)炔烃的酰胺取代物在不同位置(o-、m-和p-)对模型π-系统的光反应性。使用1,4-环己二烯(1,4-CHD)反应来探测这三种异构体的三重激发态的烷化性质，而Stern-Volmer猝灭实验则用于研究光诱导电子转移(PET)的动力学。三种类似的异构赖氨酸共轭物以不同效率切割DNA(分别为p-、m-和o-取代的赖氨酸共轭物，ds DNA切割效率分别为34%、15%和0%)，与相应乙酰胺的烷化能力一致。羟自由基和单线态氧清除剂对DNA切割的显著保护作用仅在m-赖氨酸共轭物中显示。所有三种异构赖氨酸共轭物在光活化下抑制人黑色素瘤细胞生长：其中p-共轭物的CC₅₀ (50%细胞毒性)值最低，为1.49 × 10⁻⁷ M。
• Site-specific cleavage of nucleic acids by photoreactive conjugates
  申请人：Florida State University Research Foundation, Inc.

  公开号：US08242307B1

  公开（公告）日：2012-08-14

  A process of forming a double strand cleavage in DNA includes providing a reaction mixture containing double stranded DNA having a break in a first strand defining a target site in a second strand. The method continues by adding to the reaction mixture a photoreactive lysine conjugate selected from a lysine-enediyne conjugate, a lysine-acetylene conjugate or a combination thereof, for a time sufficient for the lysine conjugate to bind to the DNA adjacent the target site. The reaction mixture is then irradiated with electromagnetic radiation sufficient to photoactivate the lysine conjugate to cleave the second strand adjacent the target site.

  在 DNA 中形成双链切割的过程包括提供一个反应混合物，其中包含具有第一链中断的双链 DNA，在第二链中定义了一个靶位点。该方法继续通过向反应混合物中添加选择自赖氨酸-烯二炔共轭物、赖氨酸-乙炔共轭物或两者的光反应性赖氨酸共轭物，以使赖氨酸共轭物足够时间结合到靶位点附近的 DNA。然后，用足够的电磁辐射照射反应混合物，以激活赖氨酸共轭物并切割靶位点附近的第二链。