在 N 端半胱氨酸肽与马来酰亚胺缀合期间形成噻嗪是肽文献中报道不足的副反应。当结合在中性和碱性 pH 值下进行时,我们观察到噻嗪异构体是一种重要的副产物。核磁共振 (NMR) 光谱证实了六元噻嗪的结构,超高效液相色谱 (UHPLC) 与串联质谱 (MS/MS) 相结合,由于具有独特的噻嗪质量碎片,因此可以轻松、明确地进行检测。此外,在三肽模型系统中替换与 N 端半胱氨酸相邻的各种氨基酸会导致不同的噻嗪形成率,尽管在同一数量级内。我们还确定改变马来酰亚胺的 N 取代会影响噻嗪转化率。总之,我们的研究结果表明 N 端半胱氨酸 - 马来酰亚胺加合物的噻嗪重排是适用于其他肽或蛋白质系统的一般副反应。在酸性条件下进行缀合反应或避免使用带有游离氨基的 N 端半胱氨酸可防止形成噻嗪杂质。